单核苷酸多态性在寄生虫上的应用

陈 婷，韩红玉，朱顺海，董 辉，赵其平，黄 兵

（中国农业科学院上海兽医研究所 农业部动物寄生虫学重点开放实验室，上海 200241）

·综述·

单核苷酸多态性在寄生虫上的应用

陈 婷，韩红玉，朱顺海，董 辉，赵其平，黄 兵

（中国农业科学院上海兽医研究所 农业部动物寄生虫学重点开放实验室，上海 200241）

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNP）作为第三代分子标记，由于其检测方法多样，具有数量多、二态性和遗传稳定性高等众多优势，在人类和动植物领域均有广泛的应用，有着很高的研究价值和应用前景。本文从SNP分子标记简介出发，简述了SNP在生命科学领域的应用概况，对SNP在寄生原虫、蠕虫、节肢动物上的研究进展进行综述，涉及寄生虫的遗传发育、种群进化、致病性及耐药性等方面，为了解SNP在寄生虫领域的应用现状和开展寄生虫的相关研究提供了基础资料。

单核苷酸多态性；寄生虫；基因组

前言

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）是由Lander[1]于1996年首次提出的一种分子标记，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。作为第3代分子标记，它具备几个特点：1）SNP数量多，分布广泛，在人类基因组中，每300～1000个碱基中即存在1个SNP，这样在整个基因组的分布就多达300万个[2,3]；2）二态性和等位基因性，在动植物群体中，SNP标记可能由2个、3个或4个等位基因构成，但实际上后2种情况出现的机率异常少见，SNP标记一般只有两种等位型的碱基组成，具有二态性和等位基因性，在任何种群中其等位基因频率都可估计出来[4]；3）遗传稳定性高，SNP标记的突变率低，且能够在生物体基因组中稳定遗传[5]。此外，SNP还存在适合快速、规模化筛查，易于基因分型，富有代表性等特点[6-8]。

根据检测的通量，目前检测SNP 的技术主要分为两大类，一类是以凝胶电泳检测为基础，另一类是以高通量检测为基础，前者包括单链构象多态性（single-strand conformation polymorphism，SSCP）、变性梯度凝胶电泳（denatured gradient gel electrophoresis，DDGE）、酶切扩增多态性序列（cleaved amplified polymorphism sequences，CAPS）、等位基因特异性PCR（allele specific PCR，AS-PCR）等，后者包括DNA测序、DNA芯片、变性高效液相色谱（denaturing high performance liquid chromatography，DHPLC）、飞行质谱仪检测、高分辨率溶解曲线（high-resolution melting，HRM）等[9]。

随着测序技术的快速发展，SNP越来越多地应用于生物领域中的许多方面。在对人类生命科学的研究中，SNP的应用十分广泛，主要体现在疾病病因、药物基因组学和人类进化史等方面，有助于及早发现和治疗疾病，为患者选择合适的药物，同时也可以绘制进化树来研究人类的发展[10-16]。在植物研究领域，SNP 可用于构建不同植物的遗传图谱，如根据SNP构建的水稻精密遗传图谱，作为分子标记对水稻进行进化分型[17-20]；同样利用SNP构建的甘蓝型油菜遗传图谱，可将其与甘蓝型油菜的开花、种子等性状进行关联[21]；SNP作为分子标记也可对棉花的某些基因进行定位等[22]。在动物研究领域，SNP已应用于许多方面，如藏鸡的基因型与生长性状的相关性研究[23]；分析牛AMPK家族7个基因的遗传变异，为肉牛的早期精准选种、高效育种技术体系和分子标记数据库的建立，以及种质资源保存与利用等提供了基础和依据[24]；也用于美洲牡蛎抗病相关基因的筛选[25]。此外，SNP还在猪的育种[26]、猪的血糖和糖基化血清蛋白性状分析[27]、牛的亲子鉴定[28]等方面得到应用。

为了解SNP在寄生虫领域的应用状况，更好地将SNP用于寄生虫基因组的分析，本文分别综述了SNP在原虫、蠕虫和节肢动物上研究进展。

1 SNP分子标记在原虫上的应用

1.1 恶性疟原虫

疟原虫感染人类可引起疟疾，在对疟疾进行药物治疗的过程中，出现了对抗疟药物产生耐药性的现象。多药耐药蛋白（multidrug resistance protein，MRP）与虫体对多种药物的耐药性形成有关，属于ATP结合域（ATP-bindingcassette transporter，ABC）超家族成员，最初是从肿瘤组织细胞中分离出来，用于研究肿瘤细胞耐药机制的蛋白[29]。国内外学者对恶性疟原虫（Plasmodium falciparum，Pf）基因组研究分析发现，有两个基因编码多药耐药蛋白，分别为Pfmrp1基因和Pfmrp2基因。Dahlstrom等[30]通过焦磷酸测序和生物信息学分析，发现Pfmrp1基因I876V 位点的SNP与虫体对蒿甲醚-本芴醇药物的敏感性相关；并发现Pfmrp1基因K1466R位点的多态性变化与虫体对磺胺多辛—息疟定（Sulfadoxine-pyrimethamine）的耐药性相关[31]。Ursing等[32]用PCR-RFLP和测序方法，研究了伊朗东南部地区恶性疟原虫氯喹（Chloroquine，CQ）抗药性基因（pfcrt）和Pfmrp1基因与CQ耐药性的关系，发现该地区疟原虫体内，99%pfcrt基因第76位密码子由K变为T（K代表2兼并碱基T/G中的一个），72%Pfmrp1基因第86位密码子由N变为Y（N代表4兼并碱基A/T/G/C中的一个，Y代表2兼并碱基C/T中的一个），对pfcrt基因第72～76位密码子进行单倍型测序，结果为SVMNT（S代表2兼并碱基G/C中的一个，V代表3兼并碱基G/A/C中的一个，M代表2兼并碱基A/C中的一个），而SVMNT与疟原虫CQ耐药性相关，表明通过基因多态位点检测到的具有CQ抗性的恶性疟原虫在伊朗东南部有显著的流行。Veiga等[33]对来自泰国46株恶性疟原虫的Pfmrp2基因序列进行了分析，预测了该蛋白的二维结构，并计算相关药物的半数抑制浓度（IC50），发现了大量的SNPs和一些未有报道的SNPs，同时也发现该基因存在明显的插入/缺失位点，多种药物敏感性的关联分析表明该基因发生SNPs与疟原虫对多种抗疟药耐药性产生有关。由此推测，Pfcrt的突变，是该寄生虫对CQ产生耐药性的主要因素。Pulcini等[34]对受金刚烷胺或稻瘟菌素选择的带有Pfcrt基因突变的恶性疟原虫的研究，发现其食物泡变大，且对CQ或其他喹啉类抗疟药的敏感性增加，通过Pfcrt基因L272F（L代表2兼并碱基脱氧肌苷/脱氧次黄苷中的一个）突变的转基因虫株实验证实了其对药物的敏感性变化；此外，将C101F或L272F突变导入耐CQ虫株的Pfcrt基因，会降低该蛋白转运CQ的能力。Pelleau等[35]通过第二代测序技术和锌指核酸酶技术，结合疟原虫流行区药物治疗的历史，发现氯喹耐药株的Pfcrt基因无C350R突变，即对CQ敏感的疟原虫体内Pfcrt基因第350位密码子含有突变（第10外显子的半胱氨酸被精氨酸取代），若虫株恢复其对氯喹的敏感性，则基因相应位点变为C350R。Gabryszewski等[36]同样通过锌指核酸酶技术，构建了所有可能的突变重组，并以IC50和体外生长指数等参数模拟耐药性产生的突变轨迹，表明突变主要通过p20和p19 2个信号通路产生且EcuD I356L为第一个产生的突变，作者同时指出，突变序列0→1→3→4 和0→3→4的频率显著高于0→1→2→3→4，揭示了Pfcrt基因耐药相关的四突变位点Ecu1110的产生和演变过程。

在对恶性疟原虫种群分布与进化的研究上，Murray等[37]对从疟原虫高流行地几内亚临床分离到的95个虫株，进行了基于PCR的10个微卫星位点分型，以确定其种内基因多态性；同时，用同一样品进行全基因短读序列得到的SNP来计算种内稳定指数FWS，将FWS指数与微卫星位点结果或SNPs结果进行比对后发现微卫星位点分析可检测到低水平的少数基因型，当无法进行全基因组测序时，定量分析10个或者更多SNPs位点可得到合理的准确估计，结果表明随着各种方法的广泛应用，可以根据研究目标选择合适的基因分型和分析方法。

1.2 间日疟原虫

间日疟原虫（P. vivax，Pv）是造成人类疟疾最广泛的寄生虫，且无法在体外长时间培养。因此，对间日疟原虫进行生物学等的观察需要从病人外周血中采集虫体。Flannery等[38]以秘鲁亚马逊地区10个感染间日疟原虫的人为样本，通过第二代测序技术分析其体内寄生虫基因组，结果显示该地区虫体呈多克隆性，随后对虫体样本进行耐药性的分析，通过参考其他物种（如恶性疟原虫或秀丽隐杆线虫）的耐药性相关基因，发现具有耐药性的间日疟原虫体内部分耐药性相关基因发生突变或基因表达上调，同时暗示耐药性基因的突变是独立产生的。与恶性疟原虫一样，间日疟原虫对CQ耐药性的出现，严重阻碍了疟疾的控制。Das等[39]通过检测间日疟原虫的二氢叶酸还原酶（dihydrofolate reductase，dhfr）和二氢蝶酸合酶（dihydropteroate synthase，dhps）基因多态性尤其是单核苷酸多态性，发现在加尔各答市地区的间日疟原虫基因组中存在很多Pvdhfr基因和Pvdhps基因的双突变位点，其中Pvdhfr基因和Pvdhps基因的4个或5个位点突变，可能导致抗叶酸药物的临床治疗无效。

1.3 弓形虫

在刚地弓形虫（Toxoplasma gondii，Tg）研究方面，SNP分子标记主要应用于遗传标记的选择和遗传进化的分析。Bontell等[40]分析了乌干达地区8个虫株的大量序列，对1个基因Ⅱ/Ⅲ型重组种群的TgCkUg2基因进行了全基因测序，发现70 000多个SNPs；在编码区上发现1252个新的SNPs和新SNPs富集区，显示出包括表面抗原基因和棒状体蛋白基因在内的一些基因的选择性压力，并对除基因Ⅱ/Ⅲ型重组虫种群外的6个基因Ⅱ型和1个基因Ⅲ型种群作进一步测序，验证了这些SNPs的存在并指出这是存在于乌干达地区的Ⅱ型虫株变异。动物实验表明Ⅲ型虫株的致病性为Ⅱ型虫株的30倍，而重组虫株的毒性介于两者之间；同时筛选出了可作为分子标记的一些高可信度SNPs。Minot等[41]为鉴定菌株之间共有的单倍型区域并构建弓形虫单倍型图谱，采用全基因组测序的方法，鉴定了来自欧洲、北美和南美的10株弓形虫的大量SNPs位点，此外，为构建一个包含有性重组的弓形虫综合家谱，又对可代表全球多态性的另外26个虫株的RNA序列进行SNP分析。结果表明大多数现存虫株是由亲代虫株重组形成的产物，基因组的某些区域还未在亲代虫株之间互换，但是有些区域已经从亲代虫株重组到其他虫株。

1.4 球虫

在鸡球虫基因组研究方面，Blake等[42]运用质谱检测、测序和细胞分型的方法，对分离自埃及、利比亚、印度、尼日利亚等地的柔嫩艾美耳球虫（Eimeria tenella）进行分析，发现柔嫩艾美耳球虫顶膜抗原1（apical membrane antigen 1，AMA1）在序列多态性、虫株选择进化中的指示功能等方面的作用大于其在免疫逃避中的作用，其不同区域的虫株具有明显的单倍体多态性和种群结构多态性。Pegg等[43]用SNP方法对来自非洲和亚洲的244株柔嫩艾美耳球虫进行基因分型，发现这些虫株在单倍体多态性、种群结构等方面均存在显著变异，具有明显的地域性，为使用更实惠、更方便的PCR-RFLP技术对其他区域种群进行大规模研究，选择一部分SNPs标记验证PCR-RFLP技术的实用性，结果表明该技术可行性强，此后，通过PCR-RFLP技术对采集自英国和爱尔兰的柔嫩艾美耳球虫进行检测，发现该地区虫株存在严格的单倍体多态性。

1.5 吉氏巴贝斯虫

在巴贝斯虫（Babesia）研究方面，Iguchi等[44]在实验室成功诱导对阿托伐琨（Atovaquone，AQ）具有耐药性的吉氏巴贝斯虫（B. gibsoni）虫株，对其进行SNPs的检测，发现其染色体cytbnt363 位点出现了基因突变，即G变为T，导致蛋氨酸被异亮氨酸取代（M121I）；再通过位点特异性荧光染料定量PCR方法，检测了不同突变型占总样本的比例，结果发现耐药虫株体内该位点突变率达99%。

2 SNP分子标记在蠕虫上的应用

2.1 捻转血矛线虫

在捻转血矛线虫（Haemonchuscontortus）的研究中，蔡葵蒸[45]以来自田间的捻转血矛线虫雄虫（10份经过苯并咪唑处理、54份未经过药物处理）为样本，用PCR-RFLP分析其β-微管蛋白I型基因第200位密码子单核苷酸的多态性，结果显示耐药虫株存在该位点的突变，耐药性等位基因频率为45%，自然感染群体中耐药性等位基因频率为9.3%。Bar rè re等[46]为研究不同剂量苯并咪唑对捻转血矛线虫耐药SNP位点频率的影响，对感染捻转血矛线虫的羊分别进行不用药、推荐剂量用药、推荐剂量3倍用药、推荐剂量9倍用药处理，对各组虫株β-微管蛋白Ⅰ型基因的167、200、198密码子进行焦磷酸测序，结果显示，用药剂量越高，200 SNP（TTC变为TAC）频率越高，167 SNP（TTC变为TAC）频率越低，密码子198处基因型均为GAA（未从GAA 变为 GCA）。Dos Santosa等[47]对塞阿拉州5个县的6个农场捻转血矛线虫进行苯并咪唑耐药性评估，并对捻转血矛线虫苯并咪唑耐药株和ISE标准敏感株β-微管蛋白Ⅰ型基因F200Y（200位密码子由F突变为Y）、F167Y（167位密码子由F突变为Y）和E198A （198位密码子由E突变为A）SNPs进行qPCR，发现耐药虫株中拥有高频率F200Y和F167Y SNPs，而E198A SNP变化不明显，表明F167Y和F200Y的SNPs可作为虫株苯并咪唑耐药性的分子标记。然而，也有研究发现，在捻转血矛线虫苯并咪唑耐药株中，β-微管蛋白Ⅰ型基因198位密码子由谷氨酸（GAA）变为丙氨酸（GCA）（即E198A）[48,49]。在应用方面，Chagas等[50]对亚马逊东部地区部分羊场的捻转血矛线虫β-微管蛋白Ⅰ型基因第200位密码子进行基因型频率计算，结果显示F200Y多态位点RR、SR 和SS基因型频率分别为31%、37%和32%，对相应羊场的管理模式进行调查，发现在用药方面，管理者并未按照药物的相关标准用药，而是根据效益和成本用药，研究表明将该位点作为捻转血矛线虫苯并咪唑耐药性检测的分子标记具有可行性。同样SNPs也用于捻转血矛线虫在遗传进化方面的研究，葛程[51]以捻转血矛线虫中国湖北、内蒙、西藏和四川的现场虫株以及英国的抗药虫株、澳大利亚的标准虫株为研究对象，分别对这些虫株进行形态学观察和分子生物学鉴定、新一代高通量测序，获得了不同种群的SNP位点，通过对实验数据的分析，发现不同国家地理起源的种群遗传分化水平较高，我国国内的不同地理株种群遗传分化水平适中，但西藏种群由于特殊的地理、气候条件，与其他国内株的遗传差异水平略高；同时找到了与抗伊维菌素相关的两个标记位点，分别为P-糖蛋白基因的SNP标记位点（由C变为A）、与P-糖蛋白基因同一片段上的且位于 P-糖蛋白基因附近的SNP位点（由T变为C）。

2.2 钩虫

犬钩口线虫（Ancylostoma caninum）主要寄生于犬小肠，在耐药性研究方面，Furtado等[52]基于其他线虫研究结果，用扩增阻滞突变系统多聚链酶式扩增（amplification refractory mutation system PCR，ARMS-PCR）方法，验证了犬钩口线虫β-微管蛋白Ⅰ型基因上第198和200位密码子多态位点与虫体对苯并咪唑耐药性的关系，结果表明该基因第198位密码子位点多态性与虫株耐药性相关，此实验为犬钩口线虫β-微管蛋白Ⅰ型基因与苯并咪唑耐药相关的首次报道，但对β-微管蛋白Ⅰ型基因的F167Y SNP进行实验，未发现该位点存在相关耐药性突变，作者指出耐药性的研究应与虫株种群进化及分布相联系[53]。此外，使用一种新技术即四引物ARMS-PCR技术来验证犬钩口线虫β-微管蛋白基因的第198个密码子多态性位点，结果表明该技术实用性很强，也适用于其他线虫属的该位点耐药性验证[54]。

2.3 丝虫

大环内酯（macrocyclic lactone，ML）抗虫药主要用于犬和猫的丝虫病预防，由于犬恶丝虫（Dirofilaria immitis）耐药性的出现，促使研究学者们对虫体的遗传多态性进行分析。Bourguinat等[55]对来自美国和日本的犬恶丝虫虫株的β-微管蛋白基因全长和热休克蛋白60基因（heat shock protein 60，HSP60）、P糖蛋白基因（P-glycoprotein，PGP）、肌浆网Ca2+-ATP酶基因（Ca2+-ATPase，SERCA2a）及磷酸果糖激酶（phosphofructokinase，PFK）部分片段进行SNP检测，发现除PFK外均有单核苷酸多态性，通过用两个SNPs进行联合重组基因型分析，并计算15个SNPs的F系数，发现犬恶丝虫具有遗传异质性，为研究虫体对大环内酯的耐药性提供了一定基础。Bourguinat等[56]为研究对药物不敏感的犬恶丝虫虫株是否为ML耐药株，并寻找相关多态性位点，对耐药表型的虫株进行了全基因组重测序，通过对186个潜在SNPs位点进行分析，筛选出一些耐药性相关的位点，其中一些位点是其他种类寄生虫ML耐药位点。Mani等[57]指出，将虫体的离子通道作为潜在位点可以研制新的寄生虫药物，通过对已注释的犬恶丝虫大环内酯敏感株和耐药株的224个离子通道基因测序并进行相关数据分析，发现了1762个SNPs，覆盖率为0.18%，外显子中129个SNPs造成非同义突变，14个造成预测的二级结构改变，一些SNPs甚至会影响基因的表达。

2.4 其他蠕虫

β-微管蛋白Ⅰ型基因200、167和198位密码子的突变与捻转血矛线虫大环内酯耐药相关，是否也与胃肠道线虫对苯并咪唑耐药相关。为了弄清楚这一问题，Martínez-Valladares等[58]用焦磷酸测序对环纹背带线虫（Teladorsagia circumcincta）潜在耐药位点进行研究，通过药物敏感实验及粪便卵囊减少率等数据分析，发现对环纹背带线虫使用药物前后，没有与耐药性相关的多态性位点出现。Hansen等[59]提取了不同种类动物体内鞭虫（Trichurisspp.）DNA，设计种属特异性简并引物，扩增覆盖有β-微管蛋白Ⅰ型基因200、167和198位密码子的基因片段，测序结果显示，不论哪种动物体内的鞭虫，其β-微管蛋白Ⅰ型基因3个位点的SNPs并未造成氨基酸的改变。Peña -Espinoza等[60]用不同剂量左旋咪唑和芬苯哒唑进行试验，对丹麦山羊和绵羊养殖场的线虫进行耐药性检测，经鉴定这些线虫主要为毛圆线虫（Trichostrongylusspp.）、背带线虫（Teladorsagiaspp.）和捻转血矛线虫，以捻转血矛线虫苯并咪唑相关耐药基因为参考，对其进行焦磷酸测序，发现β-微管蛋白Ⅰ型基因200位（TTC突变为TAC，即F突变为Y）密码子突变频率增加，但是167位（TTC突变为TAC，即F突变为Y）和198位（GAA突变为GCA，即E突变为A）密码子突变频率并未显著增加。同样，Knapp-Lawitzke等[61]对寄生于牛肠道的奥氏奥斯特线虫（Ostertagia ostertagi）在感染用药后的β-微管蛋白Ⅰ型基因进行了分析，该试验将牛分为5组，1组感染纯种奥氏奥斯特线虫（4头牛），其余4组通过污染牧场自然感染（每组2头牛，并分别用35%～65%丙硫咪唑治疗），用种属特异性PCR对各组线虫（用药前和用药后）的特定基因进行扩增，计算苯并咪唑耐药相关位点β-微管蛋白Ⅰ型基因200位密码子（TAC）的基因型频率，结果表明，当少量多次地用药物对虫体治疗时，虫体对苯并咪唑产生耐药性的速度将会大大加快。此外，在实验及田间种群的反刍动物和马体内，SNP已多次成功用于研究动物体内线虫β-微管蛋白200位密码子的功能作用[62-68]。寄生于骆驼的古柏线虫（Cooperiaspp.）或寄生于马的小型圆线虫（Cyathostomin）同样也可以发现相同的SNP[69-71]。然而，Silvestre等[65]和Samson-Himmelstjerna等[72]研究发现，即使在进化上极为相近的线虫属，其基因组内的SNPs也显著不同，这可能意味着耐药性与基因分子标记关系的研究应该在种特异性的基础上进行。贾万忠[73]通过RT-PCR方法对猪带绦虫（Taenia solium）45W-4B基因进行研究，发现该基因外显子IV上存在有SNP，且多为单碱基突变。

3 SNP分子标记在节肢动物上的应用

3.1 蚊

张仁利等[74]用直接克隆测序的方法，对深圳市白纹伊蚊（Aedes albopictus）核糖体DNA的第2内转录间隔区（ITS2）进行SNP分析，以研究ITS2核酸的特异性及不同个体在该区域的单核甘酸多态性，测序结果表明，深圳市4个不同地理区域的白纹伊蚊ITS2同一性为97%，两个地方之间相比有99%的同一性，其ITS2基因单核苷酸存在转换、颠换和缺失。耿艺介等[75]用同样的方法对嗜人按蚊（Anopheles anthropophagus）ITS2进行分析，发现嗜人按蚊6 个克隆的同一性为 99.6%，ITS2片段的单核苷酸存在颠换和插入。朱国鼎[76]对采集自江苏省4个地区的4龄期按蚊幼虫或蛹进行形态及分子鉴定，测定其对拟除虫菊酯的耐药性，再用AS-PCR的方法，检测不同抗性表型中华按蚊（Anopheles sinensis）的击倒抗性（knock-down resistance，kdr）基因突变频率，发现虫株的耐药性很高，且存在TGT、TTT、TTC 3种突变基因型和L1014C、L014F 2种突变，当在实验室不用药物饲养一段时间后，该虫株的耐药性消失，突变也随之消失。王琰[77]对山东北湖与曹县2个现场采集的中华按蚊进行基因组水平分析，统计了8个与抗性相关的代谢解毒酶基因编码区SNPs，各基因编码区均存在一定程度的多态性，随后对1996年至2014年采集自我国17个省的中华按蚊样本的kdr基因进行检测，结果显示L1014 位点存在突变。

3.2 螨

在对瓦螨的研究过程方面，基于其体内细胞色素氧化酶1和细胞色素b上的SNPs，Gajic等[78]采用ARMS和PCR-RFLP方法，对同一地区64个成年雌性狄斯瓦螨（Varroa destructor）的Serbia 1（S1）和Peshter 1（P1）线粒体单倍型进行分析，发现其分析结果与SNPs测序结果一致，表明将来可用这些方法对狄斯瓦螨进行种群研究。

4 展望

众所周知，大规模筛选SNP并非易事，费用也相对较高，大多数分析是基于单个的SNP；尽管已在检测技术方面取得了许多进展，但迄今为止没有突破性技术出现，有些甚至需要依赖于昂贵的精密仪器。但是，随着生物信息技术、基因芯片和DNA测序技术的进一步发展，SNP的检测方法将越来越简便，不同物种的SNP数据库将越来越完善，SNP的研究将从前期的单点、低通量向全基因组、高通量化发展，作为第三代分子标记的SNP依然拥有广阔的应用前景，使研究者们可以更方便、更准确地将物种的基因和性状联系在一起。

目前SNP的研究在人类基因组中应用最为广泛，在动物领域，SNP在果蝇、鸡、犬类、猪、绵羊、牛上的应用也有相应报道，在植物领域，也可看到关于植物抗性、性状和遗传图谱等方面的应用。现有的关于SNP在寄生虫上的应用主要集中于分类鉴定、种群进化分析和耐药性关联分析，鲜有寄生虫的致病性和疫苗研究的报道。随着科技的发展和研究的深入，SNP在寄生虫领域的应用将会越来越广泛，不仅可以为相关基础研究提供思路，也可以进一步指导寄生虫临床实际用药及宿主的饲养管理，为科研、育种及经济发展提供一定的支持与帮助。

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APPLICATION OF SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS IN PARASILOGICAL STUDIES

CHEN Ting, HAN Hong-yu, ZHU Shun-hai, DONG Hui, ZHAO Qi-ping, HUANG Bing
(Key Laboratory of Animal Parasitology of Ministry of Agriculture, Shanghai Veterinary Research Institute, CAAS, Shanghai 200241,China)

Single nucleotide polymorphisms (SNP) is the third generation molecular marker. Owing to its diverse detection methods,SNP has many advantages such as large quantities, dimorphism and high genetic stability. Therefore, SNP has been widely used in human, animal and plant fields for its high research values and application prospects. This article summarizes the research progress of SNP in parasitic protozoa, worms and arthropods, including parasite genetic development, population evolution, pathogenicity and drug resistance.

Single nucleotide polymorphism; parasite; genome

S852.7:Q819

A

1674-6422（2017）06-0074-09

2017-07-18

中央级公益性科研院所基本科研业务费专项（2016JB10）

陈婷，女，硕士研究生，预防兽医学专业

黄兵，E-mail：hb@shvri.ac.cn