写代码的马铃薯医生

2019-12-02 02:53金凤
莫愁·时代人物 2019年11期
关键词:南京农业大学晚疫病菌株

金凤

董莎萌

站在贵州省贵阳市息烽县南挢村的马铃薯田中,眼前的一幕让董莎萌心疼不已:田间大片马铃薯叶子和茎杆上布满了病斑,已经接近枯萎。“太惨了,这是马铃薯晚疫病,2000亩的马铃薯可能颗粒无收。”

董莎萌是南京农业大学植物保护学院的教授,为了缓解疫情,他带着学生连夜对患病马铃薯进行采样分析。

一个月后,董莎萌和他的团队破解了致病菌的基因組,并筛选出抗病性好的马铃薯品种,推荐给当地人。“明年,那里的农民就可以种这些抗病品种了。”董莎萌说。

追着疫情跑

在董莎萌的办公室,常年备着户外鞋、冲锋衣、GPS定位仪和大量的采样袋。一旦听说哪里有晚疫病疫情,他背起背包,说走就走。“我们赶病害,拖拖拉拉就会错过最佳采样时机。”

董莎萌像一位植保界的外科医生,在全国的马铃薯晚疫病疫区追着疫情跑。并不是所有的致病菌破解都有贵阳这样的好运气。2008年我国西南地区的马铃薯晚疫病大爆发,专家们至今还不知道病原菌长什么样,为什么会大爆发,所以没法有针对性地防控。

准备与晚疫病打一辈子交道的董莎萌,当年是误打误撞进入这一行的。高考那年,他被调剂进南京农业大学植物保护专业。阴差阳错的选择,终于让他在4年后看到了价值。

董莎萌至今记得,大四在南江浦农场田间实习看到的震撼场面,不打农药的农作物一个晚上就被害虫吃得精光,“以前觉得农民打农药,是贪心,想提高产量,但不打药粮食就颗粒无收,怎么办?”

植物受害的惨状深深戳中董莎萌,他选择继续深造。他在南京农业大学硕博连读后,又赴英国、加拿大等国的科研院所留学,研究植物微生物。

中国的马铃薯产量世界第一,国家推行了马铃薯主粮化战略,而晚疫病是马铃薯的头号病害,如果弄清晚疫病流行与发病的规律,就可以少打农药,指导农民精准选育,丰产丰收。

2014年,董莎萌回国发展,在南京农业大学组建“作物疫病基因组学”实验室,推动我国晚疫病监控实现从传统分子标记到全基因组水平,再到表观基因组水平。

生物研究跨界大数据

在南京农业大学理科楼的一间实验室里,董莎萌小心翼翼地取出一盒培养皿,里面保存着2008年西南地区爆发马铃薯晚疫病疫情时的菌株,那是他历经4年,辗转30多家机构后,去年才在贵州农科院植保所的协助下找到的。他一直没有放弃破解它。

2015年,他集成了晚疫病基因组大数据监控系统,这款系统的图像分辨率可以提高100万倍。以往国内外科研人员分析晚疫病菌DNA时,只能以二维视角监测基因序列是否有变异,但DNA是立体的,每一个序列在不同角度看会有差异。这款系统的成像技术高了,可以看得更细致、完整了,就能捕捉晚疫病菌DNA序列中细微的结构差别。

董莎萌透露,利用该技术,他最近在湖南、河北采集的菌株样本中,发现了晚疫病的“超级菌株”。这些菌株能克服普通马铃薯上的几乎所有抗病基因,令当地的马铃薯没有招架之力。“这意味着,一旦条件成熟,当地及周边地区就有晚疫病大爆发的可能。”而及时发现这一情况,就抢占了先机。

研究跨越生物学和计算科学两个领域,曾一度让董莎萌非常痛苦。“大数据的产生不是问题,关键是分析很难,团队都是做生物研究的,不懂大数据算法。”

此外,每个晚疫病菌株的DNA序列有几百万字节的数据,加上后面的三维结构数据,病菌变异速度快,田间变异种类多,所以病害发生的模拟和预测也需要大数据处理,这要求计算机的容量必须很大。

董莎萌一边自学编程、算法,一边四处写信给专家、同行求助。关键时刻,南京农业大学的超级计算机,为董莎萌提供了大力支持。他在剑桥大学和帝国理工大学的同门师兄弟们也分享了算法的经验。“传统计算机20多天才能完成的晚疫病致病型数据分析,现在2天就能分析出来。”

防治马铃薯“癌症”

董莎萌在南京农业大学搭建了马铃薯晚疫病卵菌菌株资源库。这里保存着450多份具有代表性的菌株,是董莎萌所在的研究团队用12年的时间收集来的。菌株有的来自英国、荷兰、法国,有的来自我国马铃薯主产区的黑龙江、内蒙古、福建、安徽、贵州、重庆等地。而不同的年代、地域标签背后,都潜藏着一段灾荒记忆或隐患。

人类在晚疫病面前,付出了极大代价。1840年,英国爱尔兰爆发了大饥荒,150万人饿死,那次饥荒就是由晚疫病造成的。在我国,马铃薯晚疫病常年发病面积占比近40%,每年损失超70亿元,是制约我国马铃薯产业发展的主要瓶颈。

晚疫病田间变异很快,2~4年就会变异一次,不同地点、不同年份的差异很大,在气候、土壤、水分等环境因素作用下,以及物流运输过程中,病原菌都会发生变化,这就给晚疫病致病机制分析带来挑战。

由于每天做大量实验,董莎萌的手一刻也停不下来,他握着一把剪刀比划着解释自己的开创性研究,“晚疫病侵染马铃薯,与癌细胞侵犯人体很相似,都是变异很快,一旦染病就致命,这启发我们借鉴医学当中对癌症的研究,借用大数据手段提取分析晚疫病发病和变异的关键信息。”

不能让疫情历史重演,是董莎萌研究的初衷。自回国后,他用现代医学理念改进我国马铃薯“癌症”的防治手段,投身于马铃薯晚疫病组学大数据系统的开发,绘制了27张二维的晚疫病菌全基因组图谱、15张三维的晚疫病菌表观基因组图谱,以便更好地给马铃薯治病。”

疫情防控像是一场看不见的战斗。董莎萌坦陈,做植物保护是寂寞的,很多研究平时很难直接彰显价值,只有当疫情爆发时,才显出意义。董莎萌的电脑桌面上放着一个PPT文件,每当科研受阻时,他就会打开,重温其中的一页,上面写着:“病虫害抗药性与新农药的创制,不仅是科学问题,更关乎国家和民生需求。”

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编辑 王冬艳 437408345@qq.com

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