2012-2017年全国落叶果树农家品种资源照片数据集

2022-01-15 14:18樊景超闫燊刘婷婷满芮李好先曹尚银
关键词:种质果树树种

樊景超,闫燊,刘婷婷,满芮,李好先,曹尚银*

1.中国农业科学院农业信息研究所,北京 100081

2.国家农业科学数据中心,北京 100081

3.中国农业科学院郑州果树研究所,郑州 450009

数据库(集)基本信息简介

images/BZ_206_745_1986_1110_2071.pngimages/BZ_206_1110_1986_2267_2071.pngimages/BZ_206_745_2071_1110_2151.pngimages/BZ_206_1110_2071_2267_2151.pngimages/BZ_206_745_2151_1110_2232.pngimages/BZ_206_745_2231_1110_2312.pngimages/BZ_206_1110_2151_2267_2232.pngimages/BZ_206_745_2311_1110_2392.pngimages/BZ_206_1110_2231_2267_2312.pngimages/BZ_206_1110_2311_2267_2392.pngimages/BZ_206_745_2391_1110_2472.pngimages/BZ_206_1110_2391_2267_2472.png images/BZ_206_745_2472_1110_2552.pngimages/BZ_206_1110_2472_2267_2552.pngimages/BZ_206_745_2554_1110_3179.pngimages/BZ_206_1111_2554_2267_3179.png

images/BZ_207_273_295_737_771.pnghttp://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0031(石榴)http://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0032(柿子)http://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0033(桃)http://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0034(杏)http://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0035(樱桃)http://dx.doi.org/10.12205/A0002.20201216.22.ds.0036(枣)images/BZ_207_273_770_737_851.png科技基础性工作专项(2012FY110100)数据库(集)组成本数据集主要由石榴、核桃、猕猴桃、李、杏、枣、山楂、葡萄、桃、樱桃、苹果、柿、梨、板栗14个树种共计1707个地方品种资源的实地照片组成。以树种为单位建立子数据集,每个子数据集中包含各个品种的资源调查编号信息(xlsx格式)和以该编号、品种名命名的文件夹,每个文件夹中包含该品种大生境、小生境、整树及叶、花、果以及突出种质特性部位的照片(jpg格式)。

引 言

果树产业作为世界农产品三大支柱之一,其种质资源是进行新品种培育和基础理论研究的重要源头[1]。种质资源的收集、调查工作一直都受到各国政府的重视和支持。种质资源作为基础理论研究、培育新品种等的重要资源,开展相关研究不仅可以保留濒临灭绝的物种,保存对人类和自然具有重要、甚至是未知作用的基因,而且可以为其他学科的研究和科技创新提供研究材料和重要的科学数据。因此,各国都积极地进行收集、鉴定和保存工作。国际植物遗传资源研究所(IPGRI)、美国国家植物遗传资源局(PGRB)、日本国力遗传资源中心等都是各国收集、保存和研究种质资源的专门部门。

我国是世界上最为重要的果树起源中心之一,世界各国广泛栽培的梨、桃、核桃、猕猴桃等落叶果树树种多源于我国[2]。农家品种又称为地方品种,是在特定地区经过长期栽培和自然选择而形成的品种,对所在地区的气候和生产条件一般具有较强的适应性,并包含丰富的基因型,具有丰富的遗传多样性,常存在特殊优异的性状基因,是果树品种改良的重要基础和优良基因来源。发达国家已经将其原产果树树种的地方品种进行了详细的调查和收集。新中国成立后,党和政府十分重视果树事业的发展。国务院在1956年拟定的全国科技远景规划中提出“要调查、收集、保存、利用我国丰富的果树品种资源”。农业农村部原农业部也发出了“关于全面收集整理各地农作物农家品种工作的通知”。到1960年,全国已有18个省(区)基本完成了野外调查任务。由于首次普查任务的成果因为历史的原因大多得而复失,1979年果树资源考察工作又提上日程,中国农业科学院组织了对西藏、云南、湖北等省(区)的考察工作,这部分工作中最具代表性的是中国农业科学院郑州果树研究所牵头成立全国猕猴桃资源调查组,组织各省级自治区有关研究单位开展的全国猕猴桃资源大普查。这次普查基本摸清了我国分步骤云南、西藏等27个省市自治区的猕猴桃属植物资源。

由于历史原因,野外资源考察工作未能保存足够的图像资料。即使有图像资料,其色彩、清晰度等各方面也存在很多失真的地方。而且当时没有GPS导航设备,一些有关资源地域分布的描述并不确切。

1 数据采集和处理方法

通过收集网络信息、查阅文献、果树志等途径,从文字信息上大体掌握我国主要落叶果树优势产区的地域分布,确定科学调查的主要区域和基本范围。在实地走访主要落叶果树种植地区的过程中,一方面直接对当地人进行询问,另一方面是通过当地林业站、农业局等单位协助调查,以此科学有效地确定调查的主要区域和主要树种。本研究数据采集和处理过程包括农家品种拍摄和数据处理及入库。

1.1 农家品种拍摄

到达现场确定调查对象后,鉴于品种的开花和果实成熟在不同的时期,需要分别在开花期、果实成熟期多次实地拍摄品种的大生境、小生境、整树及叶、花、果以及突出种质特性部位全部或部分照片。花、叶、果实也可带回实验室,在小型摄影棚内拍摄,效果更佳。同时,鉴于品种所处环境的复杂性,尽量多拍摄照片,以备后期筛选。另外,如果2次拍摄还不能完全获得全部特性照片,需要补拍。拍摄照片要求:(1)记录准确(种质名称、地点、拍摄者姓名和单位,拍摄时间);(2)采用数码相机,要求拍摄物体主题突出,图像清晰,相机像素不低于800万;(3)局部拍摄时应加标尺;(4)数码照片采用jpg格式,照片像素不小于1024×768或768×1024,文件大小不低于3 MB;(5)提交的照片包括:整树照片(树生境照片、单株照、果园照),枝叶照片(结果枝、营养枝、一年生枝、多年生枝),花的照片(初开花、盛开花、雄花、雌花、花器官特写),果实的照片(单果照、切开果照、种子照、结果枝照、整树结果照)。

1.2 数据处理及入库

对拍摄的照片进行人工筛选,照片整理要求:(1)数码照片必须在照片名字中标注种质名称、地点、拍摄时间,同时按照调查表对照片进行编号;(2)冲印照片,检查照片质量,在照片背面标注种质名称、地点、拍摄时间,同时将照片编号附于对应的调查表后以供专家组审阅。筛选合格的数码照片分别导入到以品种唯一编号(子专题片区负责人姓全拼+名拼音首字母+调查者姓名拼音首字母+所在地调查流水号)命名的文件夹中,同时将编号信息记录到对应的“2012年-2017年全国落叶果树农家品种资源照片编号-树种”Excel文件中。各个品种文件夹和编号信息记录表再汇总到以树种命名的文件夹中。

2 数据样本描述

本数据针对我国优势产区落叶果树农家品种资源进行调查与收集。优势产区包括河南、湖北、湖南、西藏、北京、天津、河北、内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、江苏、广东、广西、重庆、贵州、云南、四川、山东、上海、浙江、安徽、福建、江西、山西、陕西、甘肃、青海、宁夏、新疆等落叶果树重点分布地区。收集了2012-2017年间石榴、核桃、猕猴桃、李、杏、枣、山楂、葡萄、桃、樱桃、苹果、柿、梨、板栗14个树种的大生境、小生境、整树及叶、花、果以及突出种质特性部位全部或部分照片,数据以树种为单元。图集包含14个文件夹,主要通过对调查的落叶果树照片资料规范化测量、整理而成,部分样例见图1、2。

图1 猕猴桃地方品种果实照片

图2 苹果树地方品种生境照片

3 数据质量控制和评估

本数据集的质量取决于工作路线和流程的合理性,资源调查和数据采集方法的科学性,以及图片的拍摄质量,所有资源的调查和采集均是在相关树种领域专家带领下多次访问农家品种资源所在地获取的,果树农家品种资源鉴定信息参考中国植物物种数据库(http://db.kib.ac.cn/)。

通过组建不同树种的联合专家组进行考察,经专家研判以保证调查农家品种资源的可靠性和唯一性。数据集照片在种质资源原生地考察,实地拍摄,未经加工处理。所有资源的拍摄照片均是多次访问农家品种资源所在地获取的。

4 数据价值

在国家科技部科技基础性工作专项重点项目“我国优势产区落叶果树农家品种资源调查与收集”支持下,中国农业科学院郑州果树研究所联合全国多家科研单位、大专院校的百余名科技人员,利用现代化的调查手段系统调查、收集、整理和保护了我国主要落叶果树地方品种资源并建立了档案,形成数据库。这项工作的成果是摸清了我国果树地方品种的家底,为全国性的果树地方品种鉴定和评价、优良基因挖掘和种质创新利用奠定了坚实的基础。

通过收集网络信息、查阅文献资料等途径,从文字信息上掌握我国主要落叶果树优势产区的地域分布,确定今后科学调查的区域和范围,做好前期的案头准备工作。实地走访主要落叶果树种植地区,科学调查主要落叶果树的优势产区区域分布、历史演变、栽培面积、农家品种的种类和数量、产业利用状况和生存现状等情况,最终形成一套系统的相关科学调查分析报告。通过项目的实施,最终超额完成调查鉴定收集1450份填补国内濒临灭绝或具有特异农艺性状的农家品种果树资源的既定任务,为我国果树领域资源保存和育种研究提供强有力的溯源性支撑。

致 谢

本数据集是由中国农业科学院郑州果树研究所牵头,全国22个研究所和大学、100多位科技人员同时参与,很多调查图片和品种性状资料来之不易,尤其是许多优异、濒危的果树地方品种资源多处于偏远的山区村庄,交通不便,需要跋山涉水、历经艰难险阻才得以调查收集十分珍贵,在此对本数据集的贡献者一并表示感谢!

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