大菱鲆微卫星标记在亲本后代中的分离分析

2016-07-25 09:52王广宁马爱军马得友
海洋科学 2016年4期
关键词:大菱鲆微卫星杂合

王广宁,马爱军,李 猛,马得友

(1. 中国水产科学研究院 黄海水产研究所 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东 青岛 266071; 2. 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室 山东 青岛 266071; 3. 上海海洋大学 水产与生命学院,上海 201306)



大菱鲆微卫星标记在亲本后代中的分离分析

王广宁1,2,3,马爱军1,2,李 猛1,马得友1

(1. 中国水产科学研究院 黄海水产研究所 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室,山东 青岛 266071; 2. 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室 山东 青岛 266071; 3. 上海海洋大学 水产与生命学院,上海 201306)

摘要:为对大菱鲆(Scophthalmus maximus)的养殖群体进行微卫星分析研究,作者用 70个微卫星位点在大菱鲆亲本后代中的基因型分离方式进行检测与分析。结果显示,70个位点共产生了12种分离方式(♀×♂)。70个微卫星位点中45个位点符合孟德尔遗传定律(P≥0.05),有25个位点偏离了孟德尔遗传定律(P<0.05)。平均等位基因数目为2.2,平均有效等位基因数为1.885。平均期望杂合度和观测杂合度分别为0.55和0.537。多态信息含量为0.182~0.699,平均值为0.361。研究证明这些标记大部分可以用于大菱鲆进一步的图谱构建,QTL定位和分子标记辅助育种研究。同时对群体的分析表明,该大菱鲆养殖群体遗传多样性水平较高,可用于进一步的良种繁育。

关键词:大菱鲆(Scophthalmus maximus); 微卫星位点; 遗传变异; 基因分离

大菱鲆(Scophthalmus maximus)英文名 Turbot,属于硬骨鱼纲(Osleichthyes)、鲽形目(Pleuronectiformes)、菱鲆科(Bothidae)、菱鲆属(Scophthalmus),俗称欧洲比目鱼,国内称为“多宝鱼”[1]; 具有生长快、营养价值高、肉味鲜美、性格温顺等优点,在欧洲的养殖已形成产业化,是欧洲沿海各国重要的海水养殖对象[1-3]。

雷霁霖院士于 1992年首次将大菱鲆引入中国,经过多年的研究已形成工厂化养殖模式,经济效益高,逐渐成为中国海水鱼类养殖的主要品种[1,4-5]。然而在大菱鲆养殖繁育过程中,由于亲鱼的选择不严格,并且都是近亲交配繁殖,使得孵化率下降、出苗率降低、生长速度减慢、抗逆性变差、抗病性减弱[6-7]等种质退化现象过早出现,并且退化较严重[8]。国内的大菱鲆发展已经到了一个迫切需要改良的阶段[9],需要从根本上去改善大菱鲆的良种选育工作,这就需要对其遗传育种展开研究,国内也已经开始了相关方面的研究。

微卫星分子标记由于具有数量多、多态性高、重复性好和便于PCR检测等优点[10],使得微卫星标记成为遗传学研究使用的主要遗传标记,并且广泛应用于遗传图谱构建[11-13]、遗传多样性分析[14]、系谱认证[15]等研究领域。在大菱鲆研究中微卫星分子标记的应用也早已展开,国外的研究开展较早,西班牙的Bouza等[16]用242个微卫星标记构建了包括26个连锁群的大菱鲆连锁图谱,2013年 Hermida[17]等又将图谱加密,构建了包含24个群体487个标记的遗传连锁图谱。 国内顾颖[18]等筛选出了一些大菱鲆的微卫星标记,为进一步了解大菱鲆的基因组织结构特点及良种选育工作提供了帮助; 许可[19]等筛选了与大菱鲆生长有关的微卫星位点。但国内大菱鲆的微卫星分子标记的开发仍旧较少,本实验室的李猛[20]在2013年用FIASCO法和标记初步筛选法开发了 413对微卫星引物并进行了分析。本实验是从已开发的引物中筛选了70对引物,在后代中进行检测,分析其分离模式及偏分离检测,并对群体多样性进行了分析。而在相近物种中的类似研究较少,刘贤德[21]等用22个微卫星标记对大黄鱼(Larimichthys crocea)的F1代分离方式进行了分析,并进行了生长相关性的分析,找到了对大黄鱼生长有利的基因型

[Foundation: National High-tech Research and Development Program of China (863 Program) ,No. 2012AA10A408-8; Special Fund for the Industrial Technology System Construction of Modem Agriculture and Countermeasures,No.CARS-50-01]

电话: 0532-85835103,E-mail: maaj@ysfri.ac.cn及与有利基因连锁的标记; 姜黎明[22]使用富集文库-菌落原位杂交方法开发的微卫星标记对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)F1代的分离方式进行了分离分析,为半滑舌鳎微卫星标记的开发提供了帮助。本实验通过对微卫星标记在后代群体中的分析研究,以期为大菱鲆遗传图谱的构建,QTL定位和分子标记辅助育种提供良好的基础。

1 材料与方法

1.1 实验材料

本实验室2011年在烟台天源水产国家级良种场所构建了育种家系,亲鱼为2008年实验室构建的家系保留鱼种,2010年用电子标记标记了同批次的鱼,并进行控温控光,促进性腺发育。2011年在大菱鲆繁殖周期中的盛期,选取健康活泼、体色正常、性腺发育成熟的大菱鲆作为亲鱼,采用人工采卵受精的方法按照交配设计进行定向交配。交配后选择受精卵量大于 25 mL做为保留家系,孵化后初孵仔鱼大于 20 000尾的为保留家系,并分池养殖。本研究选择以电子标记编号5000047593为母本、1000046133为父本杂交获得的后代家系为检测群体。2012年随机选取家系中 150尾个体进行分析,聚丙烯酰胺电泳检测后将疑似非本家系的个体选出并剔除,然后选择基因组DNA质量好的90个个体并结合2个亲本进行SSR分析。

1.2 实验方法

1.2.1 DNA的提取与检测

实验所用亲本和后代 DNA全是用天根海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒提取,提取完后用1%琼脂糖凝胶电泳检测DNA条带,用NANO DROP1000分光光度计检测DNA浓度及纯度; 若符合要求,就稀释至40 ng/μL,分装,-20℃保存备用。

1.2.2 PCR及检测

对新合成的引物进行退火温度优化,然后通过PCR扩增出包括核心序列在内的DNA序列,对PCR产物变性之后进行8%PAGE电泳,最后用银染法分析产物带型。实验所用部分微卫星引物的信息见表1。

表1 本实验所用部分微卫星引物的核心序列、引物序列、退火温度和片段长度Tab. 1 Microsatellite primers,repeat motif sequences,primer sequences,annealing temperature,and fragment lengths used in thisstudy

表1 本实验所用部分微卫星引物的核心序列、引物序列、退火温度和片段长度Tab. 1 Microsatellite primers,repeat motif sequences,primer sequences,annealing temperature,and fragment lengths used in thisstudy

位点名称   核心序列   引物序列   退火温度(℃) 片段长度(bp)L12001F   (GT)16 CTGGCACTTGGATTCTGACC  60  116 L12001R    GGTGCGGCAAGATGGAGT L12002F   (TG)19 CAAAGGCAGATGACAATCAAAC 60  197 L12002R    ACTCGTAGCCGCTTTCGTC L12012F   (CA)24 GGGGATGAACAGGGAGATG  61  198 L12012R    GGAGAACAGAGGTGAGGAGGC L12020F   (GT)7(GTGC)6AT(GT)3GC(GT)6 CTGCGAGCATAGTAATGTTTTC  57  147 L12020R    CTCCCAAGTAATAATCCCACC L12021F   (GT)6AT(GT)20GC(GT)3 TCAGCTCCTTGGCACAGAAT  55  209 L12021R    AACTGATCGGCAACCCACA L12028F   (TG)20 TTAGCAATGGCTTACTGAGGT  55  159 L12028R    TGTTTTGTGAATTTGGTATGTCC L12029F   (GT)4AT(GT)14 ACAACGTGCAGATTTACAGTAGC 60  253 L12029R    GACAACTTGGTGAAACAAAACTA L12034F   (AC)8 TTATCCTGCCCGTCACCCG  60  142 L12034R    AACAAATGCGGCAACACGT L12040F   (GT)13; (GA)6TG(GA)7 TGCCTGTCAGCCTGTGTC  56  173 L12040R    TGAGCCTTCCCCTCCATT L12046F   (GT)15 CTGACCTCGTGAGTGGTAATCC  55  254 L12046R    CAGCCAGTGCTTGTTGTGC L12048F   (ATG)4; (AC)5GC(AC)13 AGAATCAAACTGAAGTGGGTCTT 49  348

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PCR反应程序: 95℃5 min1个循环; 95℃45 s,退火温度50 s,72℃50 s,30 循环; 72℃10 min 1 个循环;4℃保存。

PCR变性产物电泳是利用的 DYY-10C电泳仪和DYCZ-20C序列分析电泳槽。电泳条件: 电压1 200 V,电流500 mA,功率600 W。电泳时间在3.5 h左右。然后进行染色显色,自然晾干,拍照后保存。

1.2.3 统计分析

根据每个个体在玻璃板上的条带位置,确定基因型,每个微卫星位点的等位基因根据片段大小依次命名为A、B、C、D……。

1.2.4 实验群体筛选

用 6对引物(已知其在双亲中表现出的基因型)对150个个体与亲本在PCR后同时进行聚丙烯酰胺电泳,挑出与亲本基因型相差较大的个体,剔除,最后挑选90个DNA质量较好的个体。用 Popgene32软件处理数据,计算各个微卫星位点在2个亲本和90个后代个体中的等位基因数、有效等位基因数。在计算期望杂合度,是根据亲本的基因型进行推算,比如亲本的基因型为 AC×BC,根据孟德尔遗传分离定律,子代的基因分型及其比例应该为AB︰AC︰BC︰CC=1︰1︰1︰1,期望杂合度为 0.75;亲本的基因型为 AB×BC,根据分离定律,子代的基因分型及其比例为AB︰AC︰BB: BC=1︰1︰1︰1,期望杂合度为 0.75; 但在亲本的基因型为 AA×BB,子代的基因分型全为 AB,期望杂合度为 1,而用Popgene32软件计算时,得到的期望杂合度为 0.5。多态信息含量按Bostein[23]等的公式计算:

其中,Pi和Pj分别为第i和第j个等位基因在群体中的频率,n为等位基因数。并用Excel的χ2功能对各位点的偏分离情况进行了卡方检测。

2 结果

2.1 微卫星位点在后代群体中的分离

将这70个微卫星位点在2个亲本和后代90个个体中进行检测,结果(表1)显示70个位点在亲本后代中有12种分离方式(♀×♂): AA×AB(8个),AB×AA(12个),AB×AB(20个),AB×AC(1个),AB×BB(9个),AB×BC(4个),AB×CD(2个),AC×BC(2个),AC×AB(1个),BB×AB(9个),BC×AC(1个),BC×AB(1个)。其中只在母本和子代发生分离的有21个,只在父本和子代发生分离的有17个,双亲和子代中都发生分离的有 32个。在所检测的70个位点中有45个的子代个体基因型符合孟德尔遗传分离定律(P≥0.05),有 25个位点偏离了孟德尔遗传定律(P<0.05),有22个位点严重偏离了孟德尔遗传定律(P<0.01)。图1为L12046,L12094,L120121,L120211 4个位点在2个亲本和后代90个个体中的部分电泳图。70个位点在后代群体中的分离方式及比例见表2。

图1 L12046,L12094,L120121,L120211 4个位点在后代群体中的电泳结果Fig. 1 Electrophoresis results of the four microsatellite loci L12046,L12094,L120121,and L120211 in progeny

表2 亲本基因型及70个位点在后代中的基因型分布Tab. 2 Parental genotypes and genotype distributions of 70 loci in progeny

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2.2 微卫星位点在后代群体的遗传变异分析

70个微卫星位点在后代群体中呈现了各不相同的多态性。用Popgene32软件分析数据显示,SSR的等位基因数位2~4个,平均为2.2个,有效等位基因数为1.254~3.951,平均有效等位基因数1.885。按孟德尔遗传分离定律计算,期望杂合度为0.5、0.75、 1共3种情况(因亲本基因没有纯合的,所以本实验中期望杂合度没有为0的情况),平均观测杂合度为0.537。多态性信息含量(PIC)为 0.182~0.699,差异较大,PIC平均值为0.361。70个位点具体的杂合度,多态信息含量,偏离程度 P,有效等位基因数等信息见表3。

表3 70个微卫星位点在大菱鲆后代群体中的遗传信息统计Tab. 3 Genetic information statistics for ?70 microsatellite loci in the F1 generation of turbot

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3 讨论

本实验在计算群体的期望杂合度的时候参考的是刘贤德的计算方法[21],即根据亲本的基因型来推断子代的基因型,然后根据子代的基因型理论分布情况来计算期望杂合度。这与张宁[24]、刘瑞成[25]等用常用群体分析软件所采用 Nei氏公式的计算方法是不同的,这两种计算方法的结果有时候一致,有时候不一致。

例如本实验中亲本为AB×CD时,使用Nei氏公式推断的子代期望杂合度为 0.75,而根据孟德尔分离定律,子代全为杂合,期望杂合度为1,两种方法结果不一致; 亲本为两种不同的纯和体(如AA×BB),子代全为杂合,期望杂合度为1,用Nei氏公式计算结果为 0.5,结果也不一致。因此对于家系群体,应该根据亲本的基因型,按照孟德尔分离定律来计算期望杂合度[21]。70个微卫星位点的观测杂合度均值为 0.537,说明该群体的杂合度较高,群体的遗传多样性较高。

70个微卫星位点中有 25个偏分离(P<0.05),偏分离比例较大(0.357)。发生偏分离的原因有多种,比如统计数据时,基因型划分不准确,条带读取不够准确[26]、研究个体数较少、纯合致死基因的存在[27]。本研究中可能是由于国内大菱鲆都是养殖群体,在养殖过程中,没有野生群体血缘的加入,是群体的纯合致死基因纯合几率增大,使得偏分离程度增加。

PIC的大小能够反映出某一个遗传标记所包含的遗传信息含量,当PIC>0.5时,表明该遗传标记具有高度的可提供遗传信息性; 当 0.5>PIC>0.25时,表明该遗传标记能够较为合理的提供遗传信息,而当 PIC<0.25时,表明该遗传标记可提供的遗传信息较差[28]。70个位点中PIC>0.5的有10对,有58个在0.5>PIC>0.25的范围之内,只有两个位点L12020 和L12265 的PIC<0.25,这说明70个微卫星位点提供的遗传信息较丰富,同时也表明该群体总体的遗传多样性水平还是较高的。从以上分析可以看出,这些微卫星位点大部分还是能够满足大菱鲆进一步的遗传学研究的,为大菱鲆的图谱构建,QTL定位和分子标记辅助育种的研究提供了较好的分子标记。对群体的分析表明,该大菱鲆养殖群体虽然出现了一定程度的退化,但是遗传多样性水平还比较高,可用于进一步的良种繁育。

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(本文编辑: 谭雪静)

中图分类号:Q341

文献标识码:A

文章编号:1000-3096(2016)04-0001-10

doi:10.11759//hykx20141028002

收稿日期:2014-10-28; 修回日期: 2014-12-30

基金项目:国家863 计划(2012AA10A408-8); 现代农业产业技术体系建设专项资金共同资助(CARS-50-01)

作者简介:王广宁(1987-),男,山东青州人,硕士,主要从事海洋动物遗传育种研究,E-mail: wgning1314@126.com; 马爱军,通信作者,研究员,

Separation and analysis of turbot microsatellite markers in progeny

WANG Guang-ning1,2,3,MA Ai-jun1,2,LI Meng1,MA De-you1
(1. Yellow Sea Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences; Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries,Ministry of Agriculture; Qingdao Key Laboratory for Marine Fish Breeding and Biotechnology,Qingdao 266071,China; 2. Laboratory for Marine Biology and Biotechnology,Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology,Qingdao 266071,China; 3. Shanghai Ocean University,College of Fisheries and Life Science,Shanghai 201306,China)

Received: Oct. 28,2014

Key words:turbot; microsatellite loci; genetic variation; gene isolation

Abstract:To evaluate the farmed turbot population using microsatellite markers,we analyzed the segregation patterns of genotypes constituted by 70 microsatellite loci in turbot parents and their progeny. Results revealed that a total of 12 patterns were detected through sexual hybridization (♀×♂). A total of 45 loci were found to adhere to the Mendel’s law of inheritance (P≥0.05),whereas the remaining 25 deviated from the law (P<0.05). The average number of alleles and effective number of alleles were 2.2 and 1.885,respectively. The average expected and observed heterozygosities were 0.55 and 0.537,respectively. The range of polymorphic information content was between 0.182 and 0.699,with an average of 0.361. These results demonstrate that most of these markers will be useful for future progress in genetic breeding in turbot and the farmed turbot population with a high level of genetic diversity can be used for the further breeding of improved varieties.

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