三疣梭子蟹肠道菌群结构及代谢表型分析

曾廷兰+叶央芳+母昌考+王凯+李荣华+王春琳

摘 要 建立16S rRNA基因的高通量测序和基于核磁共振（NMR）的代谢组学技术分析三疣梭子蟹肠道菌群结构及代谢物组成的方法。经对梭子蟹肠道样品提取基因组DNA和16 S rRNA基因的V3V4可变区片段的扩增，产物用于MiSeq测序。经对测序结果进行聚类和注释分析，发现梭子蟹肠道的细菌群落结构以变形杆菌门、拟杆菌门、梭杆菌门、软壁菌门和酸杆菌门为主，其中以发光杆菌属、Paludibacter和产丙酸菌属的细菌丰度最高。梭子蟹肠道样品经组织破碎、甲醇水（2∶1， V/V）提取、高速离心和冷冻干燥后，重悬在钠钾磷酸盐缓冲液中，用于NMR分析。采用标准的Noesypr1D脉冲序列采集1H NMR谱，设置90°脉冲宽度约为10 μs，等待时间为2 s，混合时间为100 ms，谱宽为20 ppm， 采样点数为32 K，自由感应衰减累加次数为64。再利用2D NMR谱对肠道代谢物进行归属，共获得包括氨基酸、有机羧酸和有机胺类等30种代谢产物。本方法可用于系统分析梭子蟹肠道菌群及其代谢物组成。endprint