ARID5B基因rsl0821936多态位点与儿童急性淋巴细胞白血病易感关联的系统评价和meta分析

2020-04-01 07:03陈先睿黄建琪郭碧赟白海涛吴谨准
临床荟萃 2020年3期
关键词:等位基因多态性位点

陈先睿,温 红,黄建琪,郭碧赟,白海涛,吴谨准

(厦门大学附属第一医院 儿科,福建 厦门 361000)

急性淋巴细胞白血病( acute lymphoblastic leukemia,ALL)是最常见的儿童恶性肿瘤,近年来其发病率具有上升趋势。目前ALL的遗传研究越来越受到关注,其中位于10q21.2的ARID5B(AT-rich interactive domain,ARID)基因与儿童AML的发病密切关联,国内外研究对其中的5个单核苷酸多态性(SNP)(rs7073837;rsl0821936;rsl0994982;rs7089424;rsl0740055)最多,但研究结论尚存在争议[1]。Guo等[1]曾对ARID5B基因rs10821936多态位点与儿童ALL的关联性进行系统评价,但该研究仅对等位基因位点进行汇总分析,且存在重复数据的纳入和缺失。本文进一步完善检索和纳入不同种族患儿的文献,探讨ARID5B基因rsl0821936多态位点与ALL易感的关联性。

1 资料与方法

1.1文献检索策略

1.1.1计算机检索数据库 PubMed,Cochrane Library,Springer和Elsevier Science Direct,中国知网(CNKI)、维普数据库、万方数据库和中国生物医学文献数据库(CBM),并回溯纳入文献的参考文献,检索起止时间均为建库至2019年03月26日。同时手工检索纳入文献的相关参考文献。研究应用主题词和自由词相结合方式进行检索。

1.1.2中文检索词 ARID5B、rsl0821936、基因多态性、ALL、儿童。以中国知网为例检索式:(ARID5BOR rsl0821936)AND基因多态性 AND 急性淋巴细胞白血病AND儿童。

1.1.3英文检索词 ARID5B,rsl0821936,polymorphism,acute lymphoblastic leukemia,children,pediatric。以Pubmed数据库为例检索式为:(ARID5B[All Fields] AND (“acute lymphoblastic leukaemia”[All Fields] OR “precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma”[MeSH Terms] OR (“precursor”[All Fields] AND “cell”[All Fields] AND “lymphoblastic”[All Fields] AND “leukemia-lymphoma”[All Fields]) OR “precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma”[All Fields] OR (“acute”[All Fields] AND “lymphoblastic”[All Fields] AND “leukemia”[All Fields]) OR “acute lymphoblastic leukemia”[All Fields])。

1.2文献筛选标准

1.2.1文献纳入标准 ①已公开发表的文献;②明确的病例对照研究方法;③研究对象为儿童,且病例组均符合ALL诊断标准。④研究的目的基因位点为ARID5B的rsl0821936多态性;⑤病例组和对照组可直接或间接提取不同基因型、等位基因频率的数据。

1.2.1文献排除标准 ①重复发表的研究结果,如同一人群重复研究资料仅保留最多样本量研究。②摘要或未发表的报告研究。

1.3文献筛选、资料提取与质量评价

1.3.1文献筛选 由临床医师陈先睿和温红独立完成筛选文献、提取资料和文献质量评价,如遇分歧时共同协商讨论解决或由黄建琪分析判定。通过阅读标题和摘要排除明显不符合的文献,再对初筛后的文献获取全文进一步阅读排查。对纳入文献提取资料包括:①一般资料:第一作者、发表时间、国家、语种、种族、样本来源、样本量、研究方法;②结局测量指标:病例组和对照组的各基因型例数,纳入文献Hardy-Weinberg平衡(HWE)检验结果。

1.3.2文献质量评价 参照遗传关联性研究报告规范行质量评价[2]以及依据文献[3]选取的14条标准对遗传关联性研究进行质量评价,包括:①计算把握度:是否对回顾性或前瞻性研究进行把握度计算,以评价计算Ⅱ类错误的概率;②对照组特征:是否充分描述了病例组和对照组来自同一人群且具有可重复性;③病例组特征:是否用文字或表格的形式充分描述了人口学和临床特征;④连锁不平衡检测:用于解释基因多态性的选择或(和) 结果;⑤多态性的鉴定:依据NCBI的序列准确鉴定多态性;⑥计算错误率:是否采用相似或其他方法对基因型进行重复检测,以计算错误率;⑦HWE检验:是否进行了对照组的HWE检测或具有相应数据进行HWE检测;⑧盲法:是否对实验人员和结果评价者实施盲法;⑨多重检验校正:基因位点较多时,是否调整 α 水平控制可能存在的Ⅰ类错误概率被扩大;⑩协变量调整:是否在协方差分析中进行调整协变量;危险因素分析:是否应用回归模型对其他相关危险因素进行回归分析,计算出不同危险因素的OR值及其95%CI;人群分层分析:是否依据独立的多态性进行人群分层评估与校正;重复性:是否验证另外的独立样本;功能验证性试验:是否仅提供功能试验的参考研究文献。以“是”(满足标准)、“ 否”(不满足标准)和“ 不清楚”(文献未描述)进行文献质量评价[4]。

1.4统计学分析 应用Review Manager 5.3以及Stata12.0软件行meta分析,以风险比(odds ratio,OR)及95%可信区间(confidence intervals,CI)作为效应量。采用Q检验和I2统计量判断文献间的异质性,若无统计学上异质性(I2≤50%),采用固定效应模型进行meta分析,否则用随机效应模型。分别采用风险等位基因频率、等位基因、隐性、显性和共显性模型分析基因多态性与儿童ALL易感的相关性。对存在统计学上异质性的文献,必要时采用亚组或敏感性分析异质性原因。P<0.05为差异具有统计学意义。

2 结 果

2.1文献检索结果 初步检索获得75篇相关文献,15篇文献[5-19]符合纳入和排除标准进入本文系统评价(图1)。15篇文献共包含19个研究数据,病例组11 542例,对照组30 205例,中国人群的研究2篇[13-14],国外人群的研究为13篇[5-12,15-19]。

2.2文献偏倚风险评价 图2a、2b显示,19个研究条目1、9、13~14符合率为0,条目2、3符合率为100.0%,条目4的符合率为68.4%,条目7的符合率为63.2%。纳入的19个研究均未行计算把握度、多重检验校正、多态性鉴定、协变量调整、危险因素分析、重复性以及功能验证性试验;19个研究均未描述是否采用盲法;所有研究的病例组和对照组均来自同一人群,同时均描述了病例组人口学及临床信息;纳入研究的meta分析中文献Healy[7]、Kennedy[8]及Trevino等[12]对照组不符合HWE平衡(P<0.05),文献Xu(2013)[17]和Oris等[18]未提及HWE情况且未能提供数据进行HWE检验。见表1。

图1 文献筛选流程图

表1 纳入的19个研究的基本情况

图2a 19个研究的偏倚风险评价结果

图2b 19个研究的偏倚风险评价

2.3Meta分析结果

2.3.1风险等位基因频率与儿童ALL易感的关联性 19个研究中10个研究[5-14]提供了各个基因型的完整数据,5篇文献包含9个研究[15-19]仅提供风险等位基因频率的OR值和95%CI,包含病例总数41 747例,其中病例组11 542例,对照组30 205例。所有研究的风险等位基因频率meta分析结果显示,C等位基因频率ALL组高于对照组(OR=1.77,95%CI=1.70-1.85,P<0.01),异质性检验I2=40%,各研究间无统计学异质性(图3a)。对基因型完整数据组和不完整数据组进一步分层分析显示,基因型完整数据组C等位基因频率ALL组高于对照组(OR=1.67,95%CI=1.49-1.87,P<0.01),异质性检验I2=59%,各研究间具有统计学异质性;C等位基因频率ALL组高于对照组(OR=1.83,95%CI=1.73-1.93,P<0.01),异质性检验I2=0%,各研究间具有较好的统计学同质性(图3b)。

图3a 风险等位基因频率与儿童ALL易感关联性的meta分析

图3b 风险等位基因频率与儿童ALL易感关联性的分层meta分析

2.3.2不同基因型和儿童ALL易感的关联性meta分析 10个研究[5-14]提供了完整的基因型数据,其中病例组3 306例,对照组21 352例,meta分析结果提示,等位基因模型(C vs T)(OR=1.67,95%CI:1.49-1.87)(图4)、显性模型(CC+CT vs TT)(OR=1.92,95%CI:1.75-2.12)(图5)、隐 性 模 型(CC vs CT+TT)(OR=1.94,95%CI:1.61-2.23)(图6)和共显性模型(CC vs TT)(OR=2.65,95%CI:2.321-3.03)(图7a)以及(CT vs TT)(OR=1.71,95%CI:1.54-1.89)(图7b)中基因多态性可增加儿童ALL的发生风险,见表2。

表2 ARID5B基因rs10821936的多态性与儿童ALL易感性的meta分析和亚组分析结果

注:#N研究数;Egger(P):P值为Egger线性回归法检测发表偏倚;R:随机效应模型;F:固定模型

图4 ARID5B基因多态位点rs10821936等位基因模型与儿童ALL易感性关联的meta分析

图5 ARID5B基因多态位点rs10821936显性模型与儿童ALL易感性关联的meta分析

图6 ARID5B基因多态位点rs10821936隐性模型与儿童ALL易感性关联的meta分析

图7a ARID5B基因多态位点rs10821936共显性模型(CC vs TT)与儿童ALL易感性关联的meta分析

图7b ARID5B基因多态位点rs10821936共显性模型(CT vs TT)与儿童ALL易感性关联的meta分析

按照种族进行亚组分析,结果发现中国人群的显性模型(CC+TC vs TT)(OR=2.16,95%CI:0.93-5.00)与儿童ALL易感性无关,其余各基因模型与增加儿童ALL发生风险仍具有关联,见表2。

2.4敏感性分析 通过剔除HWE不平衡的文献Healy[7]、Kennedy[8]及Trevino[12]进行敏感性分析显示:OR=1.77,95%CI:1.6-1.85,P<0.01,I2=47%;进一步剔除文献Xu(2013)[17]和Oris[18]显示:OR=1.72,95%CI:1.62-1.82,P<0.01,I2=4%,均提示前后结果差异无统计学意义。

2.5发表偏倚 对纳入15篇文献共19个研究采用漏斗图和Egger回归法对各基因模型行发表偏倚检验,Egger 回归法结果显示均P>0.05(表2),提示各基因模型均无发表偏倚。

3 讨 论

ARID5B基因多态性位点rsl0821936位于ARID5B基因内含子3中,大量研究发现ARID5B基因参与B祖细胞的分化和生长调控[20-21],现有研究认为ARID5B基因多态性位点的发病机制在于其能针对ALL患者的B淋巴细胞前体亚群进行选择性作用,使之具有超二倍性的基因结构性变异,进而导致B细胞系基因位点的功能变异最终造成ALL的个体易感性[22-23]。Emerenciano[5]和Ross等[11]研究显示ARID5B基因多态性位点rsl0821936与儿童ALL易感风险并不具有关联性,由于研究方法、种族样本等差异与现有多数研究[6-10,12-18]结果存在争议。因此,本研究进一步汇总分析国内外相关研究,研究结果更加可靠。

本文纳入15篇关于ARID5B基因rsl0821936多态位点与儿童ALL易感的病例对照设计遗传关联性研究,14个条目文献偏倚风险评价显示:19个研究在研究设计、盲法、HWE检验以及统计检验方法条目的符合率均较低,提示本meta分析研究的纳入文献存在一定局限性。纳入研究Healy[7]、Kennedy[8]及Trevino等[12]对照组不符合HWE(P<0.05),且文献Xu(2013)[17]和Oris[18]未提及HWE情况且未能提供数据进行HWE检验。

本研究探讨ARID5B基因rsl0821936多态位点在不同基因模型下与儿童ALL易感的关联性。纳入的15篇meta分析显示等位基因模型、显性模型和共显性模型中基因多态性与儿童ALL易感性相关,此结果和多数研究基本一致。通过种族进行亚组分析显示中国人群的显性模型与儿童 ALL 易感性不具有关联性,综合分析显示纳入研究和样本数量少可能不具有代表性,该结论并不精确。本研究的敏感性分析显示剔除HWE的不平衡或未提及该数据的研究后,合并的效应量结果基本保持一致,说明纳入研究间并不具有明显的统计学异质性。本研究按照不同基因模型进行meta分析合并效应量,进一步提高结果可信度。此外,对采用漏斗图和Egger回归法对各基因模型行发表偏倚检验显示不同基因模型未见发表偏倚,进而增加本研究meta分析结果的可信性。

尽管本meta分析深度分析各基因模型以及不同种族的相关研究,但仍存在一定局限性。①纳入基于病例对照研究,可能存在选择性偏倚。②对亚洲人群的分层分析,尚需要进一步大样本研究进一步证实。③亚组分析未能对不同ALL的不同B细胞性或T细胞性亚型、性别等情况进行分析,其中Trevino等[12]研究发现rsl0821936在ALL和AML组具有差异性,而进一步通过ALL不同亚型可区分出B-ALL。此外,该研究显示B-ALL组的rsl0821936中C风险等位基因频率比非B-ALL组和非ALL对照组都明显增高。④ARID5B的不同SNP与儿童ALL的关联性并非独立单一影响因素,可能是存在不同SNP相互作用的综合效应[7]。

结论:ARID5B基因rsl0821936多态位点与增加儿童ALL易感风险可能存在关联,但与中国儿童ALL人群的易感相关性仍有待进一步研究。

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