Hsa_circ_USP42竞争性结合miR⁃182⁃5p抑制三阴性乳腺癌转移的机制研究

2020-05-13 06:20于金玲高蓓敏沈卫达王浩峰朱江帆
同济大学学报(医学版) 2020年2期
关键词:报告基因培养箱货号

于金玲,高蓓敏,沈卫达,崔 静,王浩峰,朱江帆

(1.同济大学附属东方医院普外科,上海 200120;2.上海市长宁区妇幼保健院乳腺科,上海 200051)

目前,乳腺癌仍位居女性恶性癌肿发病首位[1]。三阴性乳腺癌(thriple⁃negative breast cancer,TNBC)是一种特殊类型的乳腺癌亚型,雌激素受体(estrogen receptor,ER)、孕激素受体(progesterone receptor,PR)及人表皮生长因子受体(human epi⁃dermal growth factor receptor 2,HER2)表达均阴性,缺乏治疗靶点,容易复发及内脏转移,5年生存率不足 30%[2]。除化疗外,尚缺乏其他有效治疗措施。因此,迫切需要寻求新的靶标治疗分子[3]。环状 RNAs(circRNAs)是一类特殊的非编码RNA,具有高度稳定性和组织特异性[4]。而微小RNA(miRNA)在真核细胞的基因表达、细胞发育分化等发挥重要的调控作用[5]。近期研究表明,circRNA 具有 miRNA 应答元件(microRNA response elements,MREs),通 过 与 靶 miRNA 结 合,作 为miRNAs 海绵体,发挥竞争性抑制剂作用,调控相关RNA 的表达[6]。研究发现,miR⁃182⁃5p 在 TNBC 中高表达可下调MTSS1 水平,促进TNBC 转移,并通过高通量测序发现,hsa_circ_USP42 在 TNBC 中差异下调表达;靶miRNA 预测软件分析发现,环状RNA hsa_circ_USP42 在 371~377 碱基具有 miR⁃182⁃5p 可能的结合位点[7]。本研究通过分析 hsa_circ_USP42对TNBC 细胞株体外增殖、凋亡的影响,初步探讨circ_USP42 靶向结合 miR⁃182⁃5p 在 TNBC 中发挥的相关分子机制。

1 材料与方法

1.1 一般资料

本研究获得上海长宁区妇幼保健院伦理委员会批准(批准号 CNFBLLQKW⁃2016003)。收集完整的TNBC 患者临床及病理资料,并收集石蜡包埋的癌及癌旁组织;纳入患者共30 例,为2010年1月至2015年12月期间在上海市长宁区妇幼保健院接受乳腺癌改良根治的患者。所有患者均获得知情同意。患者基线资料:年龄 30 ~70 岁,平均(48.67±9.65)岁;绝经18 例,未绝经者12 例;淋巴结阴性患者9 例,淋巴结阳性患者 21 例;肿瘤病理分期:Ⅰ期和Ⅱ期患者共24 例,Ⅲ期患者6 例。入选标准:术前未接受过放疗及化疗,全部标本经两位病理科副主任医师读片,组织病理学确诊浸润性导管癌。有同侧腋窝淋巴结转移1 枚以上或者肿瘤直径>5 cm 者,术后给予放疗。排除标准:术前接受过放疗及新辅助化疗者;有远处转移患者;特殊病理类型乳腺癌。

1.2 材料与试剂

MDA⁃MB⁃231 细胞株购于中国上海中科院细胞库;DMEM 培养基购于 Gibco 公司(货号 16000⁃044);LipofectAMINETM3000 购于 Invitrogen 公司(货号 L3000015);CCK8 试剂购于同仁化工研究所;RNA 反转录试剂盒购于 TaKaRa 公司(货号9109)。

1.3 仪器与设备

CO2培养箱购于 Thermo 公司(货号 3111);荧光定量 PCR 仪购自 ABI 公司(货号 ViiA7/7500);RT⁃PCR 反应膜购自ABI(货号4311971);电热恒温水槽购自精宏科技(货号DK⁃8D);酶标仪购自TECAN 公司(M100 PRO);倒置显微镜购于Olympus 公司(货号 IX73)。

1.4 载体构建和细胞转染

构建带有目的基因 hsa_circ_0007823 circRNA至 psiCHECK2 载体和 pLCDH⁃ciR 载体中。将提取的质粒 pUC57⁃hsa_circ_0007823 与载体 pLCDH⁃ciR分别通过EcoRI/BamHI 进行双酶切;转化到大肠杆菌,小量提取质粒,进行酶切鉴定,选取酶切正确的质粒进行测序,将测序正确的质粒进行大量提取。

1.5 细胞增殖及迁移实验

1.5.1 CCK8 实验 收集细胞,加入适量的新鲜完全培养液轻轻吹打细胞至均匀的细胞悬液,计数,按1×104/孔的细胞密度将细胞悬液铺于96 孔板中,四周用 100 μL PBS 填充。将铺好的 96 孔板放于37 ℃、5% CO2培养箱培养 24 h。实验分为 2 组,空载转染组和circRNA 过表达质粒转染组,每组6 复孔。将 96 板在 37 ℃、5%CO2培养箱孵育 48 h,孵育时间结束,每孔加入10 μL CCK8 溶液,将培养板在培养箱内孵育2 h,用酶标仪测定450 nm 吸光度(A450),绘制细胞活力曲线。

1.5.2 细胞迁移实验 细胞转染质粒24 h 后,弃去6 孔板原有培养基,加胰酶消化细胞,收集细胞并计数,用0.1% BSA 培养基重悬,细胞密度为2×105/mL,取上述细胞悬液 200 μL 接种于 Transwell小室中,下室放置含2.5% FBS 的培养基,放置细胞培养箱,常规培养24 ~48 h 后取出,弃掉上清液,加入无菌PBS,洗2 次,室温下用4%多聚甲醛固定10 min,然后弃除4%多聚甲醛,无菌PBS 洗2次,室温下再用结晶紫染色20 min,用蒸馏水洗掉小室上多余的结晶紫,室温干燥,倒置显微镜观察细胞、计数并拍照。

1.5.3 细胞侵袭实验 将人工基质胶(20 μg)包被于8 μm 孔径的Transwell 侵袭小室聚碳酯微孔膜的上表面,置于37 ℃细胞培养箱中静止30 min,使其聚成凝胶。收集转染24 h 后的细胞,计数,用0.1% FBS 的培养液制备成 1×106/mL 细胞悬液,在Transwell 上室中加入200 μL 细胞悬液,下室中加入 600 μL 含 10% FBS 的培养液,37 ℃、5% CO2细胞培养箱中静止培养48 h 后取出Transwell 小室,PBS 润洗,用棉签去除上室中的基质胶和细胞,加入4%多聚甲醛固定30 min,PBS 润洗后,结晶紫室温染色15 min,蒸馏水冲洗浸泡,显微镜下观察拍照。

1.6 双荧光素酶报告基因检测

将 circRNA hsa_circ_USP42 与 hsa⁃miR⁃182⁃5p的结合位点前后200 bp 序列克隆构建至报告基因载体psicheck2,同时合成上述预测到的miR⁃182⁃5p mimics。收集培养好的 293T 细胞,用无 PS 的完全培养液重悬细胞,按每孔4×104个细胞,接种至24孔板中,放置细胞培养箱中静置培养过夜。细胞换成无血清培养基 a(3 μL LipofectamineTM3000+25 μL无血清OMEM 培养液,室温静置5min)和无血清OMEM 培养基 b(100 nmol miRNA⁃182⁃5p mi⁃mics/mimic NC + 500 ng psicheck2 /psicheck2⁃ciicRN A+25 μL)室温静置 5 min。将上述中的 a 和 b 混合,室温静置20 min。加入制备的转染混合液于细胞中。去细胞上清液,加入裂解液充分裂解细胞后,12 000×g离心 5 min,取上清液。加入 100 μL 萤火虫萤光素酶检测试剂,混匀后测定RLU(relative light unit)。以报告基因细胞裂解液为空白对照。

1.7 Q⁃PCR检测hsa_circ_USP42过表达效果及靶miR⁃182基因的表达水平

(1) 收集培养好的 TNBC 细胞 MDA⁃MB⁃231,过表达hsa_circ_USP42。取处理好的细胞,用 TRIzol试剂(大连宝生物工程有限公司)提取总RNA。以DEPC H2O 为对照测定 RNA 纯度和定量,取 2 μL RNA 溶液,在酶标仪上测定样本的浓度和质量。

(2) 用 PrimeScriptTMRT Master 试剂盒(日本TaKaRa 公司)按照说明书对总RNA 进行提取并反转录为 cDNA。qRT⁃PCR 在 Bio⁃Rad CFX96 系统(Bio⁃Rad 公 司) 上 使 用 TB GreenTMPremix Ex TaqTM(TAKARA 公司)进行。GAPDH 用作定量circRNA 和 mRNA 的内部参考,U6 作为 miRNA 的内部参考。结果与计算:各样品的目标RNA 和内参分别进行 real⁃time PCR 反应。基因的相对表达数据采用2-ΔΔCt法进行分析。引物及序列见表1。

表1 各基因的引物及引物序列Tab.1 Primers sequences of each gene

1.8 Western印迹法检测蛋白表达水平

RIPA 裂解液裂解细胞,置于冰上放置30 min,4 ℃,12 000×g离心 10 min,取上清液。使用 BCA试剂盒(Thermo Fisher Scientific 公司)测定蛋白浓度。将蛋白液与loading buffer 混匀,放入100 ℃水浴6 min。离心,放置冰上,配制 SDS⁃PAGE 分离胶。将等量的蛋白加载到凝胶上,电泳后使用转膜仪将蛋白转移到PVDF 膜上,然后用5%脱脂牛奶在37 ℃封闭 2 h。P 孵育一抗,内参(1 ∶5 000),目的蛋白(均按1 ∶1 000稀释),4 ℃,过夜。孵育二抗(1 ∶5 000),37 ℃,2 h。化学发光显影(Millipore ECL 发光液),记录并拍照。

1.9 统计学处理

采用GraphPad Prism 7.0 软件作图。采用SPSS 19.0 软件进行统计分析。定量资料用±s表示(符合正态分布)或者中位数与四分位数间距(不符合正态分布)的形式表示。组间均值比较使用t检验。P<0.05 为差异有统计学意义。

2 结 果

2.1 hsa_circ_USP42在TNBC癌组织中低表达

qPCR 结果显示,TNBC 癌组织中 circRNA USP42 相对定量(5.969±3.076)低于癌旁组织(20.284±5.444),差异有统计学意义(t=-16.469,P=0.000),见图1。circRNA USP42 在淋巴结阳性组表达(3.575±1.612)低于淋巴结阴性组(6.995±2.999),差异有统计学意义(t=4.039,P=0.003)。

2.2 hsa_circ_USP42过表达抑制TNBC细胞迁移和侵袭

过表达质粒 circRNA hsa_circ_USP42 的细胞迁移数量减少(P=0.028),过表达质粒 circRNA hsa_circ_USP42 的细胞侵袭数量减少(P<0.000 1),见图1。

图1 circ_USP42 过表达对TNBC 细胞迁移及侵袭的影响Fig.1 Effects of circ_USP42 expression on cell migration and invasion of TNBC cells

2.3 hsa_circ_USP42过表达抑制TNBC细胞活力

CCK⁃8 检测结果显示,过表达质粒circRNA hsa_circ_USP42 的细胞活力水平降低(P=0.000 8),见图2。

2.4 circRNA结合的miRNA荧光素酶筛选验证

通过网络数据库,预测环状 RNA hsa_circ_USP42 在 371~377 片段有 hsa⁃miR⁃182⁃5p 靶结合点。荧光素酶报告基因实验发现,将质粒circRNA hsa_circ_USP42 与 miR⁃182⁃5p mimics 共转染至TNBC 细胞系 MDA⁃MB⁃231,荧光素酶活性降低,差异有统计学意义(P<0.000 1)表明 circRNA circ_USP42 与 miR⁃182⁃5p 为有效结合,见图3。

图2 hsa_circ_USP42 过表达对 TNBC 细胞株增殖的影响Fig.2 Effects of hsa_circ_USP42 expression on cell proliferation of TNBC cells

图3 荧光素酶报告基因实验结果Fig.3 The results of luciferase report assay

2.5 circRNA⁃miRNA⁃靶基因验证

在 MDA⁃MB⁃231 中过表达环状 RNA hsa_circ_USP42,qPCR 验证 miR⁃182 及 MTSS1 靶基因表达水平,Western 印迹法检测MTSS1 的蛋白表达水平。qPCR 结果表明,与对照组比较,过表达质粒circRNA hsa_circ_USP42 转染细胞后,circRNA hsa_circ_USP42 的表达水平升高(P=0.002 2);miR⁃182⁃5p 的表达水平降低(P=0.036),MTSS1 的表达水平升高(P=0.001 7),差异均有统计学意义,见图4。

Western 印迹法检测结果显示,过表达质粒circRNA hsa_circ_USP42 细胞的 MTSS1 蛋白表达水平升高,差异有统计学意义(P=0.035 4),见图5。

图4 hsa_circ_USP42 过表达后 miR⁃182⁃5p 及 MTSS1mRNA 水平变化Fig.4 The expression of miR⁃182⁃5p and MTSS1 mRNA in hsa_circ_USP42 overexpression cells

图5 hsa_circ_USP42 过表达后 MTSS1 蛋白水平变化及灰度分析Fig.5 The expression of MTSS1 protein and gray value in hsa_circ_USP42 overexpression cells

3 讨 论

TNBC 是一类具有高度异质性的乳腺癌,严重危害女性健康。15%~20%的乳腺癌患者为TNBC[8]。在过去的几十年中,乳腺癌治疗取得了显著进展,总体死亡率下降。然而,TNBC 病理组织学分级差,肿瘤侵袭性强,容易发生内脏转移。目前TNBC 治疗仍以化疗为主,尚缺乏内分泌及抗HER2 治疗靶点,3年后复发率可达 40%~50%[9],预后仍然很差。因此,鉴定更多用于治疗TNBC 的抗癌分子靶标具有重要意义。

CircRNA 是一类以共价闭环为特征的非编码RNA,广泛存在于真核生物中,来源于基因的外显子或内含子,具有物种保守性及组织特异性。随着高通量测序技术和计算分析的发展,越来越多的circRNA 被发现,其在疾病发生中的调控作用也越来越被重视[10]。相比线性 RNA 分子,circRNA 具有封闭的环状结构,没有 5′⁃3′的极性和 polyA 尾巴,因此不容易被RNA 核酸外切酶或者RNaseR 降解,更稳定[11]。大多 circRNAs 来源于外显子,具有可以结合 miRNA 的 MREs。circRNAs 主要存在于细胞质中,其表达丰度较高,具有组织特异性,相对保守。circRNAs 的上述特性决定了它们在转录后的重要作用,可作为疾病诊断及治疗的潜在靶点。

CircRNA 可作为内源性竞争RNA(ceRNA)分子,可能通过影响靶miRNA 与下游靶mRNA 结合而发挥作用[12]。有研究证明,在不同物种中,circRNA 可以发挥miRNA 海绵体的作用,通过与miRNA 竞争性结合,作为ceRNA,调控靶mRNA 的表达[13⁃14],在疾病调控中发挥重要作用,作为潜在的疾病预后因子及治疗靶点[15]。约 30%以上的circRNA 发挥 miRNA 的 ceRNA 作用,形成 circRNA⁃miRNA⁃mRNA 多维调控网络,调控基因的表达。Piwecka 等[16]验证了环状 RNA Cdr1as 大约有 1 500个核苷酸,可能发挥海绵作用吸附miRNA 的作用。

microRNA 是较短的 RNA 分子,通常结合到mRNA 的互补序列上,因而控制着细胞产生的特定蛋白数量,发挥抑癌或促癌作用[17⁃18]。研究探索了miR⁃182 对 TNBC 细胞行为的作用,表明 miR⁃182在TNBC 组织和细胞中上调,可促进TNBC 细胞的增殖和侵袭,并证明 miR⁃182 可能通过下调靶mRNA 表达促进 TNBC 细胞增殖和迁移[19⁃20]。本课题组前期进行了 TNBC circRNA 测序,建立了circRNA 差异表达谱,挑选出差异表达显著的circ_USP42 作为进一步研究对象。靶miRNA 预测结果表明,miR⁃182⁃5p 是与 hsa⁃circ⁃USP42 结合力最强的5 个miRNA 之一。进一步通过数据库预测hsa_circ_USP42 在 371 ~377 及 412 ~419 两个碱基序列与 miR⁃182⁃5p 有潜在结合位点。荧光素酶报告基因质粒 circRNA hsa_circ_USP42 与 has⁃mir⁃182⁃5p共转染至细胞后荧光素酶活性显著降低,说明circRNA circ_USP42 与 miR⁃182 有效结合。在本研究中,hsa_circ_USP42 在 TNBC 癌组织中的表达明显低于癌旁组织;在TNBC 淋巴结阳性组表达更低。在 TNBC 细胞株 MDA⁃MB⁃231 中过表达 hsa_circ_USP42,细胞的侵袭和迁移明显受到抑制,提示hsa_circ_USP42 可能发挥 miR⁃182⁃5p 的海绵调控作用,影响TNBC 的发生发展。荧光素酶报告基因实验证实 hsa_circ_USP42 与 miR⁃182⁃5p 有效结合;过表达 hsa_circ_USP42 后,靶 miRNA miR⁃182⁃5p显著下调,而靶基因MTSS1 在转录水平及蛋白水平均升高,提示 hsa_circ_USP42 可能发挥 miR⁃182⁃5p海绵作用,上调MTSS1 表达,抑制TNBC 侵袭及转移,在TNBC 发生发展过程中发挥抑癌作用;hsa_circ_USP42 与 miR⁃182⁃5p 的靶结合位点可能是TNBC 的潜在治疗靶点。

未来需要体内动物实验进一步阐明hsa_circ_USP42 作为 miR⁃182⁃5p 海绵调控体内机制。hsa_circ_USP42/miR⁃182⁃5p/MTSS1 轴对 TNBC 复发、转移的影响,有待进一步研究。

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