猪圆环病毒3型的鉴定和遗传演化分析

为了解宜宾市养殖场猪圆环病毒（PCV）3型的基因组特征和遗传变异规律。本试验利用PCR方法从流产母猪血液中鉴定出1株PCV3，命名为SC-YB2203。经过PCR方法扩增部分基因组序列，对测序结果拼接并进行系统进化树分析。结果显示：遗传进化树分析发现SCYB2203与广州株MK142771和美国株MK496279属于同一分支3f，与西班牙株MH579746和美国株MK496280亲缘关系较近，与四川株MZ449244和重庆株KY075990亲缘关系较远。序列分析发现SC-YB2203与参考序列之间的同源性最高的为重庆株KY075990（98.5%），与湖南株MG372488的同源性为87.7%，与其他国内株同源性较高（97.6% -98.5%）。本研究有助于深入了解和分析四川省PCV3流行毒株的分子特性和遗传进化分析，为后续PCV3的致病性研究和防控提供参考。

猪圆环病毒（porcine circovirus）属于圆环病毒科环状病毒属，是已知最小的动物病毒之一。PCV是一种无囊膜，单股负链环状DNA病毒。PCV可分为PCV1、PCV2、PCV3和PCV4 4种不同基因型[1-2]。PCV1可以感染家猪与野猪且呈现无临床症状。PCV2能够引起宿主机体的免疫抑制，导致母猪的繁殖障碍，在急性病死母猪中能够检测出PCV3[3-4]。PCV3感染后，使母猪流产率增加，出现产死胎或木乃伊胎现象[5]。2017年3月中国首次报道PCV3感染，且随后呈逐年上升的趋势[6]。PCV3的基因组全长2 000 bp，包含3个ORF，ORF1编码复制相关蛋白由297个氨基酸组成，ORF2编码衣壳蛋白由214个氨基酸组成，ORF3编码的蛋白功能未知由231个氨基酸组成。本研究从四川省宜宾市某猪场流产母猪血液中鉴定1株PCV3，命名为SC-YB2203，通过遗传演化分析，了解该地区毒株序列的遗传演化关系，为PCV3分子流行病学研究和防控提供参考。

1材料与方法

1.1病料来源

临床样本来源于2022年3月四川省宜宾市某养殖场，发病症状主要包括母猪发生流产、产弱胎等症状，血液样本保存于-80℃。按照DNA提取试剂盒说明书，提取猪的血液DNA备用。

1.2主要试剂

病毒总DNA提取试剂盒，购自天根生物科技有限公司；胶回收试剂盒，购自天根生物科技有限公司；DL2000 marker、Ex Taq酶、均购自TAKARA。

1.3引物设计

利用猪圆环病毒3型鉴定引物R-F：5-CC‐GCACCCGAAGCGCAGCGG -3；R-R：5-ATCCACTGCCCGGTATATCCAC-3对血液进行PCR鉴定。

1.4 PCR扩增及测序

反应条件： 95℃预变性5 min；95℃变性30 s，50℃退火30 s，72℃延伸1 min，共进行30个循环；72℃终延伸10 min。PCR产物由成都擎科生物科技有限公司进行测序。利用DNA‐STAR软件将序列拼接后提交NCBI，命名为SC-YB2203。

1.5基因序列分析

利用DNAStar软件对SC-YB2203的基因组序列进行同源性比较，用MEGA6.0构建遗传进化树分析SC-YB2203序列并绘制遗传进化树，分析比较SC-YB2203与参考毒株的遗传进化关系。

2结果和分析

2.1基因序列比较分析

SC-YB2203与参考序列之间的同源性最高的为重庆株KY075990 （98.5%），与湖南株MG372488的同源性为87.7%，与其他国内株同源性较高（97.6%～98.5%），见图1。

2.2 SC-YB2203遺传进化分析

使用MEGA6.0软件将SC-YB2203与国内外PCV3核酸序列进行比对，构建进化树。结果显示SC-YB2203与广州株MK142771和美国株MK496279属于同一分支3f，与西班牙株MH579746和美国株MK496280亲缘关系较近，与四川株MZ449244和重庆株KY075990亲缘关系较远（见图2）。

3讨论和结论

本研究通过采集流产母猪血液，进行PCR方法检测和鉴定，获得1株PCV3序列，命名为SC-YB2203。序列分析显示PCV3没有明显的地域性，与国内株PCV3序列同源性为87.7%～98.5%。

遗传进化分析发现SC-YB2203与广州株MK142771和美国株MK496279属于同一分支3f，与3e分支的西班牙株MH579746和美国株MK496280亲缘关系较近，与四川株MZ449244和重庆株KY075990亲缘关系较远。SCYB2203与四川株和重庆株相比处于不同分支，说明西南地区PCV3存在多基因亚型并存现象。国内分离株基因型较多且呈广泛分布。SC-YB2203可能来源于国外引种，PCV3不同基因型存在是否影响致病性需要进一步研究。

综上所述，本研究鉴定了一株PCV3，SCYB2203，遗传分析发现其与多株国外毒株遗传关系较近，并且与四川株和重庆株遗传关系较远，这有助于了解西南地区PCV3的流行病学和基因型特征，为后续致病性研究和防控提供依据。

参考文献

[1] Phan T G， Giannitti F， Rossow S， et al. Detection of a novel circovirus PCV3 in pigs with cardiac and multi-systemic inflammation[J]. Virology Journal， 2016， 13（1）：184.

[2]陈秋艳，冀禹彤，梅朱园，等。猪圆环病毒$型的分离与鉴定[J]。中国兽医科学，2020，50（10）：1271-1277.

[3] Arruda B， Pi？eyro P， Derscheid R， et al. PCV3-associ‐ated disease in the United States swine herd. Emerging Microbes and Infections. 2019，8（1）：684-698.

[4] Mora-Díaz J， Pablo P， Huigang S， et al. Isolation of PCV3 from Perinatal and reproductive cases of PCV3-as‐sociated disease and in vivo characterization of PCV3 replication in CD/CD growing pigs[J]. Viruses， 2020（2）： 219.

[5]张永宁，梅琳，张舟，等.猪圆环病毒3型研究进展[J].东北农业大学学报，2017，48（9）：89-96.

[6] Chen GH， Mai KJ， Zhou L， et al. Detection and ge‐nome sequencing of porcine circovirus 3 in neonatal pigs with congenital tremors in South China. Transbound and Emerging Diseases. 2017，64（6）：1 650-1 654.

基金项目：宜宾学院博士启动项目（2019QD09，2019QD10）

【1四川省宜宾市农业农村局陈燕凌；2四川省宜宾市翠屏区农业农村局王颖旺；3宜宾学院农林与食品工程学部，宜宾市动植物检验检疫工程技术研究中心杨潞，杨漫漫，李雪梅，张月，田志革，胡晓亮（通讯作者）】