基因组
- 畜禽泛基因组研究进展
990年“人类基因组计划”(Human Genome Project)[1]提出以来,基因组学得到了迅速发展,为生命科学的多个领域提供了重要的研究基础。随着越来越多物种的基因组被测序和组装,研究人员发现,同一物种的不同个体间基因组信息具有较大差异,单一参考基因组并不能完整涵盖其所有的遗传信息,这可能会阻碍物种基因组变异的精准鉴定。2005年,Tettelin等[2]首次提出了泛基因组的概念,开启了泛基因组学研究的新时代。随后,泛基因组学逐渐应用于细菌、真菌
畜牧兽医学报 2023年9期2023-10-09
- 全球首张家蚕超级泛基因组图谱绘就
，西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室团队完成家蚕大规模种质资源基因组解析，在全球首次绘就家蚕超级泛基因组图谱，并率先创建“数字家蚕”基因库，将我国家蚕基因研究推向设计育种阶段。此次突破的超级泛基因组图谱是一个物种所有基因组信息的总和，对于深化功能基因组研究、种质创新等意义重大。（法绮）
新农村(浙江) 2022年11期2022-12-17
- 世界
990年，人类基因组计划启动；2001年，长达30亿碱基对的人类基因组草图绘制完成。这不仅是人类历史上的一项壮举，也是分子生物学领域的一座巨大里程碑。2010年，以人类全基因组为参考序列，分子古生物学家发表了三种古人类的基因组草图：尼安德特人、丹尼索瓦人以及古因纽特人。至此，古基因组研究新纪元正式开启。目前，古基因组数据已有六千余个，但这些数据也只能让我们初步了解人类演化史。受限于保存状况，目前大部分古基因组数据来源于寒冷干燥的地区，而亚洲南方、非洲、美洲
生物进化 2021年4期2022-01-11
- 泛基因组：高质量参考基因组的新标准
，姜雨综 述泛基因组：高质量参考基因组的新标准边培培，张禹，姜雨西北农林科技大学动物科技学院，杨凌 712100随着三代测序组装的高质量参考基因组的陆续发布，以及大规模重测序和群体遗传学分析的广泛进行，研究人员发现来自单一个体的参考基因组远不能涵盖整个物种的所有遗传序列，大量缺失序列导致群体遗传变异图谱不完整，而构建来自多个个体的泛基因组能很好地解决这一缺陷，其研究内容包括负责基本生物学功能及该物种主要表型特征的核心基因组以及与物种的遗传多样性和个体独特性
遗传 2021年11期2021-11-27
- 重复序列对植物基因组大小进化的影响
华北理工大学 基因组学与计算生物学研究中心，河北 唐山 063210)1植物基因组大小的研究现状基因组大小(Genome Size)普遍指细胞核中所含DNA的数量，也被人们称为C值(C-value)，一般以单倍体基因组的核酸量来衡量[1]。植物C值数据库(http://data.kew.org/cvalues/)[2]中包含12 273种植物的基因组大小数据，该数据库对各类植物的基因组大小的动态变化都具有较好的记录。到目前为止，植物C值数据库中包括10 7
华北理工大学学报(自然科学版) 2021年4期2021-10-26
- 植物基因组组装技术研究进展
科学院深圳农业基因组研究所，深圳 518124；2. 鹏城实验室，深圳 518055）基因组组装是将全基因组测序的小片段（read，长度100 bp-100 kb）通过算法拼接成尽量长的片段（contig和scaffold，长度几十kb到Mb不等）或者整条染色体的过程。组装过程的关键是识别基因组上相邻测序片段的重叠关系，除测序技术外，基因组的杂合度和重复序列对组装效果影响最大［1］。植物基因组往往经历局部复制、全基因组加倍、重复序列扩张等，导致基因组中存在
生物技术通报 2021年6期2021-08-11
- 科学家开发出人工基因组高效简化策略
刁雯蕙近日，《基因组生物学》发表了中国科学院深圳先进技术研究院戴俊彪团队的研究成果，他们开发出一种称为SGC（SCRaMbLE-based genome compaction）的人工基因组高效简化策略，并以此方法删除了第12号染色体左臂中超过一半的非必需基因，为构建第一个最小真核基因组及理解真核生命的核心組成奠定了理论和技术基础。
科学导报 2021年3期2021-02-22
- Alu家族在4种旧世界猴基因组中的特征
mates动物基因组的重要组成，对基因功能、基因表达调控和基因组进化有重要影响(Feschotte，2008；Deininger，2011)，根据序列结构特征，可以分为短散在重复序列(short interspersed elements，SINEs)、长散在重复序列(long interspersed elements，LINEs)、长末端重复序列(long terminal repeat，LTR)和DNA元件(Deiningeretal.，2002；W
四川动物 2019年6期2019-11-22
- 环状芽孢杆菌泛基因组分析及次级代谢通路挖掘
芽孢杆菌完成了基因组测序。Tettelin等［14］在2005年提出泛基因组（Pangenome）的概念，它包括核心基因组（由所有菌株共有的基因组成）、非必须基因组（由一个或多个菌株缺失的基因组成）和菌株的特殊基因（由每个菌株特有的基因组成）。近年来，泛基因组分析在微生物基因组功能基因鉴定中得到了广泛的应用［15］。与比较基因组学经典分析不同，泛基因组分析可以预测蛋白质编码基因的数量，并在新的环状芽孢杆菌基因组测序时，通过计算可以预测整个环状芽孢杆菌泛基因
生物技术通报 2019年10期2019-10-24
- 我国科学家揭示香蕉亚基因组进化和功能分歧
isiana 基因组装配，为了解水果生物学提供了更多的背景，并有助于开发育种最佳香蕉品种的工具。香蕉（Musa ssp）是一种重要的食物资源，具有重要的社会经济和生态作用。A 基因组香蕉的基因组测序提供了对单子叶植物进化的见解。尽管A 基因组代表了香蕉遗传改良中的关键步骤，但缺乏高质量的B 基因组序列，极大地阻碍了种质鉴定和香蕉的分子育种。先前已报道B 基因组，但是基于通过将读数映射到A 基因组2 的组装和注释显示出低质量。该研究提出了一种高质量的M.ba
中国食品学报 2019年8期2019-01-18
- 中国热带农业科学院成功绘制香蕉B 基因组精细图谱
ung（BB 基因组）的精细基因组图谱，揭示了香蕉A、B 基因组的分化，二倍化进程中A、B 基因组的特点、多倍体香蕉A、B 亚基因组之间同源交换与重组规律等重要科学问题，为香蕉遗传改良奠定了重要基础。重测序分析表明，多倍体香蕉A、B 亚基因组之间频繁发生了同源交换与重组。整合基因组、重测序、转录组数据揭示了三倍体粉蕉（Musa ABB group, cv Pisang Awak）基因偏向于B 亚基因组表达，其中乙烯生物合成和淀粉代谢途径基因显著扩增，并且偏
世界热带农业信息 2019年8期2019-01-05
- 中国热带农业科学院成功绘制香蕉B基因组精细图谱
lung（BB基因组）的精细基因组图谱，揭示了香蕉A、B基因组的分化，二倍化进程中A、B基因组的特点、多倍体香蕉A、B亚基因组之间同源交换与重组规律等重要科学问题，为香蕉遗传改良奠定了重要基础。芭蕉属真蕉组M. acuminate（A-基因组）和M. balbisiana（B-基因组）的种内或种间杂交，形成了现代丰富多样的可食香蕉类型。重测序分析表明，多倍体香蕉A、B亚基因组之间频繁发生了同源交换与重组。整合基因组、重测序、转录组数据揭示了三倍体粉蕉（Mu
种业导刊 2019年8期2019-01-04
- 小麦基因组破译有助高产非致敏品种培育
最近，国际小麦基因组测序联盟（IWGSC）在最新一期的《科学》杂志上公布了小麦复杂基因组的相关数据——他们在用作面包的小麦的21条染色体上确定了10.7万个基因。迄今为止，联盟成员已针对这一基因组发表了100多篇论文。研究人员称，新序列“迎来了小麦遗传学的新时代”。这将加快提高小麦收成的步伐，也为培育出非致敏品种带来新希望。该基因组还可帮助提高小麦对疾病的抵抗力并保护人类健康。
新农村(浙江) 2018年11期2018-02-09
- 韩国科学家将解读水果和蔬菜基因组
种受欢迎农产品基因组的计划，包括草莓和甜椒。新项目将在2021年前解码23种有价值农产品（和动物）的基因组。基因组计划首先于2014年开始，作为该项目第一阶段的一部分，解码了包括甘薯和菊花在内的17种农产品的基因组。该项目的第二部分2018年继续，预算为300亿韩元（2 280万欧元），包括300多名研究人员和25个组织。
中国蔬菜 2018年5期2018-02-02
- 科学家绘制高精度类人猿基因组图谱
类人猿的高精度基因组图谱。与过去类似研究不同的是，这次没有参照人类基因组图谱，因此更准确地揭示了人类与类人猿的基因差异。利用第三代基因测序技术和先进的拼接方法，美国华盛顿大学等机构研究人员绘制出的这个高精度基因组图谱，对人与类人猿基因组的差异提供了迄今最全面的解读。论文发表于《科学》杂志。绘制基因组图谱时，需要把整个基因组打成碎片，对每块碎片进行测序，然后拼接起来，就像拼图一样。此前绘制的类人猿基因组图谱大多是草图，拼图里的缺块很多，并且要参考已有人类基因
医药前沿 2018年33期2018-01-16
- 真核生物基因组注释的主要步骤及方法
0041)随着基因组测序技术的不断发展以及测序成本的不断降低，越来越多的真核生物基因组被测序。然而，基因组序列本身只是一串串由A、T、C、G四个字母所组成的、枯燥难懂的字符，只有当这些字符串的生物学意义被解读了，即基因组序列被注释了，人们才能够有效地使用基因组序列。由此，在基因组测序完成之后，要做的第一件事就是进行基因组注释(genome annotation)。1 基因组组装质量的评估由于基因组组装得好坏直接决定了基因组注释的质量，所以在进行基因组注释之
生物学教学 2017年12期2017-02-18
- 北京养猪育种中心全基因组选择育种公猪诞生
养猪育种中心全基因组选择育种公猪诞生据首都建设报2017年12月10日报道，首农集团三元种业公司旗下北京养猪育种中心第一批全基因组选择育种公猪于近日诞生并应用于生产。北京养猪育种中心目前已经建立近900头猪的参考群体，部分后备猪已经开始应用全基因组选择育种，第一批全基因组选择育种公猪已经完成。全基因组选择育种法可以不依赖种猪表型信息，对种猪进行早期全基因组选择，可以缩短世代间隔、提高选择强度、降低育种成本，同时能够捕获种猪基因组中全部遗传信息，从而加快育种
中国猪业 2017年12期2017-01-15
- 全基因组测序及临床应用
·视频导读·全基因组测序及临床应用于福利(美国贝勒医学院)全基因组测序是当今遗传学领域的热门话题。全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序。 1986年， Renato Dulbecco是最早提出人类基因组定序的科学家之一。也有人称这一技术是一个改变世界的技术。在第五届中国胎儿医学大会上，我们邀请到了来自贝勒医学院的于福利教授讲授了有关全基因组测序的课题。于福利教授来自贝勒医学院人类基因组测序中心，致力于大规模人类基因组学研究，特别在人类遗
中国产前诊断杂志(电子版) 2016年2期2016-09-22
- 我国科学家主导完成白菜、甘蓝基因组测序和分析
完成白菜、甘蓝基因组测序和分析由我国科学家领衔的白菜、甘蓝和油菜全基因组测序项目又取得阶段性重大成果，完成了甘蓝基因组测序和分析。该研究近日在线发表在国际权威学术期刊《自然·通讯》。甘蓝基因组测序是白菜、甘蓝和油菜等芸薹属全基因组测序项目的一部分。这是继白菜基因组测序项目后的又一重大成果。据甘蓝项目组技术负责人、中国农科院油料所刘胜毅研究员介绍，甘蓝基因组至少包含45 758个蛋白编码基因，与白菜基因组相似，其基因组的大部分能够与十字花科近缘模式植物拟南芥
乡村科技 2014年15期2014-03-03
- 我科学家领衔完成甘蓝基因组测序分析
、甘蓝和油菜全基因组测序项目取得阶段性重大成果：继白菜基因组测序项目完成后，科学家日前完成了甘蓝基因组测序和分析，并在此基础上与其他近缘种植物基因组比较，发现了作物种间和种内基因组呈现多层次不对称的进化规律。该研究成果近日在线发表在国际权威学术期刊《自然·通讯》上。甘蓝基因组测序是白菜、甘蓝和油菜等芸薹属全基因组测序项目的一部分，上述成果在中国农业科学院油料研究所和蔬菜花卉研究所、华大基因研究院的主导下，联合国内外多家科研机构共同完成。我国主要油料作物油菜
中国蔬菜 2014年8期2014-01-31
- 科学家完成迄今最大基因组测序
历史：火炬松的基因组有221.8亿个碱基对——约为人类基因组的7倍多，是目前已完成测序的最大基因组。火炬松原产于美国东南部，是美国南方松中重要的速生针叶用材树种。在基因测序工作伊始，火炬松就被确定为研究对象。然而，火炬松基因组的庞大规模给传统的全基因组“鸟枪法”测序(只能对短的基因组片段进行测序)出了一道难题。新研究中，研究人员改进了原有的“鸟枪法”——利用基因克隆方法对单独的DNA片段进行预处理，因而能够更容易地拼装出一个完整的基因组。该团队发现，82%
中华肺部疾病杂志(电子版) 2014年2期2014-01-22
- 病原菌基因组岛的预测及相关基因的功能研究
206）病原菌基因组岛的预测及相关基因的功能研究陈 晨* 杜鹏程* 王海印 张 雯 张媛媛（中国疾病预防控制中心传染病预防控制所/传染病预防控制国家重点实验室，北京 102206）目的通过对病原菌基因组进行预测和对相关基因功能进行研究，探讨病原菌基因组岛对其基因组结构及功能的影响。方法通过生物信息学方法，根据GC含量异常预测基因组岛，对相关基因进行COG功能注释，对基因组岛的分布特点和相关基因功能进行分析。结果在276株病原菌基因组上预测得到了2945个基
中国医药指南 2013年12期2013-07-02
- 不同生活习性下原核生物基因组大小与GC含量的关系研究*
510275)基因组GC含量(G与C所占的百分比)是基因组组成的标志性指标。早在20世纪50年代，Lee等[1]就发现细菌基因组GC含量可在25%～75%之间。迄今，有两种观点来解释不同生物之间GC含量的差异：中性说[2]和选择说[3]。中性说主要强调不同生物之间GC含量的差异是由碱基的随机突变和漂移造成，而选择说则认为GC含量的差异是环境及生物的生活习性等因素综合作用的结果。在选择说的模式下，Thiery等[4]分析了一些脊椎动物的基因组，发现温血脊椎动
中山大学学报(自然科学版)(中英文) 2011年3期2011-07-24
- 我国首次研究完成大熊猫基因组精细图
同参与的大熊猫基因组测序研究项目近日正式完成，并绘制出大熊猫基因组精细图。这是我国科学家第一次全面系统地对大熊猫基因组进行测序研究。据介绍，大熊猫基因组测序研究结果表明，大熊猫有染色体21对，基因组大小2.4 G，重复序列含量36%，基因2万多个。研究还表明，大熊猫基因组仍然具备很高的杂合率和较高的遗传多态性；在已经进行全基因组测序的物种中，大熊猫基因组与狗的基因组最接近；数据分析结果同时还进一步支持了大多数科学家所持的“大熊猫是熊科的一个亚种”这种观点，
东北农业大学学报 2010年1期2010-12-04
- 韩国完成迄今最大规模人类基因组分析
首尔大学医学院基因组医学研究所最近宣布，已完成了对韩国男女各5人的基因组分析。这是迄今为止在世界上进行的基因组分析中规模最大的。自2003年以来，美国等发达国家纷纷启动基因组分析项目，但每次分析对象均仅限一人，因此难以将研究结果标准化。而韩国此次成功进行的大规模基因组分析，为开展针对韩国人基因特点的医学研究和治疗各种遗传性疑难杂症提供了实质性转机。另外，关于朝鲜民族流入朝鲜半岛的途径研究也将很快取得进展。2010年初成立的首尔大学基因组医学研究所作为“亚洲
中国科技产业 2010年4期2010-02-15