构象
- 关于第54届国际化学奥林匹克试题4-9的表观解离常数计算的讨论
-9小题涉及了多构象化合物的平衡计算问题。阅卷、仲裁过程中发现，有许多同学由于对化学热力学概念理解不充分而失分。1 题目与答案4-9中[4]，由于聚硫化物在DME中第二步解离常数极小(Kd1/Kd2≈ 1014)，因此溶液中多硫化物主要以Li2S6(DME)以及其一级解离形式存在，可以将原平衡简化为如图1所示模型：图1 简化的聚硫化物溶剂合平衡模型最常见的错误解答(2)采用了与上式类似的方法计算，这种方法简单地将化合物Li2S6(DME)的吉布斯自由能视为
大学化学 2022年12期2023-01-10
- 冠醚-金属离子配合物的构象转化、选择性和同位素效应的理论计算研究
属离子配位前后的构象变化，为后续理论计算和实验筛选冠醚配体结构提供重要的依据。目前关于不同修饰基团及空腔大小的冠醚与金属离子相互作用的实验[2-6]与理论计算研究已经有很多文献报道[7-22]，理论计算结果表明，在没有溶剂分子存在的情况下，碱金属及碱土金属离子与冠醚的结合能主要由金属离子的电荷/半径比及冠醚中能与金属离子配位的原子数目决定。对于同一种冠醚，其与碱金属和碱土金属离子的结合能随电荷/半径比减小而增大[7-8]；而对于同一种金属离子，其与冠醚的结
同位素 2022年6期2022-12-30
- 手性药物分子绝对构型鉴定的理论研究进展
、matrix、构象对概念、ECD 和VCD。1 手性分子的旋光、旋光色散计算及其应用1.1 手性分子的基本性质人们对手性分子旋光现象进行详细研究后发现：1)对映体分子的旋光值总是大小相等，旋光方向相反；2)有些分子虽然具有手性，但其旋光值非常小；3)在长链手性分子中，当分子侧链的长度增加到一定程度后，分子的旋光值基本上不随着碳原子数量的增多而有较大变化等。造成这些有趣现象的原因困扰了研究人员很长时间，直到后来因为计算化学的发展而得到了很好的解释。在缺少高
河北科技大学学报 2022年4期2022-09-12
- 以吸收光谱的变化为手段分析二蒽酮分子的热致变色现象*
构产生三种独特的构象：反式折叠、顺式折叠和扭曲构象，如图2所示。每一种构象代表分子π电子离域和空间应变共同作用的结果，它们之间的转换与某些BAEs分子的热致变色现象有密切的关系[8-12]。图2 BAEs分子普遍存在的三种构象Fig.2 There conformations of BAEs作为BAEs家族的重要成员，二蒽酮(X=Y=C=O)在有机合成中被广泛的用作合成原料[13]，而该化合物衍生物-金丝桃素是治疗抑郁症的一种非常重要的药物[14-15]。
广州化工 2022年14期2022-08-16
- 基于分子动力学模拟的TRPM8通道门控特性分析
11个完整不同构象的TRPM8通道, 发现其S6跨膜螺旋C末端构成的门控存在回环和螺旋2种构象. 在回环构象中, 多个氨基酸参与形成阻碍离子通透的孔道区; 而在螺旋构象中, 仅有关键氨基酸V956发挥门控作用. 由于回环构象的柔性大于螺旋构象, 导致回环构象参与阻碍离子通透的关键氨基酸构象和数量变化多样. 二级结构预测与模建结果表明, S6跨膜螺旋C末端存在回环构象向螺旋构象的转变, 此过程中柔性的回环构象结构域向胞外侧上移, 关键氨基酸向孔道衬外扭转,
高等学校化学学报 2022年6期2022-07-18
- 三乙胺分子构象与红外光谱的理论研究*
—180°范围内构象异构化势能面,甄别出12 种三乙胺基态异构体.进一步辅以二阶微扰理论MP2 的方法,在相同基组水平下计算与优化6 种能量较低的构象异构体的结构与能量.结果表明具有C3 对称性的G1 与G1′是最稳定构象,并识别出两种具有新的甲基取向的G4 与G4′构象异构体.另外,通过G1—G4 红外光谱与振动模式的比较,分析了它们之间的相似性与差异性.G1—G4 的红外谱线显示在0—1600 cm—1 范围内的强度较弱,而在2800—3300 cm—
物理学报 2022年10期2022-06-04
- 距离约束和二面角优化的蛋白质结构预测方法
的能量函数，引导构象向天然态结构(即能量最低点状态)折叠；2)设计高效的构象搜索方法，在复杂的能量景观中探索低能量区域[9].传统的能量函数[10，11]是基于理化模型构建的，没有考虑到不同蛋白质的特殊性，因此很难准确地引导构象向天然态结构折叠.近几年，得益于已测定蛋白质序列的快速增长和深度学习技术的不断完善，根据目标序列的进化信息提取先验知识辅助结构预测取得了巨大进展[12-17].尤其是残基-残基接触预测，为蛋白质折叠提供了重要的约束信息，很大程度上弥
小型微型计算机系统 2022年1期2022-01-21
- 基于计算机虚拟技术研究牦牛乳硬质干酪苦味肽的抑菌活性差异
子，去除蛋白质多构象，补充完整的氨基酸残基，为蛋白质加氢等（1Å=0.1 nm）。1.2.4 分子对接基于结构的药物设计工具LibDock 适用于对大规模数据库进行快速精确地虚拟筛选[16]，因此，选择DS 软件中的LibDock 程序进行分子对接研究。对接前用DS 软件中的Define 和Edit Binding Site 工具寻找菌体蛋白的可能结合部位，对接时将每个分子生成的对接构象数目设置为10，其他参数均为系统默认值，对接后根据对接得分和结合能，确
食品与生物技术学报 2021年12期2022-01-07
- 基于多目标优化的蛋白质三维结构预测
折叠过程，从随机构象出发优化预先给定的能量函数至最低状态；② 基于碎片组装的方式进行结构预测[20]．两种方法的的核心都在于获得能准确评估结构的能量函数[21]和高效的构象空间搜索方法．第一类方法目前广泛采用分子动力学模拟的方式，通过解析天然蛋白质折叠时的机理与相互作用来指导预测序列的折叠与构象生成．然而一方面模拟蛋白质折叠的过程十分耗时[22]，并且即使投入大量的算力，对长度较长的蛋白也难以达到高的精确度；另一方面，实验模拟蛋白质折叠的过程本身与自然界的
江苏科技大学学报(自然科学版) 2021年4期2021-10-19
- 手性化合物立体结构鉴定中的若干关键共性科学问题探讨
较丰富，主要分为构象搜索软件和模拟计算相关手性分子性质的软件两类.典型的构象搜索软件中有Sparton，Conflex（Barista），ComputeVOA，HyperChem，高斯新版本的Gaussian 16和其它软件.构象搜索软件的主要功能是可以对一个已知的结构使用不同的分子力场，如MMFF94S或其它力场进行构象搜素，记录每个在设定范围内的能量和该构象的坐标，并最终保存该设定范围之内的所有构象，用于后续的计算.计算所选用的力场是一个关键问题，不同
高等学校化学学报 2021年6期2021-06-29
- 系列C1化学分子与石墨炔表面相互作用的分子模拟
石墨炔的稳定吸附构象，因此二者之间的作用机制尚不明确。到目前为止，关于C1化学分子与石墨炔表面相互作用的系统研究未见报道。笔者应用先进的密度泛函理论(Density functional theory，DFT)计算方法，系统研究6种C1分子(CH4、CO、CO2、CH3OH、HCHO和HCOOH)与石墨炔表面的相互作用。重点考察C1分子的不同吸附构象以及与石墨炔表面的不同作用位点，总结优势吸附的稳定性结构特征。通过基于C1分子与石墨炔之间非共价相互作用的定
石油学报（石油加工） 2021年2期2021-05-20
- 基于烟花算法的分子构象搜索方法
中的采样方法,即构象搜索方法对于分子对接的精度、尤其是效率有着至关重要的影响。早期构象搜索中应用的算法包括：遗传算法[2]、模拟退火[3]、禁忌搜索[4]等各种方法。随着群体智能算法的发展,一种新的群体智能算法——烟花算法[5,6]因其具有很强的优化问题求解能力而倍受关注。本文对分子对接中的构象搜索问题展开研究,提出一种基于烟花算法的构象搜索方法,我们的工作证明了烟花算法在解决蛋白质- 配体对接的构象搜索问题方面表现出的强大性能,具有更快的收敛速度,更加稳
科学技术创新 2021年5期2021-03-17
- 科学家揭示细胞内核孔扩张和收缩的机制
，捕捉细胞内分子构象大规模变化的影像。当细胞指数增长时，其NPC采用扩张的构象；相反当细胞在能量耗尽或高渗渗透压力环境中，NPC会可逆地收缩。这些数据验证了一个模型，即核膜张力与NPC的构象有关。该研究表明，活细胞中的NPC与预期的相比占据了更大的构象空间。NPC收缩或扩张产生的巨大构象变化随细胞本身和环境的状态而改变。（摘自科技部网站http://www.most.gov.cn/gnwkjdt/202111/t20211122_178134.html）
石河子科技 2021年6期2021-01-26
- 葡萄糖结合蛋白（GBP）构象变化的研究及讨论
o GBP”）的构象动力学在配体结合过程中起着至关重要的作用，了解这一过程对于设计该蛋白的抑制剂或突变具有重要意义。利用空配体GBP的全原子分子动力学模拟，确定了空配体GBP的多种亚稳态构象，模拟结果揭示了场域静电斥力或许是空配体GBP构象动力学的关键决定因素。GBP上下两块区域的蛋白结构域相互作用，与铰链区域施加的几何约束作用相平衡。在溶液中，区域相互作用导致了空配体GBP开口构象和闭口构象之间可以快速转化。此外，分子动力学模拟所绘制的空配体GBP的亚稳
当代化工 2020年7期2020-08-23
- 构象限制策略在药物设计中的应用
与蛋白结合的真实构象。此外，同一个药物的不同构象可能会与不同的靶点分子相结合，导致选择性降低，引起毒性和不良反应。药物分子拥有太多的自由旋转键不利于与靶蛋白的结合和口服吸收［1］。但是，在基于结构的药物设计中，适当的构象限制可用于控制配体构象，并使分子偏向所需的构象以进行结合［2］。因此，构象限制策略在先导化合物优化中具有重要意义。对分子进行构象限制的方式有很多种，如柔性键可通过成环固定，柔性链可以通过引入大环、螺环、环丙基、桥环等结构进行构象限制，还可以
中国药科大学学报 2020年3期2020-07-23
- 接触图辅助的过程重采样蛋白质构象空间优化算法
资源难以在巨大的构象空间中搜索到能量最低的构象[5].针对蛋白质构象空间优化问题，研究者们提出了很多构象空间优化算法，如进化算法[6-10]、蒙特卡洛算法[11-13]、副本交换算法[14-16]、构象空间退火[17]等方法.为了进一步减小构象搜索空间，基于片段组装策略[18]的构象空间搜索在从头预测中得到广泛应用，其主要代表有Rosetta[19-21]，Quark[22]，STRATCH[23]，PROFESY[24]，FRAGFOLD[25]等一系列
小型微型计算机系统 2020年3期2020-05-12
- 形象化教学方法在构象概念等高分子物理教学中的应用
，其中高分子链的构象是贯穿整个高分子物理知识体系的一条主线，然而构象的理解较为困难。基于多年的教学经验，让学生作为高分子链中的链段，形象化的讲述高分子物理的构象概念，并通过多个实验让学生理解高分子中构象的异同点。按照构象的教学主线，介绍形象化教学的实施过程以及如何加强学生的自主学习能力。[关键词] 高分子链;构象;形象化教学;主观能动性高分子物理课程是高分子专业及相关材料专业的一门重要基础课程，是学习聚合物共混改性、高分子成型加工等高分子专业课程的理论基础
教育教学论坛 2020年18期2020-05-11
- 丝氨酸构象异构化机理的密度泛函理论研究
生物活性与分子的构象变化间存在密切关系，研究氨基酸的构象行为是理解蛋白质、多肽分子动态特征的关键所在。甘氨酸和丙氨酸的结构较简单，构象研究也较早[1,2]，工作较充分[3,4]。丝氨酸分子式为C3H7O3N，官能团除了氨基和羧基外，还有一个侧链羟基；三个官能团均可作为氢键给体和受体，分子内氢键形式多样，构象较复杂，但它是认识构象氢键效应的一个好模型。2004 年Lambie B 等[5]采用B3LYP/6-31++G**理论方法得到了12 种丝氨酸稳定构象
唐山师范学院学报 2020年6期2020-04-16
- 离子与分子碰撞的空间构象设计
对所有的碰撞空间构象进行理论模拟，会导致计算资源的巨大浪费，而且对提高计算结果的精度效果甚微.一般来说，半经典理论处理离子与分子碰撞的核心思想是考虑若干有代表性的碰撞空间构象做近似截断，碰撞反应结束后，某碰撞反应通道的截面近似等于各碰撞空间构象下截面的平均值，碰撞反应截面的精确程度，在一定程度上受到空间构象选取和设计的影响，因此，如何设计碰撞空间构象成为半经典理论处理碰撞反应过程的关键问题之一.本文将以几种典型的分子为例，根据分子的对称性设计离子与分子碰撞
辽宁师范大学学报（自然科学版） 2020年1期2020-03-23
- 基于密度泛函理论对冰毒分子不同构象拉曼光谱的研究
此可存在多种不同构象，考虑到分子不同的构象会对其拉曼光谱造成影响[12]，进而影响其现场检测时的快速识别。本文采用Becke-3-Lee-Yang-Parr (B3LYP)杂化泛函方法在6-31G基组下分别以φ1，φ2和φ3三个二面角为变量，在0°～360°范围内，以10°为步长做了势能面扫描，选取能量的极小值点从而获得12个不同的冰毒分子稳定构象。在此基础上采用B3LYP方法，6-31G++(d, p)基组分别对不同的构象做进一步优化和振动频率计算，并分
光谱学与光谱分析 2020年3期2020-03-20
- MS分子模拟软件在有机化学立体异构教学中的应用*
分子的构型异构与构象异构，是锯架式，费歇尔投影式、纽曼式等有机物立体结构表达式的概念基础。其教学目的是促进学生对有机物立体结构的认知，是从三维空间理解分子结构、反应行为及化学性质相互关系，掌握有机立体化学反应机理的重要理论基础[1]。然而，在前置教学章节中，关于有机化合物结构的特征仅从平面二维的角度(比如：路易斯构造式、短线构造式、键线构造式或缩简构造式)使学生有了初步认识，并未涉及相关结构的三维空间立体呈现。在后续有机物立体异构的教学中，如果延续二维平面
广州化工 2020年4期2020-03-12
- 构象概念主线在高分子物理课程中的实践探讨*
线，即高分子链的构象。高分子物理的每一章节几乎都与构象概念紧密相关[4-5]。如何将构象这条珍珠串连在高分子物理的教学过程中使用好，学习在逐步的学习及最后的复习中认识清楚是高分子物理课程能否讲好的关键点。1 构象概念及在高分子物理中的串联作用构象概念来源于有机化学，其表示原子或原子基团由于围绕单键不断进行内旋而产生的空间分布。小分子中分子的长度较小这种单键的内旋转不会对其性质产生重要影响。而在高分子中分子量高达上万甚至上百万，这种构象的变化就会对高分子材料
广州化工 2020年12期2020-03-07
- 基于非格点MonteCarlo方法模拟高分子在表面上吸附
链在表面上的吸附构象性质与高分子链链内作用力以及表面吸附作用强度有关。本论文采用非格点Monte Carlo模拟方法研究其在不同作用力下的吸附过程以及构象性质。模型采用软排斥表面，研究了高分子单链在均质表面上的吸附行为，及其临界吸附点。关键词： Monte Carlo模拟; 非格点; 构象; 吸附中图分类号：TP391 文献标志码：A 文章编号：1006-8228（2019）11-01-03Abstract： The resear
计算机时代 2019年11期2019-11-28
- 锥形构象含氟杯芳烃衍生物对铜离子的高选择性识别
齐 琪 李 星(宁波大学材料科学与化学工程学院，浙江省光电探测材料及器件重点实验室，宁波 315211)0 IntroductionDuring the past few years，the development of efficient sensors detecting metal ions has attracted wide attention.Some metal ions are strong toxic to the human body
无机化学学报 2019年7期2019-07-10
- 温度对甘氨酸构象异构化反应的影响
晗温度对甘氨酸构象异构化反应的影响宋 浩1，李子春2，鲍羽鹤3，王海光3，马瑞红1，宿秋晗1（1. 唐山师范学院 化学系，河北 唐山 063000；2. 唐山市第二中学，河北 唐山 063600；3. 承德技师学院电气工程技术系，河北 承德 067000）采用M06/6-31++G**方法，研究温度对甘氨酸构象异构化反应的影响，得到7个稳定构象和9个过渡态。结果表明，甘氨酸分子内C-C键、C-N键和C-O键的旋转导致构象间的转变。温度升高，甘氨酸稳定构象
唐山师范学院学报 2019年3期2019-06-18
- 碳纳米管受限空间对共轭高分子聚(9,9-二辛基芴-2,7-二基)链段运动行为的影响*
减缓, 提高了β构象的热稳定性, 同时取向排列的碳纳米管对PFO分子链取向排列分布具有明显的诱导作用, 有利于获得高性能的PFO晶体. 这种高密度取向排列的碳纳米管阵列结构未来可以用于制备优良发光性能及高稳定性的PFO光电器件.1 引 言聚芴(polyfluorenes, PFs)是一类非常重要的共轭高分子光电材料, 由于其强蓝光发射以及高光致发光量子产率已经在聚合物发光二极管[1-4]、传感器和诊测装置[5,6]上得到了广泛的应用. 聚(9,9-二辛基芴
物理学报 2019年2期2019-03-11
- Cel48F产物排出过程中酶-底物相互作用及关键残基的分子动力学模拟
部分1.1 初始构象获得共模拟了4个酶-五糖复合物体系,4个体系的蛋白完全相同,其初始结构均来自蛋白质数据库(Protein Data Bank, PDB,编号1FAE).在4个体系的初始复合物中,底物和产物分别被连接在不同的位置,其中初始复合物A中底物为纤维五糖,结合于-3～+2子位置,即水解未发生前的酶-底物复合物;初始复合物B中糖单元也结合于相同的-3～+2子位置,但在-1和+1间糖苷键被手动断开,其中占据-3～-1子位置的是残余底物,占据+1～+2
沈阳大学学报(自然科学版) 2019年1期2019-02-22
- 利用回归模型筛选出近天然的抗原-抗体对接模拟结构
位 (尤其是空间构象性表位)的预测和辅助筛选方面具有特别的优势[1]，分子对接结果能够提供对阐明抗体中和机制有价值的线索[2-3]。然而在对接产生的大量对接构象中，近天然结构占很小的比例，如何将这些结构筛选出来仍是一个具有挑战性的问题[4]。相关工作有所进展[5-6]，但目前尚无一个普适性好、准确性高的打分函数可以实现这一筛选目的。本文将 QSAR的原理应用于抗原抗体对接模拟构象的筛选 (近天然结构预测)。即用数理统计方法抽提抗原-抗体复合物模拟构象的近天
生物工程学报 2018年6期2018-06-26
- 哌啶分子轴向和赤道构象的量子计算
啶分子轴向和赤道构象的量子计算邱学军，潘林峰(中南民族大学 电子信息工程学院, 武汉 430074)利用Gaussian 03软件对哌啶分子轴向构象和赤道构象进行了量子计算，首先，采用Hartree-Fock (HF)方法, 在6-311++G(d,p)高精度基组水平上获得了两种构象分子基态的优化结构、红外光谱和拉曼光谱，这些数据为预测分子结构提供重要的依据；其次，在分子基态稳定构象的基础上，利用Time-Dependent Density Functio
中南民族大学学报（自然科学版） 2017年3期2017-10-18
- 液态聚乙二醇CH2剪切振动和扭转振动
——拉曼光谱和密度泛函理论计算
效洞察液态中共存构象异构体对聚氧乙烯(PEO)实际振动光谱的贡献。通过定义6种－(CH2CH2O)－重复单元构象，构建并优化得到4种全同EO构象组合[(TGT)10、(TTT)10、(TTG)10和(GTG)10]和3种其它EO构象组合的构象异构体结构，并在PCM溶剂模型和B3LYP/6-31G(d)理论水平下，对结构进行了优化和振动频率计算。通过振动模式分析，提出描述PEO400各构象异构体的不同CH2剪切振动和CH2扭转振动模式的统一标准，确定了4种C
物理化学学报 2017年5期2017-05-11
- “高分子链的构象”教学设计与实践
要：“高分子链的构象”是高分子物理的重要知识点，是正确理解高分子链形态的基础。“高分子链的构象”教学设计以构象为中心，将“链段”、高分子链的柔顺性、构象统计以及等效自由连接链有机结合，建立直观的高分子链的形态“图像”，为后续高分子物理的学习奠定基础。实践证明，“高分子链的构象”教学设计提高高分子物理考试成绩。关键词：高分子物理；构象；构象统计；柔顺性；教学设计中图分类号：G642.0 文献标志码：A 文章編号：1674-9324（2017）14-0200-
教育教学论坛 2017年14期2017-04-20
- 柔性配体构筑的三个构象多样的镧系羧酸配位聚合物：合成，结构和荧光性质
性配体构筑的三个构象多样的镧系羧酸配位聚合物：合成，结构和荧光性质崔培培＊,1崔论峰2符爱云1(1德州学院生命科学学院，德州253023) (2潍坊市朱里中学，潍坊261111)利用2,2′-(1,4-亚苯基)二(亚苯基)二(硫基)苯二羧酸(H2L1)和2,2′-(2,3,5,6-四甲基-1,4-亚苯基)二(亚甲基)二(硫基)苯二甲酸(H2L2)2个柔性二羧酸分别与镧系金属盐反应，通过溶剂热方法合成了3个配位聚合物：{[(NH2(CH3)2][Nd(L1)
无机化学学报 2016年7期2016-12-05
- 良溶剂中接枝型聚两性电解质单链构象的布朗动力学模拟
聚两性电解质单链构象的布朗动力学模拟浦彬彬, 陈 涛, 王立权, 朱莎莎(华东理工大学材料科学与工程学院, 上海市先进聚合物材料重点实验室, 上海 200237)采用布朗动力学研究了在良溶剂中荷电平衡的接枝聚两性电解质(GPA)的单链构象转变行为, 讨论了主链链长、 支链数及电荷密度对GPA分子链构象转变的影响. 研究发现, 随着静电相互作用的增强, GPA分子链构象转变过程由线团、 主链与支链间的折叠、 链段塌缩和电荷配对形成偶极子与四极子等4个阶段构成
高等学校化学学报 2016年3期2016-12-02
- 基于量子化学计算的乙烷构象教学改革*
子化学计算的乙烷构象教学改革*李启彭(昭通学院化学与生命科学学院，云南 昭通 657000)乙烷及乙烷衍生物的构象是有机化学教学中的一个重点和难点，且利用传统的粉笔+黑板或者多媒体的教学手段很难形象的展示出其动态的平面结构和立体结构。本文利用量子化学Gaussian 09 Revision-D.01 软件对乙烷及其衍生物的各种构象及能量等进行扫描计算，并用GaussView 5.0.9 软件对其结果进行可视化分析并制作动画。通过结合多种量化软件和教学手段，
广州化工 2016年20期2016-11-19
- 一种一枝黄花内酯分子结构与构象的计算研究
花内酯分子结构与构象的计算研究朱天文(云南大学化学科学与工程学院，云南昆明 650500)一枝黄花内酯是一种从一枝黄花植物中提取到的克罗烷二萜类天然产物，对许多昆虫具有拒食活性.构建了Solidagolactone (4)分子的4种不同的空间结构，利用密度泛函理论（DFT）计算各个构象的能量值，找到相对稳定的两种构象进行化学位移值计算.研究表明，支链的构象会影响分子的稳定性；通过计算得到的化学位移值与实验值存在的误差，可引入校正因子对结果进行修正.一枝黄花
温州大学学报（自然科学版） 2016年1期2016-10-27
- 胡椒生物碱提取、几何结构以及红外光谱的研究
椒脂碱)的64种构象的稳定结构，并利用吉布斯自由能计算常温(298.15 K)下四种构型分子体系稳定构象的热力学平衡分布。并对实验红外光谱与理论红外光谱的特征峰进行了对比。结果表明，所提取的胡椒生物碱主要以构型Ⅰ中的构象1结构存在，即胡椒碱结构； 经纯化后得到胡椒碱含量为7%，纯度达99%。经分析建立的胡椒生物碱提取、分离和纯化方法效果良好，建立的胡椒生物碱模型能与实验结果相吻合。该研究对指导胡椒生物碱的提取、结构模型的建立、表征和应用有重大意义。胡椒生物
光谱学与光谱分析 2016年7期2016-07-12
- 两个基于2，2′-联吡啶-5，5′-二羧酸配体构筑的碱土金属配合物的合成、晶体结构及其光致发光性质
机配体的不同配位构象导致的。关键词：碱土金属配合物；溶剂热合成；构象；光致发光国家自然科学基金(No.21401058)和广东普通高校青年创新人才项目(No.2014KQNCX058)资助。＊通信联系人。E-mail：ouyongcong@m.scnu.edu.cn；会员登记号：S06N6724M1506。Metal coordination polymers (MCPs) have been widely researched in recent yea
无机化学学报 2016年4期2016-05-03
- 氨基酸疏水性对蛋白质结构的影响
质折叠的最小能量构象的能量值相等；各疏水特征参考值求得的最小能量构象及能量值存在差异。从蛋白质的序列出发研究蛋白质的折叠结构，是现代生物信息学研究的一个重要的目标。生物体的遗传信息是由DNA转录为RNA后，再有RNA翻译而成为各种具有稳定功能的蛋白质，以完成各种生命活动。所以，研究蛋白质折叠结构有助于我们了解蛋白质空间结构与其功能的关系，帮助我们破译遗传信息这一生命之谜。蛋白质的折叠结构决定蛋白质的功能，错误的折叠会形成无活性的蛋白，从而引起阿尔茨默、帕金
中国科技信息 2015年22期2015-11-26
- EGFR-L861Q突变对TKI类药物敏感性预测分析及病例报道
感，可能与其空间构象的改变密切相关[21]。为研究EGFR-L861Q突变对TKIs的敏感性，我们重建野生型EGFR、敏感突变型EGFR-L858R及突变型EGFR-L861Q蛋白质的空间构象，分析不同空间构象对TKIs敏感性的差异。本文旨在探讨晚期NSCLC伴EGFR-L861Q突变患者的最佳治疗方案。1 材料与方法利用同源模建的方法构建并分析野生型EGFR、敏感突变型EGFR-L858R及突变型EGFR-L861Q蛋白质的空间构象。野生型EGFR蛋白质
中国肺癌杂志 2015年9期2015-08-27
- 分子内氢键对屏蔽酚抗氧化活性的影响
屏蔽酚的最低能量构象的EBD与其抗氧化活性的关系分子的最低能量构象代表了其最稳定的分子构象，因此EBD的计算首先考虑最低能量构象的EBD值。表2为不同分子结构屏蔽酚的最低能量构象EBD与其OITPDSC数据。出于对计算精度的考虑，计算了最典型屏蔽酚BHT分子的EBD，可以看出PW91/DNP水平上的DFT计算值略高于实验值，偏差较小，精度较可靠。另外，BHT分子较小，其高温热挥发损失较大，故不考虑BHT的PDSC数据。表2 不同分子结构屏蔽酚的最低能量构象
石油学报（石油加工） 2014年5期2014-12-31
- 基于pose共享的蛋白质-配体构象并行搜索算法
活性位点处的低能构象的过程。对接算法的性能依赖于两个因素:能量函数的精度和复合物构象搜索算法的性能。分子对接所涉及的搜索空间非常巨大，即便对柔性小分子，粗略估计其搜索空间至少含1030个解，要从中找出低能构象必须借助于各种优化算法。目前，已经有许多优化算法用来解决分子对接问题，典型的模拟退火算法、遗传算法、禁忌搜索算法、蒙特卡罗方法以及这些算法的各种修正变种［4-6］。常用的分子对接模拟软件有 AUTODOCK［10］，RosettaLigand［7］，G
生物信息学 2014年3期2014-11-14
- L-苯丙氨酸构象和电离能的理论研究
氨酸存在五种稳定构象.2000年Simon小组［2］测量了L-苯丙氨酸的紫外和红外R2PI谱，并运用从头计算HF／6-31G （d）方法优化了58种初始猜想构象，结果指认L-苯丙氨酸除了存在Levy［1］等人指出的五种构象外，还存在第六种稳定构象.2002年Kim 小组［3］进一步测量R2PI谱，结合B3LYP／6-31+G （d）方法对L-苯丙氨酸最外壳层轨道的电离能做了研究，并分析电离能之间的差异是由于形成的分子内氢键的缘故.Kim［4］又进一步用B3
原子与分子物理学报 2014年4期2014-03-20
- 蛋白质的连接模型及机理研究
fit)［2］和构象选择模型 (conformational selection)［3］(如图1所示)。图1 蛋白质－配体连接模型此图引用并修改于参考文献［3］。1.1 锁－钥匙模型和诱导契合模型在锁－钥匙模型中，蛋白质连接部位 (比喻为锁)和配体 (比喻为钥匙)的结构必须是高度互补的，而且蛋白质和配体的结构是刚性的，以保证正确的匹配和连接 (如图1A所示)。在诱导契合模型中，配体的结合能够诱导蛋白质连接部位构象发生变化，使连接部位甚至于整个蛋白质的结构不
楚雄师范学院学报 2013年6期2013-09-13
- 再生天然丝蛋白的分子构象转化特征与机理的研究现状
。二级结构(分子构象)是决定再生天然丝蛋白材料性能的主要因素之一，除了蛋白质本身的结构，如氨基酸片段的排列，丝蛋白二级结构还受许多因素的影响，如成丝过程［1］、pH 值、温度、金属离子、溶剂、丝蛋白浓度等。近年来，研究人员采用各种测试技术对再生天然丝蛋白材料制备过程中二级结构的转变进行了探讨。用红外光谱(FTIR)和拉曼光谱分析不同构象丝蛋白的酰胺谱带在光谱中的吸收位置;X-射线衍射光谱(XRD)是对β-折叠结晶结构进行测定;圆二色光谱(CD)是利用蛋白质
丝绸 2013年7期2013-04-08
- 1,3-交替构象杯[4]芳烃-香豆素衍生物的合成
1,3-交替四种构象。其中1,3-交替构象是用于构建具有特殊用途的复杂分子的优良骨架，被誉为杯芳烃的“智能”构象[3]。金属离子荧光识别试剂一般由识别基团和荧光基团两部分组成。由于香豆素类荧光基团具有荧光量子产率高，Stokes位移大，光物理和光化学性质可调、光稳定性好等优点，是荧光识别分子设计中的优选的荧光基团[4]。将香豆素基团作为荧光基团引入杯芳烃得到的荧光分子具有很好的离子和分子识别性能[5,6]。本文以对叔丁基杯[4]芳烃(1)为原料，通过醚化、
合成化学 2012年6期2012-11-21
- 糖类化合物的端基效应
取代环己烷的优势构象分析的结果相矛盾，从而导致这方面的知识成为基础有机化学教学中的一个难点。为此，本文就端基效应的产生、理论解释及相关应用等进行简要介绍，以期为相关教学和学生自学提供帮助。1 问题的提出许多有机化学教材在描述单取代环己烷稳定构象时[1-3]，认为取代基处于平伏键(e键)的构象1是优势构象，而构象2由于存在两个1,3-直立键(a键)位阻(1,3-直立键的排斥力)为非优势构象(图1)。图1 单取代环己烷的两种构象1,3-直立键位阻的大小取决于基
大学化学 2012年2期2012-09-25
- 续随子醇Ｌ７１３，２８３二萜类化合物溶液构象的分子模拟
仿溶液中更稳定，构象波动幅度更小；续随子醇Ｌ７１３，２８３二萜类化合物五元环和十一元环侧链上的Ｏ７１及Ｏ１５与甲醇羟基所形成的较稳定氢键是其易溶于含氧有机溶剂的重要驱动力。基于续随子醇Ｌ７１３，２８３二萜类化合物在氯仿溶液中的３个代表性构象，用密度泛函理论优化获得它们的稳定构象、静电势电荷及键参数。模拟结果与试验吻合较好，为基于配体结构的药物分子设计提供了理论基础。关键词：续随子醇；构象；药物设计；分子动力学模拟；密度泛函理论中图分类号：Ｑ９４９．７５３．
湖北农业科学 2012年16期2012-09-12
- 基于分子动力学模拟研究P53-DNA结合域单点突变对肽段的影响
白及其突变区域的构象如何变化？与肿瘤致病微观机制有何联系？尚没见到有关报道。本文利用分子动力学模拟方法，研究R249S突变对P53-DNA结构的影响。分别对野生型wtP53肽段和单点突变P53-R249S进行独立的分子动力学模拟，每组模拟300ns。该研究为从分子层次认识肿瘤的致病机制和设计新的治癌药物奠定理论基础。1 方法P53蛋白的R249残基位于DBD保守Ⅳ区域（残基234-255），选取残基230-258肽段作为研究对象。分别对wtP53肽段和单点
科技视界 2012年7期2012-08-15
- 杯［4］芳烃衍生物的合成及其晶体结构
］芳烃的两种主要构象：锥型和部分锥型.通过分析研究，把产生这种现象的原因归结为：当下沿的保护基团具有适度大的尺寸时，就能够阻止苯环的翻转，并且提供足够的空间.当杯芳烃从溶液中析出时，第四个苯环随机地定位，从而使得两种构象并存于同一晶体中.杯［4］芳烃；构象；晶体结构；构象异构体杯芳烃［1－2］（图1）是由对位取代的苯酚与甲醛反应得到的齐聚物，被认为是继冠醚、环糊精之后的新一代大环主体分子化合物的代表.杯芳烃具有多样性的空间结构.与环糊精的刚性结构以及冠醚的
沈阳大学学报(自然科学版) 2012年2期2012-01-04
- 试论分子的构造类型、构造异构及其关系
机化合物的构型和构象就是描述分子的形象的，是指分子中各原子和基团在空间的相对位置。构型和构象是表征分子结构特征的混淆的两个概念。分子几何形象的细微差别对自然界及生命现象都起着难以估计的影响。绝大多数的生命及生理化学过程，是受分子几何形象控制的，因此它不仅是有机化学而且是许多其它相关科学的研究对象。本文主要介绍分子的构造类型、构造异构及其关系。分子构造；构型；构象；关系1.分子的构造及其类型描述分子的结构(structure)是指分子中各原子间是如何相互结合
和田师范专科学校学报 2011年2期2011-10-27
- 从头计算研究CH3C(O)OSSOC(O)CH3的构型和能量*
H3最稳定的五种构象及其阳离子构型．理论计算了五种稳定构象的转动常数和偶极矩;运用电子传播子理论P3近似方法计算稳定构象外价壳层轨道的电离能，计算结果与光电子能谱实验结果符合的较好．根据构象的相对能量以及理论模拟电离能谱和实验光电子能谱之间的比较，说明在气相光电子能谱实验中至少存在两种构象．与中性构型相比，电离后的五种阳离子构型均发生了明显的结构弛豫，尤其是发现二面角C2O4S5S10和O4S5S10O9发生较大的转动．构象，电离能，相对能量，光电子能谱P
物理学报 2011年7期2011-08-15
- 鸡朊蛋白序列分析及结构特征探究*
级结构转换机理和构象病的产生机制仍不清楚。鸡是最早发现的含有PrP基因的鸟类〔2〕,然而关于鸡(Ch)PrP序列及结构的相关研究很少。因此,本研究通过对罗曼鸡PrP基因克隆测序,对所得的ChPrP基因序列和其它物种PrP基因比对分析,获得基于PrP基因的物种遗传信息,进而推导朊蛋白病种间屏障的形成机制。并参考已有的关于ChPrP高级结构的核磁共振(NMR)数据,利用生物信息学软件对ChPrP基因推导的氨基酸序列深入分析,获得ChPrP结构特征,推测可能参与
中国人兽共患病学报 2010年6期2010-11-14
- 讨论乙烷的稳定构象
)讨论乙烷的稳定构象杨颙 梁翰清(安徽建筑工业学院材化学院 安徽合肥230601)利用Gaussian 98对乙烷的两种典型构象——交叉式和重叠式进行结构几何优化、频率分析和能量计算，通过计算结果的比较分析确定其稳定构象;并对导致稳定构象原因进行简单讨论。乙烷是烷烃中最简单的含碳碳单键的化合物。如果使乙烷中一个甲基固定不动，而使另一个甲基绕碳碳键轴旋转，则两个甲基中的氢原子的相对位置将不断改变，产生许多空间排列方式不同的构象。转动的角度是无穷多的，排列方式
大学化学 2010年2期2010-07-02
- Ｆｉｓｈｃｈｅｒ投影式和Ｎｅｗｍａｎｎ投影式的互换方法及其应用
在立体化学中判断构象间相互关系、理解反应机理等方面的应用。[关键词]Fishcher投影式Newrmnn投影式转换立体化学立体化学是有机化学的一个重要组成部分，在基础有机化学教学中，立体化学是教学的重点和难点之一。在讨论立体化学问题时，有时须兼及分子的构型和构象的两个方面，要求学生能熟练地转换Fishcher投影式和Newmann投影式。构象用Newmann投影式表示，而手性分子用Fishcher投影式即当Newmann投影式竖键垂直向上时。则前方向上的原
广西教育·C版 2009年3期2009-05-25