基因簇
- 植物乳植杆菌YZH81 胞外多糖基因簇的功能鉴定
菌EPS 合成基因簇的大小通常为15～20 kb，所含基因数不超过30 个，这些基因往往方向相同并以单个mRNA的形式转录。植物乳植杆菌来源的EPS 合成基因簇研究报道也较多，目前结果显示植物乳植杆菌的EPS合成基因簇类型为荚膜多糖基因簇（cpscluster），不同菌株基因组通常含有1～4 个cps基因簇[16]。一个典型的cps基因簇结构上可以分为四个功能区域，即链长调节、组装、合成和输出区域，多个基因共同完成EPS 重复单元的合成、聚合和输出。植物乳
食品工业科技 2023年23期2023-12-03
- miR-17-92 基因簇对骨肉瘤细胞增殖侵袭的影响
-17-92 基因簇分布在人13q31.3 染色体，包括miR-17、miR-18a、miR-19a/b 等共7 个成熟miRNA，属于原癌基因miRNA 代表，参与多种恶性肿瘤发生、进展［7，8］。miR-17-92 基因簇被发现在人胃癌组织中高表达，与肿瘤直径、TNM 分期有关；其过表达可能通过上调Integrin β1 表达、增强基质金属蛋白酶（matrix metalloproteinase,MMP）-2 活性以促MGC-803 细胞侵袭［9］。有
中国矫形外科杂志 2023年17期2023-09-15
- 微生物中自抗性基因导向的基因组挖掘及其在天然产物发现中的应用
价值的生物合成基因簇。基于基因簇中各个基因的功能，可以对天然产物的结构信息进行预测，从而助力研究人员实现目标天然产物的针对性分离。若基因簇在原始产生菌中不表达或表达量低，则可通过引入强启动子、敲除转录抑制因子、过表达转录激活因子、异源表达或报告基因指导下的突变株筛选（reporter-guided mutant selection，RGMS）等策略对该基因簇进行激活，以获得其表达产物[3-5]。目前基因组挖掘的主要手段之一是基于核心酶进行挖掘。由于催化同一
药学进展 2023年4期2023-06-26
- 日本学者发现新颖环状肽化合物KK-1 的生物合成基因簇
1）的生物合成基因簇，并发现可通过基因改造使该化合物的产率提高约2 倍。环状肽化合物在医药领域广受关注，但由于这类化合物结构复杂，难以通过化学合成廉价生产，目前还未作为农药进行开发。已知KK-1 对多种植物病原菌，特别是灰霉病菌具有很高的生物活性。该研究通过对构建的基因缺失和过表达菌株进行分析，成功鉴定出参与KK-1 生物合成的基因簇，为未来实现KK-1 的大规模生产提供了新途径。
世界农药 2023年2期2023-04-15
- 两株娄彻氏链霉菌基因组分析
谢产物生物合成基因簇，并对次级代谢产物生物合成基因簇进行分析。1.2.5 基因组同源分析通过 NCBI网站（http://www.ncbi.nlm.nin.gov）下载3株娄彻氏链霉菌全基因组序列，Streptomyces rochei7434AN4（NZAP018517.1/AP018517.1）、StreptomycesrocheiNS1（JAJIRV000000000.1）和Streptomyces rocheiSID8161（JAAGMZ00000
塔里木大学学报 2022年4期2022-12-24
- CHRNA5-A3-B4基因簇与吸烟行为的相关性研究进展
5-A3-B4基因簇紧密聚集在nAChRs的15号染色体上，编码nAChR的α5、α3和β4亚基，其可相互协调，共同调控基因位点，增强基因表达，影响生物性状。全基因组关联分析（genome-wide association analysis，GWAS）已证实15号染色区域内的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）与尼古丁依赖性有关［10-11］。CHRNA5-A3-B4基因遗传候选SNP研究和荟萃分析表明，C
实用心脑肺血管病杂志 2022年10期2022-09-28
- 花生疮痂病菌全基因组PKS基因簇挖掘及毒素生物合成基因ESCB1生物信息学分析
）的基因所在的基因簇进行调控[5]。如涉及尾孢菌素（Cercosporin）、黑粉菌素（Ustilaginoidins）和伏马菌素（Fumonisin）生物合成的CTB、Ugs 和FUM基因簇等，当PKS基因被靶向敲除或沉默时，毒素生物合成途径受到阻滞，毒素生物合成受到抑制[6～8]。目前ESC的生物合成途径及调控机制研究尚处于初始阶段，仅在柑橘疮痂病菌（Elsinoë fawcettii）中初步阐明了聚酮合酶EfPKS1基因是毒素生物合成的关键基因[9,
中国油料作物学报 2022年4期2022-09-03
- HS5-1增强子eRNA PEARL对原钙粘蛋白α基因簇的表达调控
A对原钙粘蛋白基因簇的表达调控徐思远，寿佳，吴强上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心，系统生物医学教育部重点实验室，上海 200240远端增强子对关键靶基因的表达调控通常可以决定细胞的命运和功能，激活的增强子可以双向转录产生长非编码(long noncoding)增强子RNA (enhancer RNA, eRNA)调控靶基因表达，课题组前期研究发现增强子eRNA能够通过形成R环(R-loop)来促进增强子与靶基因的染色质远距离互作，引起局部
遗传 2022年8期2022-08-25
- 微生物天然产物生物及化学信息学最新进展
隐形”生物合成基因簇[2]，这表明其仍是新结构天然产物的重要来源。得益于测序成本的快速下降、各类分析仪器的普及以及人工智能的应用，天然产物研究领域进入了一个全新的模式。基于生物信息学[3]和化学信息学[4]而建立起的基因组挖掘技术正在成为微生物研究的主要方法[5-6]。过去10年间，天然产物相关信息学研究一直处于加速发展阶段，每年都会发布大量数据库、算法及工具[7-9]，及时了解并使用这些数据库和工具对于微生物天然产物研究来说至关重要，鉴于此，本文对近两年
中国抗生素杂志 2022年7期2022-08-18
- miR-101基因簇与食管癌发病风险的病例对照研究
的miRNA 基因簇(miRNA cluster)总是以多顺反子转录并具有相似的表达模式[5]，作用共同的靶基因或同一信号通路中的蛋白分子，从而多层次地监控该信号转导途径。这种多靶点调控比单个miRNA的作用模式更复杂，功能更高效[6]。而目前关于miRNA 与食管癌的研究多局限于单一或成熟的miRNA。因此，对miRNA基因簇的深入研究有助于更好的探索食管癌发生发展的分子调控机制[7]。本研究采用高通量芯片测序技术对食管癌患者癌组织及癌旁组织差异表达的m
癌变·畸变·突变 2022年4期2022-08-06
- 链霉菌沉默基因簇激活在天然产物生物合成中的研究进展
然产物生物合成基因簇及其编码产物的化学结构[11]。大量链霉菌基因组测序分析表明:多数链霉菌基因组中8%～10%基因序列与次级代谢相关,一般都蕴含着几十个次级代谢产物生物合成基因簇,其数目远远超过目前从链霉菌中分离得到的化合物种类[12-13]。由此表明,链霉菌具有合成新天然化合物的巨大潜力[14]。然而,在常规实验室条件下,大多数天然产物(natural products,NP)的生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster,BGC
中国计量大学学报 2022年2期2022-07-18
- 玉米大斑病菌HST生物合成基因簇的结构和表达分析
生代谢产物合成基因簇中，发现与交链链格孢(Alternariaalternata)寄主选择性毒素ACT-毒素合成酶基因高度同源的基因簇Cluster 397.3，通过比较Cluster 397.3基因簇组成基因在玉米大斑病菌接种不同时间和不同生理小种菌株间的表达差异，分析其在病菌寄主选择方面的可能功能和作用机制，以期为进一步明确玉米大斑病菌寄主选择性毒素的结构和功能奠定基础。1 材料与方法1.1 菌株和玉米自交系玉米大斑病菌23号生理小种01-23菌株和1
西北农林科技大学学报（自然科学版） 2022年7期2022-07-12
- 真菌沉默基因簇激活策略研究进展
编码天然产物的基因簇数目远远大于已从中所发现的天然产物数量，提示真菌中尚存在大量的沉默基因簇有待进一步的发掘。因此，如何最大限度地激活沉默基因簇，已成为后基因组时代高效利用真菌资源的关键。本文系统总结了真菌沉默基因簇激活策略的研究进展，以期为充分释放真菌蕴含的化学潜能提供参考。根据次生代谢产物激活的可预测性和不可预测性，我们将目前的激活策略分为非定向的沉默基因簇激活策略和定向的沉默基因簇激活策略（见图1）：非定向激活策略包括基于培养基成分改变或培养条件优化
药学进展 2022年3期2022-04-15
- 环境未培养微生物中新型抗生素的发掘研究进展
中的抗生素合成基因簇是解决致病菌抗生素耐药性的有效途径之一。自20世纪70年代以来，传统培养分离微生物并筛选抗生素的方法已很久未发现新化学结构的抗生素[3]。近年来，环境未培养微生物成为抗生素发掘和研究的重点关注对象，因此，本文综述近年利用新技术发掘环境未培养微生物中新型抗生素的方法，以期为新型抗生素的发现及规模化生产提供参考。1 新型抗生素有较大需求1.1 耐药致病菌严重危害人体健康美国疾病控制中心的报告显示美国每年约有280万人发生耐药致病菌感染，约3
生物加工过程 2022年2期2022-04-15
- 紫黑链霉菌进化枝菌株Streptomyces solisilvae HNM0141T的全基因组分析
级代谢产物合成基因簇，其类型包括8个聚酮（PKS）型、7个非核糖体肽（NRPS）型、14个杂合型、6个terpene、3个siderophore、2个butyrolactone，其余NAPAA、ectoine、lanthipeptide-class-i、ladderane、indole、RiPP-like、hserlactone、redox-cofactor各1个。其中聚酮类（PKS）和非核糖体肽（NRPS）类（包括杂合类型）的基因簇含量丰富，占总基因簇的
热带作物学报 2022年3期2022-03-25
- 假单胞菌Tw224抗砷基因簇的功能研究
程法验证ars基因簇与砷耐受性的相关性，旨在丰富假单胞菌中ars基因簇资源，揭示不同基因簇的抗砷功能差异，为砷污染环境的生物修复奠定理论基础。1 材料与方法1.1 材料1.1.1 菌株和质粒 本实验中用到的全部菌株及质粒详见表1。菌株Pseudomonas sp. Tw224为本实验室前期分离自湖南康家湾铅锌矿区土壤的高抗砷菌株。E. coli S17-1、质粒pK18mobsacB和pSET152由实验室保存，其他菌株和质粒由本实验构建。表1 实验中使用
生物技术通报 2022年1期2022-03-07
- 耐盐/嗜盐菌对PAHs的降解及分子机制研究综述
AHs 的功能基因簇包括nah，phd，nag，phn，nar，nid 等6 类[20]，大部分可降解多环芳烃的微生物均含有与它们具有很高同源性的基因簇，而在高盐环境下，部分基因簇控制的酶系活性较低，对于嗜盐菌而言，其降解PAHs 的功能基因簇主要为nah 基因簇和其他基因簇， 嗜盐PAHs 降解菌nah 降解基因簇排列顺序，见图2。图2 嗜盐PAHs 降解菌nah 降解基因簇排列顺序nah 基因簇是一大类降解基因簇, 目前可分离培养的降解菌株主要以nah
环境科技 2022年1期2022-03-04
- miR-17-92基因簇在子宫内膜病变组织中的表达及临床意义
R-17-92基因簇是一个与肿瘤形成有关的基因，在一系列人类肿瘤如淋巴瘤、白血病、宫颈癌和卵巢癌中均存在miR-17-92的异常表达［4］。目前，关于miR-17-92基因簇与EC关系的研究较少。在前期研究中，本团队发现miR-17-92基因簇在EC Ishikawa、HEC-1A细胞系中存在异常表达［5］，因此本研究拟在前期研究的基础上，分析子宫内膜病变组织中miR-17-92基因簇的表达，探讨其异常表达情况与EC临床病理特征和预后的关系。1 资料和方法
山东第一医科大学(山东省医学科学院)学报 2022年1期2022-02-28
- 云南特殊生境万株放线菌基因组挖掘
中挖掘出潜在的基因簇，并能将某些基因簇通过多种方法激活，从而挖掘可能的新天然产物。为此，联合云南华大开展了万株级云南特殊环境放线菌基因组测序研究，通过大数据分析对菌株开展了基因组资源挖掘工作。目前已经完成了2 761株放线菌基因组测序，对其中约978株菌株进行了基因组挖掘，从中发现了61 890个可能产生次级代谢产物的生物合成基因簇。包括saccharide类型基因簇24 328个，NRPS类型基因簇11 564个，PKS类型基因簇8 017个，fatty
云南科技管理 2022年6期2022-02-13
- 利用异源表达挖掘纤维堆囊菌So0157-2的新型天然产物
蕴藏的生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster，BGC）合成新颖次级代谢产物的潜力远远超出了目前已分离获得的化合物的数目。例如，抗肿瘤药物埃博霉素（epothilone）的产生菌纤维堆囊菌So0157-2（Sorangium cellulosumSo0157-2）的基因组测序结果表明，该菌株拥有14.78 Mb 的环状染色体，是目前已知基因组最大的原核生物［7-9］。除了已知的埃博霉素系列衍生物［10-15］之外仍未见其他化合物从
合成生物学 2021年5期2021-11-29
- 串联反向CTCF位点的系列删除揭示增强子调控HOXD基因簇表达的平衡
揭示增强子调控基因簇表达的平衡王玲，李金环，黄海燕，吴强上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心，系统生物医学教育部重点实验室，上海 200240三维基因组染色质架构蛋白CTCF (CCCTC-binding factor)能够介导增强子与基因启动子的远距离染色质相互作用，也可以结合调控区域的绝缘子发挥增强子绝缘功能，对发育中的基因表达调控具有重要作用。同源框基因家族(Homeobox gene family,)编码一类控制动物发育的关键转录因子
遗传 2021年8期2021-08-25
- 黏质沙雷氏菌灵菌红素合成基因簇异源表达及其潜在的温度调控机制
成途径由pig基因簇基因共同参与，pig基因簇有pigA-pigN共14个编码基因，其中pigB、pigD和pigE参与了MAP的合成，而pigA、pigF、pigG、pigH、pigI、pigJ、pigK、pigL、pigM和pigN则参与了MBC的合成。PG合成的前体物质主要有脯氨酸、甲硫氨酸、丙氨酸、丝氨酸、组氨酸、二辛烯醛、丙二酰-CoA和乙酰- CoA[12]。灵菌红素合成基因簇不仅能够在黏质沙雷氏菌中合成灵菌红素，也能在其他菌株中异源合成灵菌红
福建农业学报 2021年3期2021-05-31
- 不同营养类型植物病原真菌次生代谢产物合成基因簇的差异性研究
由次生代谢合成基因簇决定的，次生代谢产物一般具有抗菌、免疫抑制、产生毒素、降低致病性等多种生物活性[1]，其作为人类疾病药剂及农林业植物病虫害药剂开发的重要来源，在医学和农业生产中发挥着重要作用。目前，国内外学者关于真菌次生代谢产物合成基因簇的研究主要集中在次生代谢产物挖掘[2]、次生代谢产物合成基因的筛选鉴定及其克隆[3]、聚酮合酶[4-5]和非核糖体肽合成酶[6-7]的作用等方面。关于细菌次生代谢产物合成基因簇的研究主要是利用antiSMASH数据库(
华中农业大学学报(自然科学版) 2020年6期2020-12-02
- 四氢嘧啶基因簇在假单胞菌基因组中的分布研究
阳何兰四氢嘧啶基因簇在假单胞菌基因组中的分布研究李向阳1，2，何兰1（1.凯里学院 大健康学院，贵州 黔东南苗族侗族自治州 556011；2.复旦大学 环境科学与工程系，上海 200433）四氢嘧啶（Ectoine）是由细菌产生的一种次级代谢产物，赋予细菌抵御高渗透压环境的一种相容性溶质。研究显示许多细菌具有四氢嘧啶基因簇（ectABCD-ask），然而关于该基因簇在假单胞菌属（Pseudomonas）中的分布还没有系统报道。鉴于此，以公共数据库中已测序的
科技与创新 2020年12期2020-11-28
- 凝结芽孢杆菌次级代谢挖掘与泛基因组分析
崭新的次级代谢基因簇，并会有潜在的活性物质出现［15］。本研究从NCBI上找到了33株凝结芽孢杆菌的基因组，首先对其中11株有完整基因组水平的凝结芽孢杆菌进行了泛基因组分析，找出了其泛基因组的大小；随后利用antiSMASH软件对33株凝结芽孢杆菌的次级代谢基因簇进行挖掘，发现了其最可能产生的活性物质［16］。本研究旨在对凝结芽孢杆菌的基因组信息进行探索，为以后研究凝结芽孢杆菌的进化，适应和种群结构的方式奠定一定的基础。1 材料与方法1.1 材料从NCBI
生物技术通报 2020年10期2020-11-02
- 番茄串联重复SlHSP20基因簇特征及差异表达分析
度保守性的串联基因簇的功能尚不清楚。本研究系统分析番茄中四个串联重复基因Sl-HSP20 基因的表征和特性，根据基因的5′末端富含对激素响应的顺式作用元件，比较该基因簇在激素处理、糖分响应的差异以及该基因簇在番茄果实发育和成熟阶段的共表达基因，以期为进一步分析sHSPs 的进化起源及其功能奠定基础。1 材料与方法1.1 材料供试Micro-Tom 番茄，取自沈阳农业大学蔬菜分子生物学番茄课题组。种子催芽时分别在水浴锅55℃热激20 min，待水温降为室温后
沈阳农业大学学报 2020年4期2020-10-23
- 干酪乳杆菌LC2W胞外多糖生物合成基因簇启动子的鉴定
成一般由eps基因簇控制，包括调控、链长、重复单元合成、聚合和输出等基因[5]。SONG等[6]通过Crispr/Cas9基因编辑技术鉴定出干酪乳杆菌LC2W中3个影响EPS合成的关键基因。但LC2W中EPS生物合成研究仍有欠缺，特别是控制转录起始及速率的重要元件启动子尚未鉴定，其转录调控亟待研究[7]。生物信息学方法可以利用启动子保守序列和转录调控数据库信息，预测启动子位置。RT-PCR[8]和5′-cDNA末端快速扩增技术(5'-RACE)[9]等实验
工业微生物 2020年4期2020-08-28
- 通过重构来激活沉默的次级代谢产物生物合成基因簇
大多数生物合成基因簇（biosynthetic gene clusters，BGCs）在正常的实验室培养条件下无法表达，这就需要新的技术来开发这些沉默 BGCs 的生物合成潜力。微生物在实验室中的纯培养是研究微生物的基础，微生物培养条件的优化是发掘微生物次级代谢产物最基本的方法[1]。随着生物信息学和合成生物学的发展，已经出现多 种激活沉默 BGCs 的方法，包括在培养基中添加化学诱导物[2]、共培养[3]、核糖体工程和转录因子激活[4-5]，还有正调控基
中国医药生物技术 2020年5期2020-01-13
- 空肠弯曲菌VI型分泌系统结构特征和菌株中分布
发现了T6SS基因簇[14]。这些T6SS基因簇通常在不同物种之间具有不同的组成，但通常包含至少13个编码注射装置基本元素的核心基因[15]。全基因组测序显示，在空肠弯曲菌中，完整的T6SS基因簇的存在与hcp(溶血素协同蛋白)基因的存在密切相关[16]。空肠弯曲菌T6SS在毒力方面具有多种作用，包括细胞粘附、对红细胞的细胞毒性和小鼠定植[17]。然而，T6SS基因簇在中国空肠弯曲菌的分布和结构特征尚不清楚。本研究旨在通过全基因组分析来对其加以明确。1 材
中国人兽共患病学报 2019年11期2019-12-23
- 云锦杜鹃转录组分析
ipts）和单基因簇（unigene）序列。1.5 基因功能注释利用BLAST和HMMER软件将云锦杜鹃单基因簇序列与公共数据库进行比对，根据基因的相似性进行功能注释，得到与给定单基因簇具有最高序列相似性的蛋白，从而得到该单基因簇的蛋白功能注释信息，其中BLAST参数E≤1e-5，HMMER参数E≤1e-10作为筛选标准。比对采用的公共数据库包括美国生物信息中心（NCBI）非冗余蛋白数据库（Non-redundant protein database，Nr
浙江农林大学学报 2019年6期2019-11-13
- 斑马鱼hoxb7a基因在hox基因簇中的作用研究
蝇中只含有一个基因簇[3]。大多数脊椎动物在进化过程中经历了基因组加倍，Hox基因在这个过程中也发生了加倍。如无颌类的海七鳃鳗有两个Hox基因簇[4]；大多数有颌类，包括人在内的哺乳动物，经历了两次全基因组加倍，具有4个Hox基因簇，小鼠中Hox基因簇分别命名为HoxA、HoxB、HoxC和HoxD[5]，总共有39个Hox基因[6-7]。大多数硬骨鱼包括模式动物斑马鱼经历了额外的一次基因组加倍，最终形成7～8个基因簇。在斑马鱼中含有7个hox基因簇，共有
生物学杂志 2019年5期2019-10-16
- 利用CRISPR/Cas9系统建立内生链霉菌SAT1的基因簇敲除体系
几十个次级代谢基因簇，且单个基因簇长达十几甚至上百kb。庞大的基因簇及复杂的调控过程为链霉菌抑菌机制的研究和新的活性物质的发现增加了难度，也减缓了其在农林业领域应用的速度［2]。全基因组测序技术和素有“基因魔剪”之称的CRISPR/Cas9为链霉菌天然产物的深入研究提供了强大的助力［3]。通过全基因组测序和生物信息学分析，我们可以了解链霉菌次级代谢基因簇的数量和类型，预测次级代谢产物的结构；通过CRISPR/Cas9技术对基因簇进行编辑，可以深入研究基因簇
生物技术通报 2019年6期2019-07-26
- 冬瓜高通量转录组测序及分析
类，最终获得单基因簇(Unigene)。利用RPKM法对单基因簇表达量进行计算分析，其计算公式为：RPKM=C×106/(NL/103)。式中:C为比对到基因的reads数，N为比对到所有基因的总reads数，L为基因的碱基数。1.5 冬瓜单基因簇的基本功能注释通过Blastx[22]将冬瓜的单基因簇序列与公共数据库(E值通过Blastx软件将冬瓜单基因簇序列比对至Nr数据库，可获得冬瓜单基因簇对应的蛋白编码序列。将冬瓜单基因簇与Swiss Prot数据库
西北农林科技大学学报（自然科学版） 2019年8期2019-07-17
- 染色质架构蛋白CTCF调控UGT1基因簇的表达
白CTCF调控基因簇的表达郑晓飞，黄海燕，吴强上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心，系统生物医学教育部重点实验室，上海 200240尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶(UDP-glucuronosyltransferase, UGT)是一类重要的Ⅱ相药物代谢酶，通过葡萄糖醛酸接合反应代谢大量内外源小分子化合物，对机体维持内部动态平衡具有重要意义。基因突变或表达异常会造成高胆红素血症等多种疾病、影响药物疗效或减弱代谢药物能力，因此探索表达调控机制将会为
遗传 2019年6期2019-07-05
- 基因组发掘策略指导铁载体类化合物的发现
谢产物生物合成基因簇进行生物信息学分析，通过 Blastp 比对，判断该菌株中是否存在铁阻遏蛋白（DmdR1）同源基因，并借助于 MEME、FIMO 等软件寻找包含 DmdR1 蛋白结合位点（iron box）的基因簇，则该基因簇可能为铁载体类化合物的生物合成基因簇；其次，摸索合适的发酵条件，利用实时定量 RT-PCR（qRT-PCR）技术检测相关生物合成基因的表达水平；最后分离纯化目标铁载体类化合物，验证此基因组发掘策略的可行性。利用 antiSMASH
中国医药生物技术 2019年2期2019-04-12
- miRNA-17/92a 基因簇、P1NP和β-CTX在诊断绝经后骨质疏松症中的应用价值
17/92a 基因簇(miRNA-17、miRNA-20a、miRNA-92a)的表达抑制凋亡蛋白 BIM，从而抑制成骨细胞的凋亡[5]。因此，本研究探索miRNA-17/92a 基因簇作为 PMOP 诊断生物标志物的可能性，分析miRNA-17/92a 基因簇和骨代谢指标在诊断PMOP中的应用价值，旨在为临床进一步探索新的 PMOP 诊断标志物提供依据。1 资料与方法1.1 一般资料 选取我院2017年1月至2018年1月收治的150 例绝经后女性作为研
实用药物与临床 2018年12期2019-01-16
- 《Nature》：人类肠道细菌具有获得性细菌防御系统
.）的细菌具有基因簇防御功能，可以中和外源性毒素。人类胃肠道内含有密集而多样的微生物群落，其组成与人体健康息息相关，共存微生物间的相互作用是微生物组组成的重要驱动因素。肠道细菌的基因组中包含多个通路，它们能够介导细菌间的拮抗作用。拟杆菌是革兰氏阴性菌，该属的多个成员能够编码VI 型分泌系统（type VI secretion system，T6SS），有利于毒性效应蛋白递送到相邻细胞。研究人员发现，人类肠道微生物组内的拟杆菌属具有获得性细菌防御（AID）基
中国食品学报 2019年11期2019-01-14
- 骨肉瘤中miR-17-92基因簇作用的研究进展
R-17-92基因簇也称OncomiR-1，是较强的致癌miRNA之一，它可产生7个单独的miRNA（miR-17-5p、miR-17-3p、miR-18a、miR-19a，miR-20a、miR-19b-1和miR-92a-1）。He等[3-4]首次在B细胞淋巴瘤患者中发现miR-17-92基因组扩增和高表达，在随后的研究中也证实了该基因的强致癌活性。随着研究的不断深入，研究者发现miR-17-92基因簇在多种实体肿瘤中的发生和进展中也发挥着重要作用。本
肿瘤防治研究 2019年7期2019-01-06
- TAR克隆技术及其在微生物次级代谢产物研究中的应用
由相关生物合成基因簇（biosynthetic gene clusters BGCs）编码的生物合成途径逐步生物合成产生。微生物次级代谢产物的生物合成基因簇大小一般为几十到几百kb不等，包含编码化合物合成前体、骨架装配、修饰的相关基因，有时也会存在抗性基因和／或调控基因［2］。据推测，实验室可培养的微生物数量不及微生物总数的1%，而且很多微生物在人类设定的培养条件下会出现基因簇沉默或低表达，严重阻碍了微生物来源药物的发现和开发，亟待革新研究策略［3］。完整
中国药科大学学报 2018年2期2018-05-04
- 通过CRISPR/Cas系统构建miR-17-92基因簇双切载体1)
R-17-92基因簇双切载体1)金姝含 杜丽萍 邹肖肖 于泽 梁洋(东北林业大学，哈尔滨，150040)通过CRISPR/Cas系统来构建miR-17-92基因簇的双切载体，研究结果表明：在miR-17-92基因簇的序列上找到了2个PAM(TGG和GGG)位点,从而得到了2个原间隔序列，设计合成基因簇双链crRNA；合成该片段并将其插入到pX260载体，使得在同一个载体上虽然只有一个g-RNA，但能够同时切割两个不同的靶位点；将该载体转染NIH3T3细胞验
东北林业大学学报 2017年2期2017-03-13
- 单细胞水平原钙黏蛋白基因簇的转录分析
水平原钙黏蛋白基因簇的转录分析陈志锋1， 彭 莱2， 吴 强1，2(1.上海交通大学生命科学技术学院，上海 200240；2.上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学中心/系统生物医学教育部重点实验室，上海 200240)原钙黏蛋白(protocadherin，Pcdh)基因簇由紧密相连的3个基因簇(Pcdhα、Pcdhβ和Pcdhγ)组成，其中α、β基因簇包含可变区外显子(C型和非C型)和恒定区外显子。这种独特的基因排列方式使Pcdh基因簇具有产生单细
江苏农业科学 2017年2期2017-03-01
- miR-338基因簇与食管癌发病风险的病例对照研究
miR-338基因簇与食管癌发病风险的病例对照研究高志奎，刘冉*，尹立红，浦跃朴（东南大学公共卫生学院环境医学工程教育部重点实验室，江苏南京210009）目的： 探讨miR-338基因簇在食管癌组织中的表达模式及其与食管癌发病风险的关系。方法：选取86例经病理确诊的食管癌患者，分别提取食管癌和癌旁组织总RNA，采用实时荧光定量PCR法检测hsa-miR-338-3p、hsa-miR-338-5p与hsa-miR-657的表达，应用配对样本t检验分析癌和癌旁
癌变·畸变·突变 2016年2期2016-09-02
- 利用基因组发掘技术指导链霉菌SH—62中活性天然产物的分离及鉴定
产物的生物合成基因簇，除了有4个基因簇分别与已知的肠道菌素、潮霉素A、尼日利亚菌素和格尔德霉素的生物合成基因簇具有高度同源性以外，其他基因簇的功能鲜见报道。在不同发酵培养基上培养链霉菌SH-62，利用高分辨率的LC-MS对发酵产物进行分析，发现链霉菌SH-62确实能够产生肠道菌素、潮霉素A和尼日利亚菌素，从而证明了基因组发掘策略确实能够指导代谢产物的分离及鉴定。关键词：链霉菌SH-62；基因组发掘；生物合成基因簇；天然产物链霉菌是主要的抗生素产生菌，它所产
湖北农业科学 2016年7期2016-05-14
- 智商确由基因决定
商有关联的特定基因簇——M1和M3，每个基因簇由数百个相互关联的基因组成，它们共同影响人类的认知、记忆、注意力和推理等。研究人员对大量患有癫痫症并接受过手术治疗的患者脑部样本进行了基因分析，再把获取的数据与健康人群及患有其他类型神经系统疾病的患者基因进行对比。“人类智商是由大量进行团队工作的基因共同决定，就好像一个足球队由处于不同位置的球员组成。”参与研究的帝国理工学院神经科学家迈克尔·约翰逊说，他们利用计算机分析上述数据，确认了影响认知和推理能力等智力方
发明与创新·大科技 2016年2期2016-02-19
- 微生物多糖的生物合成及代谢工程研究进展
生物合成途径、基因簇结构与功能和代谢工程的研究进展。真菌多糖的合成途径主要包括：前体核苷酸糖(单糖的活化形式)的合成、合成的起始反应、重复单元的延伸、翻转和聚合、多糖的输出。多糖合成过程中涉及大量的基因，大多数基因存在多糖合成基因簇中，随着基因测序技术的发展，大量的多糖合成基因簇被发现和研究。研究表明：通过调控涉及糖核苷酸合成途径的酶水平可提高胞外多糖的产量，而增加多糖合成基因簇基因在微生物中的表达，可产生更高的多糖合成代谢流。[关键词]微生物多糖；生物合
陕西理工大学学报(自然科学版) 2015年4期2016-01-16
- 微生物源化合物合成基因簇异源表达研究进展
物源化合物合成基因簇异源表达研究进展黄 颖1，2赵 晨1关 雄2张晓琳1（国家粮食局科学研究院1，北京 100037） （福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室2，福州 350002）微生物次级代谢产物具有多种多样的生物活性，在医疗、农业和食品领域有着广阔的应用前景。异源表达策略与不断发展的DNA克隆和改造技术相结合，成为一种有效的研究手段，能够用于提高天然活性化合物的产量，获得新结构类似物，阐明沉默基因簇的功能，还能够通过表达宏基因组DNA来获
中国粮油学报 2015年9期2015-12-20
- 激活沉默基因簇发掘微生物次级代谢产物的研究进展
综述·激活沉默基因簇发掘微生物次级代谢产物的研究进展杨康敏，高向东，顾觉奋天然产物是指动物、植物、昆虫、海洋生物和微生物体内的组成成分或其代谢产物以及人和动物体内许许多多内源性的化学成分的总称。在医药产业，天然产物已是新药的重要来源之一，新的化学单体中，40%以上都由天然产物衍生而来，而天然产物多数是由微生物的次级代谢过程产生［1］。自20世纪70年代以来，尽管人们对治疗传染性疾病和癌症的药物需求越来越多，但是，发现新的活性天然产物的速度却在不断下降，传统
中国医药生物技术 2015年1期2015-11-24
- 鸡miR-20a靶基因TP53INP1鉴定
R-17-92基因簇能促进鸡前脂肪细胞增殖，但作用机制尚不清楚。生物信息学分析发现，TP53INP1是miR-17-92基因簇成员miR-17-5p和miR-20a的潜在靶基因，研究采用荧光素酶报告基因技术和基因过表达技术开展该靶基因的验证。结果表明，过表达miR-17-92基因簇能显著抑制TP53INP1的3' UTR报告基因活性；而转染miR-20a抑制剂能显著提高TP53INP1的3'UTR报告基因活性。将miRNA抑制剂分别转染到DF1细胞和鸡前脂
东北农业大学学报 2015年9期2015-07-05
- 肠球菌万古霉素耐药基因簇遗传特性
菌万古霉素耐药基因簇遗传特性陈春辉，徐晓刚复旦大学附属华山医院抗生素研究所，卫生部抗生素临床药理重点实验室，上海 200040万古霉素耐药肠球菌自20世纪80年代后期被发现以来，已逐渐发展成为重要的医院感染病原菌。此类耐药肠球菌携带的万古霉素耐药基因簇编码产物可催化合成与万古霉素、替考拉宁等糖肽类抗生素亲和力极低的细胞壁前体导致耐药。目前已在肠球菌中发现的万古霉素耐药基因簇根据基因序列及构成不同分为9个型别；依据它们编码的连接酶合成产物不同又可分为D-Al
遗传 2015年5期2015-02-04
- SCCmec遗传元件及其在耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分子分型中的应用
00038携带基因簇的葡萄球菌盒式染色体(Staphylococcal chromosome cassette, SCC)遗传元件的获得是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant, MRSA)耐药的主要原因。SCC由一个基因簇、一个染色体重组酶()基因簇及3个J区组成。基因簇含有及其调控基因，基因编码的耐药决定簇使MRSA对β-内酰胺类抗生素耐药；基因簇编码的重组酶负责SCC元件的整合与切离；J区差异大，导致不同来源MRSA菌株
遗传 2015年5期2015-02-04
- 海洋稀有放线菌 Salinispora arenicola CNP193 基因组新颖PKS 和NRPS基因簇的发掘
特定功能基因或基因簇的技术[6]。基因组发掘表明, 即使是对天然被广泛研究的细菌而言, 发现的次级代谢产物种类也远远低于基因组发掘获得的次级代谢产物基因簇[7-8]。随着基因测序技术的飞速发展, 基因组序列测定速度提高, 成本降低, 海量的微生物基因组序列和宏基因组序列被测定[9]。通过基因组发掘技术发掘天然产物基因簇技术发展迅速, 促使基因组发掘成为更加准确高效的新型聚酮化合物筛选策略[10]。通过基因组发掘技术, 越来越多的新颖基因簇被发掘, 从而引导
海洋科学 2014年12期2014-12-15
- miR-17-92基因簇在骨肉瘤中的表达及其临床意义*
R-17-92基因簇在骨肉瘤中的表达及其临床意义*林金銮①王发圣①叶君健①吴朝阳①李 祥②林建华①目的：探讨人骨肉瘤组织和邻近正常骨组织中miR-17-92基因簇的表达情况及其临床意义。方法：运用Q-PCR法检测63例骨肉瘤组织及邻近部位正常骨组织中miR-17-92基因簇的表达水平，并分析miR-17-92基因簇表达与患者临床病理特征及预后的关系。结果：miR-17-92在所有组织中均有表达，且在肿瘤组织中表达明显高于在正常组织中的表达（P＜0.05），
中国肿瘤临床 2014年23期2014-07-02
- 提高放线菌次级代谢产物产量方法的研究进展
谢产物生物合成基因簇，即这些基因簇在试验条件下未得到表达或者表达量低［13，14］。通过基因技术改造菌株使低产菌株变高产，以及激活沉默的生物合成基因簇，为寻找新药和提高次级代谢产物提供相应技术的参考。本文结合目前提高次级代谢产物产量的方法、新抗生素的研究成果，尤其是聚酮化合物方面的研究，主要在调节基因及基因簇的表达、核糖体相关蛋白基因的突变和异源表达等3 个方面进行概述。1 调节基因及基因簇的表达在自然界中，一株放线菌往往产生多种抗生素，有的产物还存在多条
生物技术通报 2014年5期2014-04-10
- 位于Hox基因簇的miRNA与亨廷顿病的发病机制有关
A都位于Hox基因簇的基因间区中。对同一个样品行全mRNA测序，发现位于Hox基因簇的55个基因中有15个在HD患者中有差异表达，而位于Hox基因簇且与4个miRNA紧密相邻的基因表达都上调。通路分析结果表明，这些miRNA的靶基因功能与神经元分化、神经突外向生长、细胞死亡及生存有关。回归分析表明，亨廷顿CAG重复数、发病年龄和死亡年龄分别与miR-10b-5p的表达水平呈负相关;亨廷顿CAG重复数和发病年龄分别与miR-196a-5p表达水平负相关;发病
中国病理生理杂志 2014年6期2014-01-26
- 嗜麦芽寡养单胞菌D2株2套Ⅱ型分泌系统的全基因簇序列测定及分析
泌途径转膜蛋白基因簇为中心［2］，主要涉及12～16种蛋白，且数量具有种属特异性。T2SS在细菌的生理活动中发挥关键作用，它不仅存在于各种病原菌中，而且是攻击宿主细胞和组织的各类消化酶外排必经之路，有研究表明病原菌T2SS缺失株的毒力明显减低［3］，可见，研究细菌的分泌系统具有重要的意义。本实验室从海洋双齿围沙蚕消化道分离得到1株嗜麦芽寡养单胞菌D2株，研究发现该菌能分泌大量的 SMP蛋白(GenBank 收录号 GQ413951)［4］，据绘制出的 SM
微生物学杂志 2013年5期2013-10-25
- miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析
144/451基因簇调控网络的生物信息学分析聂伟伟，唐 林，韦 凤，陈龙邦，张辰宇，朱 琳，李冬海，管晓翔目的 生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。 方法运用多个在线数据库，研究miR-144/451基因簇的上游转录因子及下游靶基因间的多个反馈和前反馈环路，对参与miR-144/45
医学研究生学报 2012年3期2012-12-25