表位
- 汉滩病毒糖蛋白Gn的T细胞表位预测及其跨种属验证
。然而，在现有的表位研究中，筛选鉴定的限制性表位不全面，针对表位的研究比较单一，不能全面揭示表位特性。同时，寻找人类的表位较困难，难以开展相关的实验，而前期研究发现，采用计算机预测的方法具有全面准确、经济效益高的优势[6-8]。因此，本研究对Gn 进行了系统分析，以探索主要组织相容性复合体(MHC)-Ⅰ、Ⅱ类表位免疫反应性的相关规律，指导新型HFRS 表位疫苗的研发，预防汉坦病毒的跨物种传播风险。1 材料与方法1.1 Gn 蛋白序列获取 从UniProt
解放军医学杂志 2023年9期2023-10-18
- 免疫信息学方法预测针对中东呼吸综合征冠状病毒的T/B 细胞抗原表位
RS-CoV 的表位预测，大部分针对S蛋白，但缺少对候选表位致敏性或毒性评估[4-5]。为了更深入地对MERS-CoV 致病的S 蛋白进行分析，本研究采用多种生物信息学方法来筛选T/B 细胞抗原表位，以期对设计安全有效的多肽疫苗提供参考。1 材料与方法1.1 蛋白序列下载及系统发育树分析从美国国家生物技术信息中心以FASTA 序列格式下载首例输入中国的MERS 患者分离株S 蛋白（AKL59401.1）氨基酸序列[6]，并使用从不同国家鉴定的各种MERS-
中国医药导报 2023年18期2023-07-30
- H3N2流感病毒HA保守Th表位对CD4+T细胞活化及分化的影响
,分布多种B细胞表位和T细胞表位。B细胞表位是病毒中和抗体的靶标[2]。T细胞表位可刺激T细胞,促进辅助性T细胞(Helper T cell,Th)分化。不同亚型流感病毒HA上存在数量不等的保守表位。由保守Th表位诱导产生的CD4+记忆T细胞受其他亚型流感病毒刺激后能迅速被激活,辅助B细胞或记忆B细胞产生抗体,在不同亚型流感病毒感染中提供保护[3]。H3N2流感病毒自1968年以来长期流行,每年冬春季节引起流行,以H3N2为主的流感季节有更多的住院病人和死
遵义医科大学学报 2023年4期2023-05-05
- 利用生物信息学设计基于抗原表位的非洲猪瘟疫苗的总效果
以寻找最佳靶抗原表位非常有帮助。为开发难以分离和培养的病原体的疫苗，反向疫苗学是基于对病原体基因组和/或蛋白质组数据的计算分析，以确定对假设的疫苗最感兴趣的蛋白质。使用计算机模拟方法(in-silico approach)还可以考虑病毒的变异性，特别是确定不变区域，有助于设计出具有广泛保护性疫苗(pan-protecting vaccines)。同样，它可以避免诱导保护性免疫反应所不需要的序列或可能会导致疾病恶化的序列。令人鼓舞的是，已经有一种利用反向疫苗
国外畜牧学(猪与禽) 2022年6期2023-01-11
- 汉滩病毒糖蛋白免疫反应性表位研究进展
型HTNV疫苗。表位是存在于抗原表面的、决定抗原特异性的特殊性结构的化学基团，又称为抗原决定簇。抗原通过抗原表位与相应淋巴细胞表面抗原受体结合，从而激活淋巴细胞，引起免疫应答。因此，表位是被免疫细胞识别的靶结构，也是免疫反应特异性的基础，其数量、性质和空间构型决定着抗原的特异性。近年来，国内外学者发现了HTNV GP上表位的重要性，对其展开了充分且有意义的研究。在此，本文对近年来国内外关于HTNV GP表位的研究进展进行简要总结。2 HTNV GP优势表位
传染病信息 2022年4期2022-09-17
- 基于免疫信息学的SARS-CoV-2表位筛选及疫苗分子设计分析①
表征、候选抗原和表位的鉴定、动物模型的建立、免疫应答的表征以及疫苗设计研究取得了实质性进展［1-2］。截至2020年11月，至少已有5种SARS-CoV-2疫苗进入Ⅲ期临床试验。但SARS-CoV-2 的抗原特性、抗原变异对宿主的保护性免疫反应的影响有待进一步验证［2］。利用免疫信息学筛选、分析鉴定具有免疫保护性的表位，可有效提高保护性抗体亲和力和细胞免疫平衡。病毒抗原，包括Spike 蛋白及RBD 区域存在多种表位。其中部分表位具有免疫保护作用，能够诱导
中国免疫学杂志 2022年7期2022-07-21
- 多房棘球蚴葡萄糖转运蛋白抗原表位生物信息学预测a
10016)研制表位疫苗的关键是要找到优势抗原表位，但如何寻找优势抗原表位是一个难题。生物信息学工具的应用使筛选潜在优势抗原表位成为可能，并且不必承担培育相关病原体的风险。本课题拟通过多房棘球蚴葡萄糖转运蛋白(glucose transporters，GLUT)抗原表位生物信息学预测优势抗原表位。GLUT的编码基因是SLC2，属于膜转运蛋白中的易化载体超家族(the major facilitator superfamily，MFS)。已有明确的证据表明，
中国高原医学与生物学杂志 2022年3期2022-06-22
- 猪丹毒丝菌GAPDH线性B细胞表位预测与鉴定
）分子线性B细胞表位，首先通过多序列比分析已经全基因组测序的10株菌株的GAPDH一级结构保守性;然后使用在线软件Bepipred-2.0预测猪丹毒丝菌GAPDH线性B细胞表位，接下来通过人工化学合方式合成GAPDH表位对应的多肽;最后使用间接ELISA法检测这些多肽与猪丹毒丝菌GAPDH高免血清之间的反应。研究发现已经完成全基因组测序的10株菌株的GAPDH一级结构高度保守。通过软件预测，找到了猪丹毒丝菌GAPDH的3个潜在的表位。ELISA检测结果表明
江苏农业科学 2021年22期2021-12-08
- 巴氏杆菌GAPDH线性B细胞表位预测与鉴定
应[11]。抗原表位是抗原引发免疫保护的物质基础[12-13]，部分抗原表位既是抗体发挥作用的位点，也是病原菌对宿主发挥作用的关键位点（即致病性表位）[14]。因而通过鉴定巴氏杆菌GAPDH 的B 细胞表位有助于进一步理解GAPDH 免疫保护效应的本质，并为进一步研究GAPDH 的致病作用提供条件。伴随生物信息学的发展，不断有学者试图开发能够预测抗原表位的软件，近年来在线软件Bepipred-2.0 对于线性B 细胞表位已经有了比较好的预测效果[15]。本
养殖与饲料 2021年11期2021-11-15
- 口蹄疫病毒O 型泛亚株VP1 蛋白的二级结构及抗原表位预测
）存在2 个线性表位，是FMDV 最重要的抗原位点，也是FMDV 变异的关键所在[5]。因此，VP1 蛋白是决定FMDV 抗原性诱导中和抗体和激发保护性免疫应答的主要抗原蛋白[6]。近年来我国FMD 发病情况整体呈下降趋势，其发生主要与动物及其产品违规或跨境调运，导致新毒株输入有关，其中威胁最大的是来自东南亚、南亚和西亚-中东等地区的O、A 和Asia1 型[7]。例如：源自于南亚次大陆的O 型印度 2001 毒株（O/Ind-2001），2017 年由境
中国动物检疫 2021年11期2021-11-11
- 生物信息学方法预测病原体抗原蛋白序列中多肽疫苗候选表位
疫系统效应功能的表位而设计的多肽疫苗是新型疫苗研发的热点。多肽疫苗一般是指利用化学合成技术,按照病原体抗原基因中具有免疫原性的一段或多段氨基酸序列构成而制备的疫苗[1]。其因成分简单、特异性强、安全性高、易于保藏等优点被广泛应用于传染病和肿瘤的预防和治疗中,例如:预防人乳头瘤状病毒的疫苗[2]、预防乙型肝炎病毒的HBsAg/preS疫苗[3]、新型艾滋病疫苗RV144[4]及个性化肿瘤新抗原疫苗[5]等。近年来,得益于生物信息学技术的迅猛发展,反向疫苗学在
生命科学研究 2021年4期2021-09-08
- 布鲁氏菌Omp2b优势T-B联合抗原表位的免疫应答特点研究
胞和B细胞的优势表位得到了T-B联合抗原表位：196-216区段，并人工合成肽段，利用合成肽段与布鲁氏菌病患者和健康人群的血清进行免疫反应，通过分析其诱导的体液及细胞免疫应答的效果，研究结果可为进一步研究布鲁氏菌疫苗奠定基础[8]。1 材料与方法1.1 研究对象 羊种布鲁氏菌Omp2b(GenBank：AMM72579.1)蛋白氨基酸序列：GenBank中的长度为362 bp的羊种布鲁氏菌Omp2b来源于NCBI网站。收集2017年9月至2019年5月就诊
中国人兽共患病学报 2021年8期2021-08-31
- 人巨细胞病毒gH和PP65蛋白的B、T细胞优势抗原表位预测
、T细胞优势抗原表位进行预测，为HCMV亚单位疫苗的研发提供有价值的理论依据。1 材料与方法1.1 gH和PP65蛋白的二级结构预测首先从NCBI蛋白质数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/)中获得gH和PP65蛋白的氨基酸序列。利用在线分析软件SOMPA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)[20]对gH
精准医学杂志 2021年2期2021-05-19
- 间日疟原虫传播阻断疫苗新型候选抗原Pvs48 T.B 细胞表位的预测与分析
究具有重大意义。表位疫苗是现阶段疫苗研究的焦点[5-7]，通过基因工程手段，体外表达并人工合成病原体相关抗原表位（包括T 细胞表位和B 细胞表位），并作为一种疫苗使用即表位疫苗，它可以得到更加高效的提呈，并且能克服传统疫苗毒力回复与扩散的缺点，然而，研制表位疫苗的基础是寻找变应原的T 细胞表位和B 细胞表位，传统的确定T.B 细胞表位的方法是重叠肽法，而这种方法耗时、耗力，若我们先利用生物信息学技术对其与MHC 分子结合的可能性进行预测从而筛选出最有可能的
智慧健康 2021年2期2021-03-15
- 特发性膜性肾病靶抗原PLA2R抗原表位的研究进展①
免疫区域，即抗原表位，又名抗原决定簇，各种免疫细胞通过结合和识别抗原表位以发挥免疫效应、激发免疫应答，自身抗体与抗原表位结合可诱发自身免疫性疾病[11]。对IMN的主要靶抗原PLA2R的抗原表位进行深入认识，有助于理解IMN的免疫发病机制及病理生理，同时也有助于开发新型IMN的治疗干预措施，如表位特异性治疗。1 PLA2RPLA2R为甘露糖受体家族的一员，其相对分子量为180 kD，包含胞外段、跨膜段及胞内段3部分。其中胞外段从N端到C端又可依次分为1个胱
中国免疫学杂志 2020年20期2020-12-25
- 日本沼虾原肌球蛋白线性表位预测研究
虾原肌球蛋白抗原表位的分析研究。抗原表位是致敏蛋白中决定抗原特异性的特殊化学基团,是过敏原与抗体结合的物质基础。表位可根据结构分为线性表位和构象表位;也可根据其结合受体细胞分为T细胞表位与B细胞表位[6]。B细胞表位可以是线性表位或构象表位,而T细胞表位一般为线性表位。在加工过程中蛋白质的结构变化,会导致抗原表位被破坏或者被掩盖,从而致敏性降低。一些加工方法例如酶解、超高压等会使部分食物致敏性降低甚至消失[7]。因此,针对过敏原表位的研究对于过敏原消减技术
食品工业科技 2020年17期2020-09-23
- EB病毒gp350/220抗原T-B联合表位生物信息学预测
该抗原具有T细胞表位，既能产生体液免疫又能产生细胞免疫，这样对EBV的控制起重要作用，这进一步说明此抗原靶抗原在诱导特异性体液免疫保护的同时，还能通过细胞免疫途径控制EBV在体内的反复增殖。目前,EBV的预防性疫苗主要是针对gp350/220的，代表性的葛兰素史克公司研发的gp350/AS04疫苗已完成Ⅱ期临床试验,结果显示，该疫苗对预防由EBV引起的传染性单核细胞增多症的发生有显著的抑制作用，但仍未取得预期的理想效果。因而对EBV gp350/220氨基
中南医学科学杂志 2020年3期2020-05-25
- 猪链球菌SsGalNagA：一种新型的特异靶向宿主αGal 表位聚糖的糖苷水解酶
功能。αGal 表位聚糖是一种特殊的糖基，具有Gal（α 1,3）Gal（β1,4）GlcNAc-R 末端αGal 表位结构，广泛存在于非灵长类哺乳动物的器官和组织。猪链球菌是猪链球菌病的主要病原，其自然定殖部位是猪的上呼吸道，可引起猪的急性败血症、脑膜炎和关节炎，但是其在定殖和感染过程中如何获取糖类营养，目前还不清楚。近期，《The Journal of Biological Chemistry》发表了题为“A unique combination of
中国预防兽医学报 2020年8期2020-01-15
- HIV/HBV合并感染者HBV核心区与多聚合酶区特异性细胞毒性T细胞表位变异分析
过识别HBV抗原表位，在清除细胞内感染病毒发挥关键作用。HBV的核心(core,C)区和多聚合酶(polymerase,P)区基因变异导致编码的氨基酸突变，CTL抗原表位的序列或构象发生改变进而引起表位的免疫原性改变，导致宿主抗HBV的免疫应答发生改变。若反应强度不足，病毒难以清除，感染慢性化从而进展为肝硬化、肝癌[1-2]。研究报道，合并人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染造成的免疫缺陷明显加速HBV所致
转化医学杂志 2019年5期2019-10-22
- 大肠杆菌免疫蛋白OmpA生物信息学分析及表位多肽疫苗设计
苗的研制方向——表位疫苗角度，采用表位疫苗设计方法获得重组优势表位多肽，进一步提高大肠杆菌OmpA免疫效果，为大肠杆菌OmpA表位疫苗开发奠定基础。1 材料和方法1.1 材料选取由NCBI数据库公布的大肠杆菌外膜蛋白OmpA序列(登录号NP_415477.1)，共含346个氨基酸，序列如下：MKKTAIAIAVALAGFATVAQAAPKDNTWYTGAKLGWSQYHDTGFINNNGPTHENQLGAGAFGGYQVNPYVGFEMGYDWLGRMPY
河南农业科学 2019年6期2019-06-28
- 克氏原螯虾过敏原的研究进展
质以及变应原抗原表位等研究进展，为进一步研究小龙虾的过敏原提供一定的参考。关键词：克氏原螯虾；过敏原；表位；进展中图分类号：S-3 文献标识码：ADOI：10.19754/j.nyyjs.20190430003基金项目：淮安市重点研发计划项目“盱眙龙虾变应原鉴定及加工脱敏关键技术与应用”（项目编号：HAS201603）；江苏省大学生创新训练省级指导项目“食品热加工方法对盱眙龙虾过敏原性的影响研究与应用”（项目编号：Z205C18281）；淮阴工学院大学生创
农业与技术 2019年8期2019-05-28
- 乙型肝炎病毒B和C基因型S蛋白特异性CTL表位保守性分析
行基因型的CTL表位进行对比分析，将有助于了解HBV免疫逃逸特点，从而找到稳定特异性CTL靶点，为HBV感染后的治疗奠定基础。本研究主要对HBV在国内流行的B和C基因型S区基因编码蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位进行了生物信息学筛选，CTL表位长度选择为9个氨基酸，结合已鉴定和报道的表位及GenBank中已有的B和C基因型进行比较，寻找稳定的B和C基因型S区基因编码蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位，探索可以用于HBV细胞免疫治疗的表位。1
温州医科大学学报 2019年4期2019-04-28
- H9亚型禽流感病毒HA蛋白B细胞抗原表位的预测
反应[1]。抗原表位即抗原决定簇，抗原决定簇能够刺激机体引发体液或细胞免疫，筛选预测AIV HA蛋白抗原表位对AIV 表位疫苗的设计具有重要的意义。本研究以H9-AIV HA蛋白为基础，采用生物信息学工具分析和预测HA蛋白的B细胞表位，为研究H9-AIV的表位疫苗提供参考。1 材料与方法从GenBank 上获得1994-2016年公布的321条H9-AIV HA氨基酸序列（均为国内毒株），运用Clustalx 1.8 进行多序列比对，采用EMBOSS 中的
养殖与饲料 2019年12期2019-02-25
- 羊种布鲁氏菌OMP16蛋白结构的生物信息学分析
T细胞的优势抗原表位，为布鲁氏菌诊断和疫苗研究的提供基础。1 材料与方法1.1 材 料1.1.1氨基酸序列 从NCBI网站中的protein(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/)中获取B.melitensis的OMP16蛋白的氨基酸序列(GenBank: AAD33089.2)，序列如下：Mgyfpswrltsnavvlpderlpaaaavpmgiqhllamsgstivapllmgfdpnvavffsgig-tl
中国人兽共患病学报 2019年1期2019-02-19
- 从专利分析角度看口蹄疫表位疫苗
型疫苗中，以抗原表位为基础制备的表位疫苗由于其针对性强、特异性高、广谱性强，安全可靠等优点而脱颖而出。近年来，FMD表位疫苗的专利技术取得了很大进步，同时专利信息是获取该领域最新成果、产业现状的重要来源。因此，本文从专利分析角度对FMD表位疫苗的技术研究进行总结，为安全有效的FMD疫苗的研制以及其他疾病的表位疫苗研究提供参考。2 FMDV相关表位早在1981年，Kupper等、Boothroyd等、Kleid等先后报道了具有免疫活性的FMDV VP1基因[
山东化工 2019年18期2019-02-16
- 细粒棘球绦虫蛋白egG1y162-1、egG1y162-2的抗原表位比较
蛋白中获得确切的表位信息，进行表位疫苗的构建，或者反复将该表位构建到高分子载体上，能够提高疫苗的保护能力，对未来包虫病感染的预防有着重要的意义[4]。Zhang等[5]在此基础上对egG1y162蛋白的抗原表位进行分析，将软件预测的结果进行多重比较，并对预测的T细胞和B细胞联合表位通过分子生物学的方法进行克隆、诱导和表达，纯化出相应的重组蛋白。又根据预测的3个T-B 联合表位所在的区域结果将抗原截短为2段，其中一段含有1个T-B联合表位，即1～51位氨基酸
新疆医科大学学报 2019年1期2019-01-22
- 精子相关抗原9 B细胞及T细胞表位富集区预测
靶点[9]。抗原表位，即抗原分子中决定抗原特异性的特殊结构或数个氨基酸残基。但是对于SPAG-9尚未有相关研究。本研究利用生物信息软件系统等预测分析了SPAG-9的B细胞优势表位以及人主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex，MHC）限制的细胞毒性T淋巴细胞（cytotoxic T lymphocyte，CTL）表位，首次得到了SPAG-9的表位富集区，为SPAG-9表位疫苗的设计和研究提供理论依据。1 材料和
温州医科大学学报 2018年1期2018-02-07
- 线性B细胞表位预测方法研究进展①
81)线性B细胞表位预测方法研究进展①程 华 成 彬②③羊红光③(河北省科学院生物研究所，石家庄050081)在抗原抗体的结合反应中，抗体参与结合的部位称抗体的对位(Paratope)，抗原参与结合的部位称抗原的表位(Epitope)[1]。表位就是抗原中能被免疫细胞特异性识别的线性片段或空间构象性结构，是引起免疫应答和免疫反应的基本单位。表位是蛋白质抗原性的基础，在蛋白的特异性抗体制备、疫苗的计算机辅助设计，特别是近期具有很大潜力的肿瘤免疫疗法中都具有非
中国免疫学杂志 2017年9期2017-09-21
- 阿尔茨海默病淀粉样蛋白抗原表位`的生物信息学预测*
病淀粉样蛋白抗原表位`的生物信息学预测*刘军莉1，2，3，4，汤峰1，3，4，刘川川1，3，崔森2，3#，李占全2，3&(1.青海大学高原医学研究中心；2.青海大学附属医院；3.高原医学应用基础重点实验室； 4.青海-犹他高原医学联合重点实验室，青海 西宁 810000)目的 利用生物信息学预测阿尔茨海默病中淀粉样前体蛋白的二级结构及优势抗原表位，拟为今后基于Aβ蛋白表位疫苗的设计奠定基础。方法 用Genbank获取APP及氨基酸残基片段Aβ1～42蛋白的
中国高原医学与生物学杂志 2017年2期2017-08-07
- 猪重要感染病毒蛋白的二级结构、抗原表位分析及三联表位多肽疫苗的重组预测
的二级结构、抗原表位分析及三联表位多肽疫苗的重组预测刘 祥， 陈 琛， 陈春琳， 吴三桥(陕西理工大学 中德天然产物研究所 陕西省天麻山茱萸工程技术研究中心， 汉中 723001)为设计猪重要感染病毒的蛋白表位多肽疫苗，选取猪感染病毒的候选疫苗蛋白：猪繁殖与呼吸综合征病毒的GP5蛋白，猪圆环病毒2型的CAP蛋白，猪瘟病毒的E2蛋白。综合ABCpred和BepiPred方案，预测候选蛋白的B细胞表位；利用神经网络与量化矩阵法预测蛋白的CTL表位；采用MHC-
生物学杂志 2017年3期2017-07-18
- 大豆中主要抗原蛋白表位的研究进展
豆中主要抗原蛋白表位的研究进展娜仁高娃，赵 元*，强嘉楠，孙赵洋，潘 丽，袁志杰（动物生产及产品质量安全教育部重点实验室，动物营养与饲料科学吉林省重点实验室，吉林农业大学动物科学技术学院，吉林长春130118）本文简要介绍了大豆中主要的抗原蛋白如大豆球蛋白、β-伴大豆球蛋白、Gly m Bd 30K、Gly m Bd 28K等具有强烈的致敏原性的抗原蛋白其抗原表位的研究进展，将从大豆抗原蛋白抗原表位的鉴定方法和研究进展两方面做一综述。大豆；抗原蛋白；表位；
中国畜牧杂志 2017年4期2017-04-17
- 结核分枝杆菌Rv2181T、B细胞表位预测及分析
181T、B细胞表位预测及分析占卫红，吴启航，赵隆麒，王心倩，孙 妍，余晓丽(武汉轻工大学 生物与制药工程学院，湖北 武汉 430023)预测和分析结核分枝杆菌Rv2181抗原的T细胞表位和B淋巴抗原表位的分布状况。首先从NCBI中得到蛋白的氨基酸序列，接着通过BLAST将人类蛋白和得到的序列进行同源性分析，使用SYFPEITHI对MTB中Rv2181蛋白的T淋巴细胞抗原表位，取得分在前2%的多肽作为优势抗原，然后用NETCTL、NetMHC和BIMAS等
武汉轻工大学学报 2017年1期2017-04-11
- 多表位疫苗构建研究进展及其兽医临床应用
266000）多表位疫苗构建研究进展及其兽医临床应用孙香丰 代灿灿 （青岛市动物园 山东 青岛 266000）多表位疫苗(multiepitope vaccine)也称鸡尾酒式疫苗，是一种基于目标抗原表位氨基酸序列设计的新型亚单位疫苗。根据设计方法不同，可分为线性串联多表位疫苗、多价抗原肽表位疫苗、病毒颗粒样疫苗等形式。根据抗原表位类型不同可分为B细胞表位疫苗、T细胞表位疫苗、混合型表位疫苗等。本文就近年来多表位疫苗构建研究状况和其在兽医临床应用作一综述。
山东畜牧兽医 2017年6期2017-04-04
- 联合T、B细胞表位设计多肽疫苗的研究进展①
·联合T、B细胞表位设计多肽疫苗的研究进展①李少华②唐 康 张春梅 金伯泉 马 樱(第四军医大学基础部免疫学教研室，西安710032)从Adam等[1]发现针对口蹄疫病毒的多肽疫苗，到Lerner[2]建立多肽疫苗合成的方法，再到联合T、B细胞表位多肽疫苗设计的出现，新型疫苗的研制快速发展。联合T、B细胞多肽表位是指将已证实或预测得到具有免疫原性的T、B细胞多肽表位通过生物、化学方法连接，或同时串联通用CD4+T细胞表位以增强T、B细胞表位的免疫原性，从而
中国免疫学杂志 2017年1期2017-01-17
- 奶牛乳房炎重要候选疫苗蛋白的抗原表位分析及三联重组表位疫苗的氨基酸序列设计
选疫苗蛋白的抗原表位分析及三联重组表位疫苗的氨基酸序列设计刘 祥1，孔智翔1，殷书平2，殴莎莎1，刘成艳1，同韩虎1，吴三桥1，陈 琛1，陈春琳1（1.陕西理工大学中德天然产物研究与开发利用联合研究所，陕西 汉中723001；2.陕西医药控股集团生物制品有限公司，陕西 汉中723000）为设计奶牛乳房炎三联重组表位多肽疫苗，选取奶牛乳房炎3种主要感染菌的候选疫苗蛋白：金黄色葡萄球菌的Ebps与ClfA，大肠埃希菌的OmpA与OmpC，链球菌的SIP与PGK
浙江农业学报 2016年9期2016-11-21
- 乙型肝炎病毒特异性CTL表位变异分析
病毒特异性CTL表位变异分析邹淑慧，肖九长，张丽琴，唐金凤，刘奕红（赣州市人民医院检验科，江西赣州341000）目的初步调查乙型肝炎病毒（HBV）特异性CTL表位的序列特点，同时探讨乙型肝炎重症化和慢性化的可能机理。方法本研究采用PCR扩增法获取HBV全基因并测序，参考国外文献报道的17个热点HBV特异性CTL表位氨基酸序列，分析其与本文获得的CTL表位氨基酸序列的差别。对患者各个表位变异的差异进行卡方检验。结果获得46份HBV全基因组序列，急性乙型肝炎（
实验与检验医学 2016年5期2016-11-15
- 结核分枝杆菌 Rv2986c T、B细胞表位分析
6c T、B细胞表位分析孙妍，王心倩，占卫红，雷航，陈高瞻，余晓丽(武汉轻工大学 生物与制药工程学院，湖北 武汉 430023)预测并分析结核分枝杆菌Rv2986c的 CD4+T 、CD8+T 和B细胞表位分布情况。方法在NCBI数据库上查询并获得Rv2986c的氨基酸序列，用 BLAST分析其与结核分枝杆菌复合群及人类蛋白的同源性。利用NetMHC数据库预测并分析目的蛋白的CD4+T细胞表位的分布情况；利用SYFPEITHI、NetMHC、BIMAS和I
武汉轻工大学学报 2016年3期2016-10-27
- 鸡蛋过敏原表位研究进展
7)鸡蛋过敏原表位研究进展肖娜1,刘育颖1,刘熙文1,佟平3，周煌1,冯彦娟1,金元宝1,高金燕2,*(1.吉安职业技术学院现代农林工程学院，江西吉安 343000;2.南昌大学食品学院，江西南昌 330047;3.南昌大学食品科学与技术国家重点实验室，江西南昌 330047)鸡蛋过敏是一种常见的食物过敏反应,是人体对鸡蛋中蛋白质成分产生的一种变态反应。食物过敏反应的物质基础是抗原表位与抗体对位,解决食物过敏反应问题的关键一点即需要深入研究出过敏原的表位
食品工业科技 2016年3期2016-09-13
- 多房棘球蚴抗原蛋白TSP3抗原表位的生物信息学预测#
蛋白TSP3抗原表位的生物信息学预测#庞明泉1，3，汤 锋2，3，4，周 虎1，3，万陈飞1，3，阳丹才让1，3，4*，樊海宁1，3，4**(1.青海大学附属医院肝胆胰外科，青海 西宁 810001；2.青海大学医学院高原医学研究中心，青海 西宁 810001；3.青海大学高原人畜共患病研究所，青海 西宁 810001；4.青海省包虫病研究重点实验室，青海 西宁 810001)目的 预测多房棘球绦虫抗原蛋白TSP3的二级结构和优势抗原表位(T细胞和B细胞表
中国高原医学与生物学杂志 2016年1期2016-04-12
- 猪繁殖与呼吸综合征病毒抗原表位研究进展
吸综合征病毒抗原表位研究进展陈如敬，周伦江*，吴学敏，车勇良，严 山，王晨燕，王隆柏，刘玉涛，魏 宏(福建省农业科学院畜牧兽医研究所 福建省畜禽疫病防治工程技术研究中心，福建福州 350013)根据病毒表位与受体细胞结合部位的差异可分为B细胞抗原表位和T细胞抗原表位。对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的抗原表位的研究已有大量报道，论文根据PRRSV的基因组结构蛋白和非结构蛋白基因编码区特点，对鉴定的PRRSV相关抗原表位进行简要综述，为进一步开发PRR
动物医学进展 2016年11期2016-03-10
- COMP特异性单抗15A11的表位特征研究①
抗体15A11的表位特征。方法：选用随机十二肽噬菌体库对mAb 15A11进行三轮筛选，随机挑取40个单噬菌斑，提取DNA，测序；ELISA检测每个噬菌体克隆与mAb 15A11结合的特异性；通过ClustalW2对特异性结合的噬菌体展示的十二肽和COMP进行氨基酸序列比对，PyMOL分析一致氨基酸所在肽链的二级结构及表位氨基酸之间的距离，初步确定mAb 15A11的表位；变性和非变性Western blot、EDTA螯合Ca2+后ELISA分析以及合成多
中国免疫学杂志 2015年11期2016-01-08
- 加权贝叶斯线性B细胞表位特征提取方法
116)0 引言表位是蛋白质抗原性的基础，深入研究蛋白质表位对多肽和新型疫苗分子的设计及诊断试剂的开发具有重要意义［1］．线性B细胞表位是抗原序列上能与抗体结合的一段连续的区域［2］．早期的表位预测工作主要通过生物实验进行鉴别，但这种方法耗时耗力而且得到的数据较少，针对标准的数据集开发自动评价工具将是未来的发展方向［3］．线性B细胞表位预测问题可以看作一个二分类问题:给定若干肽链序列，指出哪些肽链序列属于表位，哪些属于非表位．表位和非表位在某些生物特性、序
福州大学学报（自然科学版） 2015年1期2015-12-29
- 丙型肝炎病毒CTL-Th表位嵌合DNA疫苗的构建
病毒CTL-Th表位嵌合DNA疫苗的构建李德周1，段志良2，郭江龙2，王思娜2，刘慧芳2，王志斌2，钟晓芝2，陈永平3，文金生2（1.宁波市第二医院 肝病科，浙江 宁波 315000；2.温州医科大学 虫媒病毒研究所，浙江 温州325035；3.温州医科大学附属第一医院 感染科，浙江 温州 325015）目的：构建丙型肝炎病毒（HCV）CTL-Th表位嵌合DNA疫苗并探讨其体内免疫学效应。方法：基于我们前期从HCV中鉴定的4条HLA-A*0201限制性CT
温州医科大学学报 2015年2期2015-12-27
- D型产气荚膜梭菌ε毒素蛋白结构及抗原表位分析
的蛋白结构、抗原表位进行预测与分析。综合ε毒素蛋白亲水性、表面可能性、抗原指数、二级结构预测结果显示，肽链13-19、44-47、59-63、79-82、94-97、151-153、200-204、211-221、245-250、257-260位可能存在B细胞抗原表位，三级结构预测的94、151结合位点位于94-97、151-153抗原表位区内。关键词：D型产气荚膜梭菌；ε毒素；表位；蛋白结构中图分类号：S852.61 文献标识码：A 文章编号：0439-
湖北农业科学 2014年16期2014-10-20
- 羊传染性脓疱病毒湖北分离株CBP二级结构及其细胞表位的预测
肽、优势的B细胞表位和T细胞表位，了解ORFV CBP基因的分子特性以及其编码蛋白的功能，以及其在宿主机内如何发挥调节作用。1 材料与方法1.1 毒株和试剂 ORFV-HB病毒株分离自湖北省某羊场发病山羊，由本实验室分离、保存。LA Taq DNA聚合酶、DNA分子质量标准、DNA提取试剂盒和凝胶回收试剂盒购自大连宝生物工程有限公司。1.2 羊口疮病毒DNA的提取 从增殖ORFV 的小牛肾（madin-darby bovine kideny, MDBK）细
中国动物传染病学报 2014年3期2014-06-08
- 腺病毒55型抗原表位分析及评价
重要的中和性抗原表位，也是疫苗研究的重要靶点[11]。纤突有血清特异性，且含有体外血细胞凝集的种属特异性抗原决定位点。有研究显示，纤突抗体的产生略早于六邻体[12]，因此，纤突抗原在早期诊断中具有重要地位。由于Ad55发现较晚，有关其抗原表位分析尚未见报道。我们用生物信息学技术预测了Ad55六邻体和纤突抗原表位，为研制包括Ad55在内的腺病毒血清学检测和疫苗提供免疫学基础。1 材料和方法1.1 材料47份疑似腺病毒呼吸道感染临床样本血清由本室保存；48份正
生物技术通讯 2014年2期2014-05-04
- 原发性肝癌高表达抗原GPC-3的HLA-A2限制性细胞毒性T淋巴细胞表位预测
靶点［1-2］。表位是引起免疫应答和免疫反应的基本单位，确定特异性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte，CTL)的表位对于研究细胞免疫机制、过程以及研制多肽疫苗和基因疫苗等具有重要意义。在所有HLA基因型中，HLA-A2是在人群中最普遍表达的等位基因，因此由HLA-A2分子递呈的肿瘤抗原肽表位诱导的CTL在肿瘤细胞免疫治疗中具有重要意义［3］。表位预测的过程是根据不同环节联合应用多种表位预测方法如BIMAS、SYFPEITHI等
解放军医药杂志 2013年8期2013-09-14
- 幽门螺旋杆菌尿素酶A亚基抗原表位肽与霍乱毒素B亚基融合蛋白的生物信息学设计及表达优化研究
尿素酶A亚基抗原表位肽与霍乱毒素B亚基融合蛋白的生物信息学设计及表达优化研究郭 乐1，2*， 刘昆梅1，2， 李小康2， 汤 锋2， 奚 涛21.宁夏医科大学检验学院，银川750021；2.中国药科大学生命科学与技术学院，南京210009幽门螺旋杆菌（Hp）是慢性胃炎、消化性溃疡和胃癌的重要致病因子。研发基于Hp尿素酶的表位疫苗是一种很有前景的防治Hp感染的策略。本研究主要通过生物信息学软件对Hp尿素酶表位肽U21和霍乱毒素B亚基（CTB）的连接顺序和间隔
生物技术进展 2013年1期2013-06-07
- 表位疫苗研究进展＊
质，而仅仅是针对表位，通常是一段多肽。表位疫苗是近年来发展起来的一种新型疫苗，它是利用基因工程手段，体外表达或人工合成病原微生物的抗原表位，将其作为一种疫苗使用［1］。表位又称抗原决定簇，是抗原分子中决定抗原特异性的化学基团，它是能够与T细胞抗原受体TCR或B细胞抗原受体BCR特异性结合的基本单位，最终激起机体的免疫反应，形成对病原微生物的免疫能力。因此，表位疫苗符合未来疫苗发展的方向。1 表位筛选要研制表位疫苗，首先要筛选出需要的表位。表位是一个免疫学概
动物医学进展 2012年1期2012-03-30
- 细粒棘球绦虫Eg95抗原表位的生物信息学预测＊
绦虫Eg95抗原表位的生物信息学预测＊李玉娇1，王 晶2，赵 慧1，贾海英3，李 博2，马秀敏4，温 浩1，丁剑冰1，4目的 应用软件和在线网络分析Eg95的蛋白二级结构，预测B细胞表位和T细胞表位，为确定和筛选优势表位，研制安全、高效的表位疫苗奠定基础。方法 采用DNAStar软件和在线网站IEDB、SYFPEITHI等对Eg95的B细胞表位和 T细胞表位进行预测。结果 Eg95存在潜在的抗原表位，B细胞表位区域：16－38，41－48，50－67，68
中国人兽共患病学报 2011年10期2011-08-21
- 禽流感表位疫苗的研究进展
独特性抗体疫苗、表位疫苗等。表位疫苗是近几年发展起来的一种独特疫苗，它是以抗原表位为基础制备的疫苗。免疫细胞通常难以借助其表面受体识别整个抗原分子，而是识别抗原大分子上的一些特定的免疫活性基团并与其进行反应。抗原分子中这些负责和免疫细胞的抗原受体或抗体分子相结合，决定该抗原特异性的特殊化学基团称为表位。抗原表位是T细胞抗原受体和B细胞抗原受体及抗体特异结合的基本单位，在免疫应答中，根据T、B细胞抗原受体所识别的抗原表位的不同，分别称为T细胞表位和B细胞表位
中国兽药杂志 2011年8期2011-08-15
- 2-型猪链球菌保护性抗原RfeA的B细胞表位预测
S2感染的疫苗。表位疫苗(Epitope vaccine)是用抗原表位制备的疫苗,包括合成肽疫苗、重组表位疫苗和表位核酸疫苗,是目前有关传染性疾病和恶性肿瘤疫苗的研制方向[3]。通常仅由一种抗原肽制备的疫苗,诱导的免疫保护作用较弱,含有多种B细胞或T细胞表位的多表位疫苗,可诱导更好的保护力。发展多表位疫苗有利于提供更完全更有针对性的免疫保护。另外,对抗原表位的研究,将深层次地揭示蛋白抗原诱导免疫应答的分子机制。笔者在前期研究工作中,证实了RTX家族胞外蛋白
成都医学院学报 2011年2期2011-08-06
- 淋球菌孔蛋白基因与脂寡糖表位融合基因原核表达载体的构建及表达
球菌LOS的保守表位,因可以被Mab2C7识别,又称为2C7表位[8]。2C7表位是由Hep1、Hep2及与其相连的半乳糖链构成的,Mab2C7可以识别不同淋球菌菌株的LOS。Ngampasutadol等通过大肠埃希菌随机肽库筛选了7个能与Mab2C7结合的短肽并证明其中之一PEP1能够产生由正常人血清介导的补体杀伤作用[9]。本课题组通过人工合成技术合成上述7个短肽,经抗体效价及杀菌活性检测筛选出保护性较好的3个短肽(表位),分别命名为PEP1PEP2P
动物医学进展 2011年5期2011-03-07
- 异源抗体对接方法预测流感病毒血凝素B细胞构象表位
置就代表着抗原的表位，因此表位被定义为处于抗原表面维持这些特殊构象及位置的与抗体上抗原结合位点相互作用的氨基酸残基[1]。表位根据与抗原受体结合的不同可分为B细胞表位和T细胞表位。B细胞表位是抗原中可被B细胞受体或抗体特异性识别并结合的线性片段或空间构象性结构。从空间结构分析，B细胞表位可分为连续性的线性表位和不连续性的空间构象性表位。线性表位，是由肽链上顺序连续的氨基酸组成；构象性表位，是由那些在空间结构上接近，但顺序上不连续的氨基酸组成，具有高度的空间
中国预防兽医学报 2010年1期2010-08-06
- 弓形虫抗原表位研究进展*
付宝权弓形虫抗原表位研究进展*王艳华,殷 宏,张德林,付宝权弓形虫是一种呈全球分布的专性细胞内寄生原虫,广泛寄生于人和动物的有核细胞内,能引起严重的人兽共患寄生虫病。因此,对弓形虫及弓形虫病的研究日趋得到学者们的重视。由于弓形虫生活史较复杂,抗原成分多,每种抗原在体内诱导的免疫效应不同,实验证明,单价亚单位疫苗免疫效果和单一抗原诊断试剂检测效果均不理想,研制多表位疫苗和诊断试剂必然是一个新的发展趋势。因此,正确而详细地了解蛋白质表位对疾病的诊断以及设计疫苗
中国人兽共患病学报 2010年1期2010-02-12
- 口蹄疫病毒T细胞表位研究概况
部分，该部位称为表位或抗原决定簇［1］。T、B细胞分别通过 T细胞抗原受体(T cell receptor，TCR)和B细胞抗原受体 (B cell receptor，BCR)识别抗原，介导细胞免疫和体液免疫，是适应性免疫应答的主要参与者。与B细胞对抗原的识别不同，T细胞不能识别完整的天然抗原分子，需要抗原提呈细胞 (APC)的协助，并且由组织相融性抗原复合物 (MHC)分子将表位肽段递送至细胞表面才能识别。该过程包括抗原的加工和提呈、免疫突触的形成，T细
浙江农业科学 2010年5期2010-02-12
- H1N1亚型流感病毒血凝素Th和B细胞表位预测及抗原性分析①
凝素Th和B细胞表位预测及抗原性分析①王开艳 李太元 鲁会军②谭 磊②③南文龙②③田明尧②③张金双②③刘 昊④金宁一②⑤（延边大学农学院,龙井 133400）目的:应用生物信息学方法预测H1N1亚型流感病毒血凝素Th和B细胞相关抗原表位,并初步分析其抗原性,为研制H1N1亚型流感病毒的表位疫苗奠定基础。方法:依据近年流感病毒流行趋势,从GenBank下载具有代表性的H 1N1亚型流感病毒HA蛋白氨基酸序列。进行生物信息学综合分析预测,获得Th和B细胞相关抗
中国免疫学杂志 2010年1期2010-02-06